中医学阴阳虽然有哲学内容，但它并非仅仅是抽象的哲学概念，也不能等同对立统一。所谓“对立统一”，指的是已发展到“同一”关系的对立。而“对立”，则是尚未发展到“同一”关系的对立。对立是本质的差异，在对立中，互相区别的不是任一他物，而是与自己正相反的他物，“对立统一”与“对立”，是两个内涵完全不同的概念。
中医学阴阳既包涵“对立统一”的关系，也包涵“对立”的关系
王叔和说：“桂枝下咽，阳盛则毙，承气入胃，阴盛以亡。”桂枝汤辛温属阳，承气汤苦寒属阴。在此语境中，从哲学角度看，由于承气汤之阴与桂枝汤之阳不在“同一”统一体中，故承气汤之阴与桂枝汤之阳是“对立”关系。
事物阴阳属性的绝对性，主要表现在其属阴或属阳的不可变性，即不可反称性。如水与火，水属阴，火属阳，其阴阳属性一般是固定不变的，不可反称的。水不论多热，对火来说，仍属阴；火不论多弱，对水来说，仍属阳。但是，《脾胃论》说：“既脾胃气衰，元气不足，而心火独盛，心火者，阴火也。”在此语境中，由于阴火证之火性质属寒，故称“阴火”；阳水证之水性质属热，故称“阳水”。所谓火不能反称阴，水不能反称阳的说法也不能成立。
从哲学角度看，由于阴火之阴与阳水之阳不在“同一”统一体中（阴火、阳水证不是出现在同一个患者身上），故阴火之阴与阳水之阳是“对立”哲学关系。而像心阴与心阳、肝阴与肝阳、肾阴与肾阳等五脏阴阳，在此具体语境中，由于心阴之阴、肝阴之阴等与心阳之阳、肝阳之阳等此五对阴阳均在“同一”统一体中（同一脏象之中），故心之阴、肝之阴等与心之阳、肝之阳等是对立统一哲学关系。
中医学阴阳之间还有助益、侵伤的关系
桂枝汤之阳既能助益人体之阳以祛除体表风寒之阴邪，又能助阳邪而侵伤人体之阴，故阳邪盛者，“下咽”则阴竭而毙。承气汤之阴既能助益人体之阴以祛除阳明之阳邪，又能助阴邪而侵伤人体之阳，故阴邪盛者“入胃”多阳败而亡。再如，补中益气汤之阳既能益人体之阳而愈阴火证，又能助阳邪而侵伤人体之阴，故脾胃阳邪盛者误用补中益气必阴衰而危。疏凿饮子之阴既能益人体之阴而治阳水证，又能助阴邪而侵伤人体之阳，故阴邪盛者倘服疏凿饮子，多阳竭而殆。在此语境中，阴阳之间的助益、侵伤之中医医学关系，并不指向对立统一哲学关系。
中医学阴阳有哲学阴阳和医学阴阳之分
在张仲景、王叔和设定的具体语境中，承气汤（以大承气为例）属阴之阴，指称的是承气汤中芒硝、大黄、枳实这三味阴性中药物质及其对人体病变的阴作用等这些中医医学意义；桂枝汤属阳之阳指称的是桂枝汤中桂枝、炙甘草、生姜、大枣这四味阳性中药物质及其对人体病变的阳作用等这些中医医学意义，已经有具体所指，并非抽象，故此阴阳是中医医学阴阳。赵献可《医贯》说：“阴阳之理，变化无穷。”在赵献可设定的具体语境中，阴阳指称的是天地万物变化无穷的阴道理与阳道理这些哲学意义，故此阴阳是中医哲学阴阳。
综上所述，阴与阳之间既存在对立统一关系，也存在具体的对立关系。中医文本中之阴阳到底是中医哲学阴阳还是中医医学阴阳，并不是固定不变的，而是随着具体语境变化而不断变化的。但就中医文本中阴阳所处的某一具体语境而言，阴阳两个指称语言符号指称的是哲学阴阳，还是医学阴阳则是确定的，不能把二者混为一谈。