不同时期疫病理论的普适性在于坚持了辨病与辨证相结合的原则，而其特殊性则是在原有辨病与辨证理论基础上，提出了新的辨病与辨证的思路与方法，整个创新发展的趋势使得辨病与辨证更加深入，更加准确，更加精细。
在原中医温疫病种（四时新感温病）基础上，以温病病因学说为纲，结合现代医学病因学内容，创新温疫分类学，界定每一疫病的内涵，整理研究传统有效方法与方药。
中医学有数千年的历史，在与传染病的斗争中形成了自己独特的体系。中西医结合治疗H7N9禽流感所取得的成就表明，中医学的理论和经验不仅能用于古代传染病的防治，同样也适用于现代传染病。故进一步挖掘、整理中医学治疫理论、方药思想，使其在传染病的防治中发挥更大的作用，十分必要。
中医疫病理论发展三阶段
《伤寒论》六经辨疫病
东汉末年疫病流行严重，当时中国社会发展基本状态是：中原地区地广人稀，气候寒冷，科学技术发展水平低下。当时，外感病的发病特点是初起恶寒症状明显，疾病发展呈现一定规律性。故张仲景以外邪六经传变的方式总结其规律性。
《伤寒论》辨病使用二级辨病模式。首辨一级病名：伤寒，其涵盖甚广，主要包括了各种外感发热性疾病。次辨二级病名：太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病。伤寒六经辨证的辨病系统与辨证系统结合紧密，三阴三阳病即代表了伤寒病的六种类型，也反映了疾病病位的深浅层次。它们之间既有各自特点，同时又相互联系。
瘟疫学派重视病因特殊性
明末瘟疫学说之创立则是疫病理论创新的又一成果。而瘟疫、温病学派医家大多为江浙人氏，这与当时时代背景密切相关。江浙地区气候温暖潮湿，交通便利，商贸发达，人口集中，疫病发病特点不同于汉代。
温疫学派是以温疫立论来研究温病防治规律的一大学术流派，以明末吴有性《温疫论》为代表。其学术特点在两个方面尤其引人注目：一为强调特殊致病因素。如吴又可的杂气论、刘松峰的邪毒说、余师愚的时气热毒说等。二为重视尽早采用攻击性的祛邪治疗。如吴又可开创的疏利透达法，首用辛香雄烈之品，直捣膜原巢穴，并擅用汗、吐、下三法；余师愚长于清热解毒，以清瘟败毒饮为治温疫诸证之主方；杨栗山重视火热怫郁，常将清、透、下、利诸法并施。此派各位医家的理论与经验，对于温疫流行的防治，具有重要的学术价值，且对后世温病学家影响甚巨。
其辨病与辨证方法是：辨病则首辨一级病名：瘟疫（或温疫），是对传染性疾病的统称（其涵盖范围较之“伤寒”要明确得多）。次辨二级病名：例如虾蟆瘟、大头瘟、绞肠瘟、探头瘟、痘疮、痢疾、烂喉痧等，这些病名仅代表某种特异性单一疾病。此时辨证与辨病系统开始趋于分化，疾病的命名也趋于精细，但尚无独立于传统辨证方法之外的系统、完整的，辨病论治体系。
温病学派形成完整辨证论治体系
温病学派诞生的背景与瘟疫学派类似，但在前人基础上，其理论进行了更进一步创新。
清代中叶，温病学家以叶天士为代表，温病学说的辨病与辨证方法：首辨一级病名：温病，是外感发热疾病的统称（其范畴涵盖较广）。次辨二级病名：温热类温病、湿热类温病。再辨三级病名：温热类的疾病有风温、春温、暑温、秋燥、大头瘟、烂喉痧、暑热疫等；湿热类温病主要包括湿温、伏暑、湿热疫、霍乱等。每个病名只指某类特异性的疾病，并将疫病完全纳入温病的体系。
辨证体系为卫气营血辨证和三焦辨证等，其辨证名词与病名不再关联，辨证与辨病系统已完全分化，疾病命名更趋于精细，形成了系统完整的辨证论治体系。从20世纪50年代至今，中医多以温病学说作指导，来防治包括乙脑、流脑、流行性出血热以及SARS等各种传染病、流行病。
疫病理论面临挑战与机遇
2013年4月3号，“H7N9禽流感”走进公众视野。4月17日，北京首例H7N9禽流感小患者康复出院。此病例取得成功的一个亮点在于中西医结合治疗：中药银翘散合白虎汤加减，结合达菲等西医治疗措施，将患儿体温从40.2℃下降到36.8℃。但要强调的是，治疗过程中的用药加减乃是经过准确辨证后的处方行为，只有严格地中医辨证论治才能药到病除。
回首近两个月的防疫战，颇值得反思：由于中医疫病防治体系尚不完善，学说众多以及防治手段的局限性和方法单一，虽然国家层面出台的指南和诊疗方案对于中医药参与整个治疗方案有很大影响并取得较好的效果，但发布的方案仍显单薄。因此，整理古今疫病防治经验，特别是近10年中医药防治疫病经验，并结合当前传染病防治实际，构建中医疫病防治体系十分重要。
对疫病理论创新的思考
中医学中的疫病学说与温病学说是经历了近两千年艰难曲折的发展历程，经过历代医家与疫病、温病进行顽强抗争才逐渐形成的。从这一发展历程可发现，由于疫病有发病急、传染性强、流行面积广、病种复杂和病证不同的特点，所以疫病学的专著多呈一书专论一病，一病一主方的特点。
自《温疫论》之后，疫病学专著在不断总结临床实践经验的基础上相继问世，但由于这些著作所论述的病种较局限，虽难以形成完整的理论体系，却为温病学说的形成奠定了坚实的基础。
叶天士卫气营血辨证与吴鞠通三焦辨证体系的形成，都是在总结前人经验的基础上完成的。正因为温病学的研究范围不再限于具有传染性的温疫，而是广及所有温病，其视野更为开阔，能够综合各种温病的发生发展规律及辨治方法，在疾病谱上取其共性，所以最终形成了温病学的理论体系，从而使中医学的理论体系更为完整、丰富。这种由个性单向研究走向共性综合研究的科学研究思路，无疑为我们提供了宝贵的经验。
在新形势下，不断出现的病毒性感染性疾病，对医学界是个严峻的考验。但我们应该注意到,中医疫病理论在其发展过程中，除始终保持传统中医特色外，又吸取各时期中医学发展的一些新思想、新理论，如伤寒、温病等学说。可以看出，不同时期疫病理论的普适性在于坚持了辨病与辨证相结合的原则，而其特殊性则是在原有辨病与辨证理论基础上，提出了新的辨病与辨证的思路与方法，整个创新发展的趋势使得辨病与辨证更加深入，更加准确，更加精细。
新中医疫病防治理论亟待构建
当代社会的特点是人口高度密集，交通高度发达，多学科迅猛发展，对疾病的检测手段与研究方法是以往所不能比拟的。随着抗生素的广泛使用，各种高致病性病毒不断涌现，种类多、变异快。
现代突发病毒性流行性疾病的特点是发病迅猛、变化多端、死亡率高，多种不同的突发病毒性传染性疾病具有不同的发病特点和演变过程。如爱博拉病毒、人禽流感等等，均显示不同的疾病过程，其证候演变规律不是单纯的伤寒六经传变，或者温病卫气营血和三焦传变，很难用单一辨证方法来概括处理，此其一。温病卫气营血和三焦辨证，对当今疫病理论有普适性指导意义，但对具体病种针对性不强，此其二。
因此，我们应分析疾病病机，审证求因，结合临床判定使用一种或几种辨证方法，将辨病与辨证相结合，发扬创新中医瘟疫理论，提高中医对于新型传染病的临床干预能力。
中医疫病防治理论的构建，应基于以下两点：
一是基本理论的重构。即温疫（温疫理论）与现代传染病理论相衔接，形成一套病证结合模式下的疫病防治新体系。
二是辨证体系的完善。辨证施治是中医疫病防治取得疗效的基础。当前各种传染病屡屡发生，症状多变，传变复杂，以往因对新发急性传染病临床资料占有不够，故对许多疫病传变规律认识和归纳不清。
因此，必须研究新的疫病治疗规律，同时汲取温疫学派以及中医理论研究中的新学说、新观点。例如从医学地理学角度研究新感温病，重视岭南温病学派的学术成果。如岭南温病的研究重点是自然环境因素和生物环境因素与温病发生的关系等，以构建适于新疫病防治的辨证体系。
笔者认为，具体可以从以下几个方面入手：
一是以温病病因学说为纲，加强疫病分类的研究。传统温疫病种分类不能完全概括归纳当前传染病，但如果单纯以西医病种的特点来描述疫病规律、在此基础上进行中医辨证，亦不利于中医思维模式下对疫病发生的探索。
因此，在原中医温疫病种（四时新感温病）基础上，以温病病因学说为纲，结合现代医学病因学内容，创新温疫分类学，强化实用性，有深入研究的必要。
二是加强对疫病病变特点的研究。有学者认为，传统的疫病如暑热疫、杂疫，概念较笼统，定义不清，加上对疫病辨证体系的不完善，导致疫病的病证规律认识不够深入，治疗指导意义不强。
因此，细分疫病，界定每一疫病的内涵是认识其流变规律的前提。解决了以上问题，即可避免出现应对突发急性传染病时，因辨证模式选用，疫病归类的认识差异出现防治方案多样的情况。
三是加强对温疫派学术思想的研究。首先是祛邪治疗原则，倡导清、透、通、利诸法并施这一重要的治疗思想；关于寒凉药物运用的时机、分寸、配伍等，应得到更充分的重视与更全面的阐述。其次是戴天章的《广瘟疫论》表里辨证模式，虽然未脱离八纲辨证，辨治内容却更为翔实与清晰，适于温疫。
四是加强对疫病防治传统有效方法和方药的整理研究。当前的疫病防治更多集中于药物运用，应重视古代丰富的疫病防治方案并进行深入研究，界定其应用环境、季节、个体体质等，在此基础上推广应用。
五是实用制剂的应用与临床评价研究。必须开展传统中药的有效性评价，特别是预防药物、服用剂量、时间，以及有传统记载，现认为有一定毒性的中药，必须开展安全性评价，以利推广。
另外，中医对高热、惊厥、昏迷等危重症的救治，虽然目前有包括血必净、清开灵在内的中药急救制剂，但及时、有效的方药和手段尚欠缺。传统给药手段亦不能满足临床需要，所以，该类注射剂等新剂型的研制尤显迫切。