中医古籍，尤其是《内经》，在传承过程中亦经历过秦汉之际的文字变革，在理论上亦与汉代经师一样同讲阴阳五行。
董仲舒是儒家最早言说五行者，强调“天人合一”，顺应自然的规律。中医学也非常强调“天人合一”思想，其具体表现为《黄帝内经》中的“天人相应”学说。
“君臣佐使”学说也是封建等级制度在中医学中最明显的体现，体现儒家思想对于封建等级秩序的推崇，明显带有儒家对于秩序的强调。
经学的产生与分类
经学源于汉代
经学产生于西汉。由于秦始皇采纳李斯的建议焚书坑儒，将全国图书以及学术集中到咸阳城，秦亡后，项羽焚烧咸阳，致使大量先秦典籍消失于历史舞台，六经除了《易经》之外，其他几未能幸免于难。汉代之初，高祖刘邦并不重视这些儒家经典，从“文景”时期开始展开了大量的献书和古籍收集工作，部分年长的秦博士和其他儒生，或以口述方式默诵已遭焚毁的经典，或把秦时冒险隐藏的典籍重新拿出，使之传世。
经学的繁荣本质上是为顺应封建统治，在汉武帝时期发展尤为辉煌，因为从儒士的地位可以看出统治者对于儒学的推崇。公孙弘是个狱吏出身的儒生，汉武帝为了提倡儒学，公元前124年，让他擢升丞相，封平津侯。公孙弘前，丞相皆为列侯贵族，公孙弘出身贫士，竟得封侯拜相，《公羊》学因此成为最时行的学术。凡是士人和官吏，必须学习儒经，才能得到任用或升迁，儒学独尊的地位更加巩固了。
经学有古今之分
汉代经学分古文经学和今文经学。其中，“文景”时期从部分老年秦博士、儒生等处收集来的经学书籍，因为文字、传述和解释体系的不同，产生了不同的学派，但其版本则基本相同，后来统称为今文经。今文经学的特点是微言大义地阐发说明孔子的思想，继承和发扬儒家学说。
古文经学所依据的经书一般都是西汉中期以后在民间发现的古书，因其是用战国及以前的古文字所书写，故称之为古文经。汉景帝末年鲁恭王兴建王府，坏孔子宅，从旧宅墙中发现一批经典；汉武帝时，河间献王刘德从民间收集了大批的古典文献，其中最重要的就是《周官》，皆收入秘府（即官方皇家图书馆）；汉宣帝时又有河内女子坏老屋，得几篇《尚书》。这些出土的文献都是用战国古文字书写，与通行的五经相比，不仅篇数、字数不同，而且内容上也有相当差异，此后即统称为古文经。
学者在研习的过程中形成了两种思想派别，后经相互争辩、互相渗透和整合，初步实现了经学的统一。汉朝是经学发展最为繁荣和昌盛的时期，在这一过程中，儒生通过对经学进行阐述发展的过程，使经学的思想深深渗透到普通民众之中。
经学的流变与经学大家
经学的流变历程
经学的流变是儒士对于儒家经典不断解释注疏的过程，因此随着时代的发展，经学也经历不断发展流变的过程。儒家经典起源于孔子编著的六经《诗》、《书》、《礼》、《易》、《乐》、《春秋》，六经作为儒家经典的最早成果，也是经学研究最早的范本。西汉初年《乐》失传，儒家经典留存《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》，因此被称为“西汉五经”。到了东汉年间，除上述五经外，另外二经究竟为何一向聚讼纷纭，据王国维《汉魏博士考》，应为《孝经》与《论语》。
汉唐两个朝代是中国历史上经济发展最为富庶的时代，也为经学的发展提供了良好的土壤和环境。唐朝开始，儒家经典中将五经中的《礼》拆为《仪礼》、《周礼》与《礼记》，《春秋》拆做《左传》、《公羊传》与《谷梁传》，形成“唐九经”。
唐文宗开成年间，儒家经典在九经上添《尔雅》、《论语》、《孝经》，刻做石经，由此形成“开成十二经”。北宋时，承继唐代九经定制，但是《孟子》的地位有所上升；南迁以后，《孟子》的地位已经不可动摇，升格为经，与开成石经合做十三经，被称为“宋十三经”。
经学发展的高峰以及奠定经学最终构架的是“四书五经”，这一构架为朱子所定，与五经上增设“四书”，随着朱子学的繁盛，这也成为了儒家经典最为著名的编订方式，为后世的发展奠定了良好的基础。
经学大家对经学发展有影响
一项学问的发展需要代表人物的思考和推动，经学的发展正式得到大儒董仲舒的推动才走上正确的发展轨迹。孔子以后董仲舒以前的儒学是汉人称为朴学的原始儒学，其特点是，一方面，思想上还拘泥于残余的领主制度，不能完全符合新的地主统治的需要；另一方面，儒家还是各种学派中的一派，不能吸收各种学派，使统一到儒学里面来。
董仲舒生于汉景帝、汉武帝时候，西汉政治上统一的条件已经成熟了，学术上统一的条件也成熟了。儒学经董仲舒的加工，因此摆脱了原始阶段，成为阴阳五行化的、完全适合地主统治的西汉今文经学。某些汉儒把董仲舒当作孔子的继承者，因为他创造了今文经学。董仲舒根据他的哲学观点，提出许多影响甚大的建议。这些建议，极大部分被汉武帝采纳并得到实行。
董仲舒的主要观点有：首先是“大一统”。董仲舒认为孔子修《春秋》，把一统当作首要的大事，因为这是天地的常道，古今的通义。现在学士们各持异说，朝廷无法一统，法制屡变，臣民不知所从。应将不属于《六经》、不合于孔子的学说，一概废绝不用，专用儒术。这事实上顺应了封建专制统治的需要，迎合和封建统治者对于皇权至高无上的追求。
其次是“更化”。汉初基本沿袭秦朝的制度，因此有“汉承秦制”之谓，郡县制优秀。但是秦行法家政治，刑罚惨刻，因此董仲舒主张更化，要求以仁德代替严刑，也就是要求以儒家学说代替法家学说。
再次是“推阴阳灾异”。在落后社会里，占卜术常是人们行动的指南。董仲舒取《春秋》所记天变灾异广泛地予以附会穿凿，使《公羊》学彻底的阴阳五行化。自从董仲舒开出这一条道路，《公羊》家以外各家的经师，都认为这是一条最合时的道路，把大量迷信成分加入到经学里，借以取得朝廷的信任。经学阴阳五行化，成为西汉今文经学的基本特点。
此外还有“断狱”。儒家谈德治，向来与法家刑名之学对立。董仲舒据《春秋》经义附会汉朝法律，决断了许多疑难大狱，儒法两家合流了。他的判词集合成《公羊董仲舒治狱》十六篇，流传久远，至东晋时还有人引用它来辩护自己的冤狱。
两汉经学对中医学的影响
经学的传承牵系着中国学术的大脉，经学自孔子删订六经之后，又经历了秦汉两代相接的特殊历史变革时期，演变为今文经学与古文经学两支风格迥异的经学派别。这两种经学派别之争一经肇始，便一发而不可收，自汉时起绵延至今。
章太炎先生曾言：“讲国学而不明派别，将有望洋兴叹、无所适从之感。”中医古籍，尤其是《内经》，在传承过程中亦经历过秦汉之际的文字变革，在理论上亦与汉代经师一样同讲阴阳五行，在两千余年经学统领中国传统学术核心的背景下，今古文经学对中医学的传承产生重要影响。
中医典籍地位确立与经学关系
汉武帝时期罢黜百家，独尊儒术，儒学开始成为2000多年来封建主义的主导思想。对于儒家思想的推崇主要通过对儒家典籍的推崇和注疏来体现的。从孔子编订六经，到西汉五经、东汉七经，一直到宋代确立的四书五经，经学不断发展变迁，虽然在数量上变化，但主体内容仍然是儒家典籍。
受经学影响，中医对于典籍也很是推崇。中医典籍《黄帝内经》类似于经学中的五经，享有至高无上的地位。中医界有先贤曾说:“不读医经，纵成仓扁，终为技术之流。”蔡陆仙也讲:“医书之有经，亦犹儒家之有六经也。六经所以载道，‘辨治乱与兴衰之轨辙。医经所以昌明学术，莫不由是焉……’”
经学传承模式影响中医典籍传承
经学强调注不破经、疏不破注，株守家法、烙守师法，形成了信而好古、言必称尧舜的价值取向。董仲舒《春秋繁露》虽然自成一说，但并没有突破儒家确立的价值理念；朱熹的《四书章句集注》也是对儒家经典的注疏，是对儒家理念的一脉相承。
中医典籍《黄帝内经》类似于经学中的五经，享有至高无上的地位。历代对中医进行注疏，中医典籍《黄帝内经》标志着中国医学由经验医学上升为理论医学的新阶段的医学典籍。
《难经》是阐发《黄帝内经》的疑难和要旨的第一部书；《伤寒明理论》是对《伤寒论》的注解之作；明代著名医家张景岳《类经》，是对黄帝内经进行全面研究的著作。历代医家经过临床实践，提出各自理论，或者自成流派，但是核心离不开《黄帝内经》等典籍。
春秋战国，中医有用针、用药和重切脉的三大派。西汉时代已汇合为医经和经方两大派别。在金元时代有被称为“四子学派”的四大医家，即刘完素、李东垣、张子和、朱丹溪；刘完素创立火热论；李东垣师承于张元素，主补脾，著《脾胃论》；张子和立论邪之法而主攻下；朱丹溪则撰著《阳有余阴不足论》、《相火论》而创立了滋阴学派。
经学推动中医学理论范式的作用
天人合一理念
儒家宣扬的价值理念在中医学中同样能寻找到明显的印记。董仲舒对儒学的新解释一方面是为顺应封建专制统治，倡导“君权神授”，宣扬皇权至高无上的地位，得到汉武帝的推崇；另一方面，新儒学对各家思想的融合，即包括对道家思想的融合，董仲舒是儒家最早言说五行者，强调“天人合一”，顺应自然的规律。
中医学也非常强调“天人合一”思想，《黄帝内经》主张“天人合一”，其具体表现为“天人相应”学说。《内经》反复强调人“与天地相应，与四时相副，人参天地”（《灵枢·刺节真邪》），“人与天地相参也”（《灵枢·岁露》、《灵枢·经水》），“与天地如一”（《素问·脉要精微论》）。认为作为独立于人的精神意识之外的客观存在的“天”与作为具有精神意识主体的“人”有着统一的本原、属性、结构和规律。
因此，《内经》的天人合一观是天道观的表现所在。《内经》“天人相应”学说，可以从两方面来探讨：一是从大的生态环境，即天地（大宇宙）的本质与现象来看“天人合一”的内涵；一是从生命（小宇宙）的本质与现象来看“天人合一”的内涵。
中药配伍理念
中药是中医学对人体产生积极作用的最主要体现方式。中药用于治疗疾病，分为单行和配伍使用。配伍强调“君臣佐使”的组方原则，“君药”是针对主病或主证起主要治疗作用的药物。在一个方剂中，君药是首要的，是不可缺少的药物。
“臣药”有两种意义，一是辅助君药加强治疗主病或主证的药物。二是针对兼病或兼证起治疗作用的药物。它的药力小于君药。
“佐药”有三种意义，一是佐助药，即协助君、臣药加强治疗作用，或直接治疗次要的兼证。二是佐制药，即用以消除或减缓君、臣药的毒性或烈性。三是反佐药，即根据病情需要，用与君药性味相反而能在治疗中起相成作用的药物。佐药的药力小于臣药，一般用量较轻。
“使药”有两种意义，一是引经药，即能引方中诸药以达病灶的药物。二是调和药，即具有调和诸药作用的药物。使药的药力较小，用量亦轻。
这种组方原则是科学的，有良好的实践效果。但这一组方原则也是封建等级制度在中医学中最明显的体现，体现儒家思想对于封建等级秩序的推崇，明显带有儒家对于秩序的强调。