清宫御药房主要为“宫眷近臣”服务，编制近百人，其职责为“掌详慎供用药料，和合丸散之事”，并由太医院监视其成药修合。根据档案文献，康熙帝服用过肺胸舒丸、龙涎香露等，雍正帝修合过龟龄集、金鸡丹药（济吉丹）等，乾隆帝常用八珍糕、蟠桃丸、松龄太平春酒等，光绪帝服用过葆真固本丸、长春益寿广嗣丹等，慈禧太后用过沤子方、玉容葆春酒等。御药房修合成药的记录形成配方与治方配本，现保存在中国第一历史档案馆的有御药房丸散膏丹配方、药库丸散膏丹配方档、丸药配方档、修合成方、上用丸散膏丹配方簿等；晚清亦有多个清宫配方与治方手抄本从宫廷传出。
经过近一两年较为全面地收集与整理，清宫成药配方约有1300多首，包括风痰、伤寒、暑湿、燥火、补益、脾胃、痰嗽、气滞、泻痢、眼目、疮科、妇科、小儿、咽喉、口齿、杂治等门类，居多的是疮疡方（159首）、补益方（157首）、妇科方（140首）、脾胃方（122首）等。剂型按数量多少依次为丸剂、膏剂、散剂、丹剂、酒露剂、锭剂、饼剂、糕剂等。总结清宫配方的命名方法，典型的方名是组成药物-功效主治-剂型，如黄连上清丸等；更多的是以组成药物命名，如益母草膏等；最多的是以功效主治命名，如补益延龄露等；也有根据制剂、服用特点命名的，如紫雪、八厘散等；还有一些较特别的方名，如诸葛行军散、打老儿丸等，蕴含历史与文化典故。
清宫配方与治方对于医理的论述颇为丰富，多为精当之论。如沉香化气丸下论及气血，另可见论脾胃、小儿、妇科、眼科、痰饮、疮疡、暑湿等证治的方论，在古庵心肾丸、金匮种子丸、萃仙丸、孔圣枕中丹等配方中论及补益之理。至于清宫成药的配伍，在档案文献中很少谈及，仅在七宝美髯丹、琼玉膏、二味枳术丸中说明了配伍情况；而梁会大津丹、代天宣化丸根据五运六气学说，在不同年份采用不同的药物为君，表明清宫成药修合时还是很在意君臣佐使配伍的。
清宫成药对药物的炮制极为讲究。修合成药之前先要对各个药味进行炮制，但如法制半夏、法制贝母、法制槟榔、法制黑豆、法制杏仁、九制黄芪、七制香附丸、九制大黄丸、四制楝实丸、九转黄精丹等如法炮制后即可作为成药使用。药味炮制后修合诸药也是不惮其烦，如秘传壬水大金丹、龟龄集等的修合过程可谓极其繁琐。清宫成药的服用方法多种多样，内服媒介除了白开水，还有盐汤、米汤、姜汤、酒、茶、蜜水、枣汤、梨汤、藕汤等；常常需要配合其他汤药引经报使；随症调引的配方也很多。注明“孕妇勿服”的成药有56种，丸药配方档中有近一半的成药说明了注意事项与禁忌，强调需要调节心情、饮食、生活方式等。
清宫成药配方中小方与大方并见，含一味药物的配方有24首，二味44首；含30味以上药物组成的配方有22首，其中用于内服的回天再造丸含55味中药，活络丹含52味中药，外用的金不换膏含86味中药，为最大的成方。清宫成药中含有毒药材的配方很多，其中含砒石、水银的13种，含川乌的38种，含雄黄的93种，含朱砂的167种；梅花点舌丹、紫金锭等含有多种有毒成分，但现代临床报道它们可以治疗多种疾病，其抗肿瘤的作用值得进一步验证与研究。清宫配方约有三分之一的方剂可被认为是通治方。
根据方名考察丸药配方档中方剂的来源，其原始出处以金元时期的居多占26.5%，其次来源宋代占26.3%，明代占25.6%，唐代占8.5%，清代占5.7%。具体来说，出自宋《和剂局方》的最多（12.7%），其次出自明代龚廷贤（9.2%）、元代朱丹溪（8.8%）、明代王肯堂（8.3%）、元代李东垣（6.6%）的方也很多，唐孙思邈、金刘河间、宋严用和、宋钱乙、明张景岳的方也引用不少，经验方占6.3%。因此清宫成药配方可谓“博采众方”，撷取历代中成药经验的精华。建国以后，以丸药配方档为代表的清宫配方有30%（128首）被纳入《中华人民共和国药典》，说明清宫配方相应的成药得到了继承与发展。