长期以来，中医乃至社会学界，先后在三大问题上争论不断，于是便形成了持久的“三大争论”，即中医科学性之争、中西医结合之争和中医现代化之争。争论潮起潮落，认识终未一致。但是，它对中医的影响是巨大的，它促使中医不断思考自身、深入认识自身，在争论与思考中使中医的本色更加清晰起来。
中医科学性之争
中医科学性之争，经历时日之长久，参与人士之广泛，是中国历史上少见的现象。之所以如此，因为它关乎中医之生死，更关乎中国传统文化之存亡。二千年来为中华民族的繁衍昌盛做出巨大贡献的中医，在西学传入之后便不再科学了？便要消灭之？这是国人难以接受的，更是不能容忍的。新文化运动时期，认为中医不科学者是社会学界名流，进入现代社会，要中医退出历史舞台的还是社会学界名流。而且都是拿科学问题说事。曾经认为“中医只要有疗效就是万岁的”，而反对中医的声音并未因为中医有疗效而停止。看来只有疗效远远不能回答科学与否的问题。
科学是什么？科学是“反映自然、社会、思维规律的分科知识体系。”中医学是什么？中医学是关于人体生理病理、健康保健、防病治病规律的分科知识体系。为什么还说中医不是科学？问题的关键在于，中医作为科学，在特征要求上未能与西方科学严格吻合。这是科学主义下的“霸王条款”。
科学是探求自然奥秘、发现客观规律的，无论任何“分科的知识体系”，不管它们的理论指导、思维模式、研究路线、采用的方法有什么不同，目的是一致的。能够登上珠穆朗玛峰的都是成功者，都是英雄，不管你走的是南坡路线还是北坡路线，更不管你使用的攀登工具是东方的还是西方的。同样，中西医都是探索人体健康与疾病防治规律的，都在朝着打开人体生命奥秘的方向前进，不管你的视野是宏观的还是微观的、采用的方法是还原论的还是系统论的、研究的层面是实体的还是现象的，都是科学研究的范畴。
科学自由，是科学精神的基本主张。如果约束、制约甚至阻碍科学探索，那一定是背离科学精神的。中医的疗效是客观存在，理论指导也是客观存在，如果因为它的思维方式和方法与现代科学不同而否定它的科学性，那也同样是背离科学精神的。当然，在肯定中医科学性和自身优势的同时，我们也看到了自身存在的不足，如何使理论解说更具有现代特征、使理论概念更加清晰严格、使中医疗效更具有重复性，这已是中医在自觉深入思考的问题。但是，这些问题的存在只能说明中医理论在科学水平上还存在差距，理论的严格程度还需要提升，不能成为质疑和否定中医科学属性的理由和依据。
科学性之争，让中医人对什么是科学有了更深刻的认识，对中医自身有了更全面的思考，这不仅没有削弱中医人的自信，反而更加坚定了对中医科学性的认识。
中西医结合之争
中西医结合之争的焦点,在于两种理论能否通约。“通约”原是一个数学概念，学术界引申其意，表述属性或本质相同的两种事物关系，或者说事物、文化之间具有互通性和共同之处时，便说“两者可以通约”。由于文化差异，中西医在思维方式和理论表述上也存在较大差异。以此为依据，便有学者提出中西医不能通约的观点。相反，因为研究对象相同，中医脏腑理论与西医生理病理存在交叉，中医证候与西医病症存在重合，特别是现代临床中西医结合研究取得诸多具有说服力的成果，则有学者提出中西医不仅在临床方法上可以结合，随着科学发展和研究的深入，理论上的通约也是可能的。尽管这一争论持续已久，但仍未到下结论的时候。医学是应用的学问，是需要在实践中探索发展的，中西医能不能通约，不是只有理论论证就能回答，重要的是要通过实践来检验。中医的现代研究，已经将中医理论的“现代阐释”作为主要研究方向，因为只有中医理论的现代阐释，才能为中西医结合创造必要条件。同时也深刻认识到，中医理论的现代阐释，远不是语言转换这样一个简单的问题，根本的是要达到现代科学水平上的解说。所以，现代阐释实际是中医理论研究的再深化，是理论上的飞跃和突破，而它必须借助于现代科学技术的支持才能完成。
导致中西医结合之争的另外一个原因，则是有人认为中医“西化”就是由中西医结合导致的，欲清除西化，必先终止中西医结合。这种认识无可厚非，因为当下一些西化现象确实是以中西医结合为旗号，名曰中西医结合，实则西医为主，中医为辅。但是，不能因此将中医西化扩大化。就临床而言，中西医结合首先是优势方法的结合，而是不是优势方法是要通过临床疗效来评判。所以，不同的疾病或疾病的不同阶段，中西医表现的治疗优势是不同的，此病以中医为主，西医为辅；彼病则以西医为主，中医为辅，不可能每一种疾病的治疗都是中西医各占一半，更不可能都要突出中医，都以中医为主。中西医优势方法的结合在中医临床已成为普遍，对此需要客观分析与正确对待，不能一概视为西化，否则将会影响临床中西医结合的研究与发展。
发展地看，中西医优势的评价，只注重疗效优势是不全面的，还应当注意它的经济优势。特别是在一些经济尚不发达的地区，不考虑经济优势是不行的。所以，疗效优势与经济优势并举，应当成为今后中西医结合临床研究工作努力的方向。
中西医结合之争，还会持续下去，但不会因为有争议就会影响到两种医学的结合。从科学的角度看，中西医作为医学的两姊妹，相互之间交流、影响会继续，在临床发展中的相互借鉴更是不可避免，这不只是医学发展的需要，更是医学发展的规律。所以，中西医结合是不以人们的意志为转移的，是阻挡不了的。同时，也不要认定中西医结合就一定要两种医学理论通约，一定要中西医理论融合。两种医学技术上的优势结合不是一样能提高临床疗效、一样能给人类健康带来福祉吗？这不正是中西医结合的目的所在吗？所以，以理论不能通约为由反对中西医结合是不充分的。
可以预言，将来两种医学理论如果融合，呈现在我们面前的一定是既超越中医也超越西医的新医学，带来的将是医学划时代的发展，是医学的飞跃。所以，那时的医学既不姓中，也不姓西。其实那时的医学至于姓什么已经不再重要。
中医现代化之争
在中医界，因为不少人甚至是中医界的权威都认为，中医现代化就是一条西化之路，是中医死亡之路，“中医现代化”与中医发展是对立的。由于认识上的严重分歧，“中医现代化”在中医界的争议也异常敏感。
其实，“中医现代化”这一表述并无不妥。它表达的是一种现代社会的需求，是对中医发展的希望。现代化不等于西化，只是在强调它的时代性，强调它对现代社会的适应。有学者曾经提出，对中医现代化的理解，可以见仁见智，但有一点应当是一致的，即是不是现代化，要看中医对现代社会需求的满足程度。如果中医离满足社会需求还存在距离，说明中医现代化水平还要不断提高。说中医现代化就是西化，则是一种认识错觉。因为我们在社会比较上，经常说西方国家现代化水平比我们高，所以以为现代化就应当是西方国家的模样。这是错误的。关于现代化，可能各国在政治、经济、军事、科学等指标要求上有一些共同的地方，但在文化内容、价值标准，特别是精神需求上，是有本质不同的。不能说西方国家的现代化水平高，他们就成为其他国家现代化发展的模式和标准。同样,也不能因为西医学的现代化水平高于中医，就要求中医的现代化也以西医为模式来发展。中医现代化一定有自己的路线，有自己的特色，就像中国特色社会主义不同于其他社会主义国家一样。当然，现代医学中一些对中医现代化发展具有支持作用的先进技术，我们还是要努力借鉴和吸收的。所以，中医现代化就是“中医的现代化”，本质不能变，如果最后“化”成西医，搞中医现代化也就没有什么意义了。
有人可能会有另外一种认识，即中医是传统文化，不可能现代化，硬要将它现代化，可能就不是中医了。中医是传统文化，但它又不是纯粹的传统文化，还具有自然科学的属性，具有医学功能，需要不断满足社会日益增长的需求，所以不可能不发展、不进步。
当然，在中医现代化进程中，要牢牢把握住发展的方向。中医现阶段发展中一些现象值得注意，就是将中医的硬件建设当成了中医现代化的主要指标,硬件发展明显快于内涵发展，一些中医特色被忽视，中医优势被弱化，西医技术被盲目大量引进。这不是中医现代化的应有之义。这样发展下去，中医现代化就有可能成为一条西化之路。中医现代化，首先是中医特色得到强化，中医优势得到弘扬，社会需求大幅提高，这才是中医现代化的根本目的和方向。
总之，开展中医重大问题的讨论，不是一件坏事，它可以帮助我们澄清一些认识上的模糊与混乱，提高理论思考的能力，使我们能更准确地认识中医的本质,更正确地把握中医发展的方向。