蛋白质功能强大，几乎参与人体的各种生化活动。而从中医营养的角度来讲，蛋白质可以归结为三大功能：
一、提供能量。
二、提供构成身体器官的原材料，我们称之为气血的“血”。
三、构成肌体的各种功能物质，如酵素、荷尔蒙等，我们称之为气血的“气”。
在“气”这个方面，特别要强调一点的是，蛋白质具有运载功能，而这一功能，刚好是脾经运化的物质基础。我们摄入的各种营养素当中有一部分是脂溶性（能溶于脂肪）的，而脂溶性营养素是不溶于水的，那么就无法独立在以水为主的血液当中运输。蛋白质的氨基酸侧链可以跟大多数的物质结合，也可以跟水结合，因此，通过蛋白质的搭桥，脂溶性物质可以在水中穿行。当然，除了蛋白质之外，卵磷脂也能起到运化的作用。因卵磷脂一端亲水一端憎水，也可以起到类似蛋白质载体的作用。
从中医营养学的角度来讲：
针对不同的经脉，蛋白质所起的作用不同，这应该与蛋白质中不同的氨基酸在不同的经脉系统起作用有关。或者说，这些氨基酸在不同脏腑间合成具有不同功能的化合物，因此所起作用不同。以下是一些蛋白质氨基酸与经脉的关系。
肺经：蛋白质不足，皮肤细胞分裂不完整，皮肤质量下降。苏氨酸是形成头发、皮肤和指甲的原材料。而肺经主皮毛，刚好负责苏氨酸的利用。蛋氨酸形成胶原蛋白和弹力蛋白，有利皮肤的紧凑和弹性。
胃经：如果蛋白质被抽取，易患胃炎及胃溃疡。
脾经：脾经的运化功能是通过蛋白质去完成的，油之所以在体内没有漂在水上面，糖之所以能够随血液到达头部，都是蛋白质的运载功能在起作用。脾经也负责人体免疫，缺乏蛋白质无法合成相应的免疫细胞，引起免疫力下降。精氨酸与发育有关，儿童及少年无法转化出精氨酸，必须摄入。待作为后天之本的脾经不断成熟后，精氨酸可以转化而来，也就不必要额外摄入了。
小肠经：压力下容易导致蛋白质被抽取，出现小肠炎症或者十二指肠溃疡等。
膀胱经：膀胱经是人体排毒能力最强的一条经脉，膀胱经排毒分两个大的方面，一是通过尿液将垃圾毒素排出，一是通过背部皮肤将脂溶性的毒素排出。而这些毒素大部分是通过蛋白质运载的。
肾经：肾经决定了蛋白质的锁水功能，如果肾虚，又刚好是虚在缺乏蛋白质上，那么细胞内水分就会外溢，引起水肿。这样的人用手按腿部，一按一个坑。
心包经：缺乏蛋白质的话，血液中的各种营养素的运输会发生障碍，尤其是脂类的运输会受到影响，甘油三酯、胆固醇因缺乏载脂蛋白的运输，会滞留在血管中，如果受到自由基的攻击被氧化后会沉积在血管内壁形成粥样硬化。
三焦经：缺乏蛋白质的话，无法合成足够的免疫细胞以及抗体，导致抵抗力下降。组氨酸就存在于淋巴细胞中负责抵抗外来不明物质。