《黄帝内经》医学理论的最大特点就是充分融汇了中国文化的精髓。归纳《黄帝内经》医学理论，包括以下中国文化的元素。
返璞归真
璞，是未经雕琢的玉石，比喻人的天真状态。即《内经》认为人是自然之物，是适应自然环境而生存、繁衍的高级生物，所以《内经》构建了天、地、人的概念，并研究三者的关系，如《灵枢·本神》说：“天之在我者德也，地之在我者气也，德流气薄而生者也。”人的生存及生命需要天地之气来维系，人离开天地之气的维系就很难生存。
因此，《内经》认为人的各种疾病都与自然环境有关，如《素问·至真要大论》说：“夫百病之生也，皆生于风寒暑湿燥火，以之化之变也。”可见自然环境对人的生存很重要。所以《内经》提出了顺应自然的养生防病思想及方法，如《素问·上古天真论》：“上古有真人者，提挈天地，把握阴阳，呼吸精气，独立守神，肌肉若一，故能寿敝天地，无有终时，此其道生。中古之时，有至人者，淳德全道，和于阴阳，调于四时，去世离俗，积精全神，游行天地之间，视听八达之外……其次，有圣人者，处天地之和，从八风之理，适嗜欲于世俗之间，无恚嗔之心，行不欲离于世，举不欲观于俗，外不劳形于事，内无思想之患，以恬愉为务，以自得为功，形体不敝，精神不散，亦可以百数。其次，有贤人者，法则天地，象似日月，辩列星辰，逆从阴阳，分别四时，将从上古，合同于道，亦可使益寿而有极时。”
“返璞归真”是道家的思想，所以，也有人认为《内经》的以上医学思想是受了道家思想影响，这样的思想在《内经》里还有很多，《内经》并由此建立了顺应自然的系统医学理论体系，提出相应的防治疾病原则和方法。
和衷共济
和衷共济是儒家的思想，也是中国文化包容性的体现，《内经》同样汲取了其思想精髓。一方面提出，人与天地自然相应，天地人必须保持和谐统一，人才能健康地生存；另一方面提出，人体五脏以及五官九窍、肢体、经脉、气血是一个有机联系的系统，它们之间保持着协调统一的关系。
《内经》尤其强调五脏六腑的协调平衡，如《素问·灵兰秘典论》就将五脏六腑比喻成政府机构的职官，提出十二藏当“相使”，而“不可相失”，而《内经》奠定的中医藏象学说，也是秉承了协调平衡、和衷共济的思想。其次，《内经》的治则治法也渗透着协调平衡的思想，即任何治疗疾病的方法，其目的就是恢复人体自身的平衡，达到阴平阳秘的状态。
在养生方面，《内经》同样注重协调平衡，如调和精神情志、和合五味、方制相伍等，这些都是《内经》和衷共济思想的体现。
格物致知
格物致知也是儒家的重要思想，《礼记·大学》有八目，即格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下，《大学》说：“欲诚其意者，先致其知；致知在格物。物格而后知至，知至而后意诚。”格物致知大概包括两层含义，一是探求物质世界的本源，即实事求是；二是说知性、智慧，即通过对世界的认识而获得的智慧。
《内经》的理论就是对人体、自然认识的大智慧。它试图深入到人体生命现象的每一个层面，去充分认识和发现其中的规律，再结合实践经验，逐步提炼出人体健康的若干条件，总结出疾病发生、发展及防治的思路和方法。因此，它对中医两千多年的发展一直起到重要的指导作用。
正由于有格物致知思想的指导，中医认识疾病的脚步并没有因《内经》的成书而终止，而在《内经》成书以后，许多医家在这种精神的指导下，进一步丰富了中医对疾病及其防治方法的认识，使中医理论愈臻完善。
穷理悟道
穷理悟道是理学的重要思想，它既是儒家格物致知的体现，也受道家所推崇。格物和穷理也是朱熹推崇的思想，朱熹早年出入佛、道，31岁正式拜程颐的三传弟子李侗为师，专心儒学，成为程颢、程颐之后儒学的重要人物。所以穷理悟道融汇了儒、道、佛的思想，在《内经》里，主要体现在对人体生理、病理的认识。
由于古代科技水平的局限，《内经》难以完全用解剖、客观的生理等来解释人体的功能，因此，在认识比如藏象、病因病机、病证等问题时，就借用了理学的方法来归纳，或规范。因此，《内经》也将医学之理称为“道”，学医为业当悟其道，就是要把握其内在规律。
溯本求源
溯本求源与佛家因果论有关，即我们不知道将来怎样，但可以通过现在的果推曾经的因，这也正是中医审证求因，审因论治的理论基础。如《内经》所说“必伏其所主，而先其所因”，即辨别真伪，溯本求源。因此，中医治病不但重视结果，更重视过程，往往通过对疾病的全称的分析和认识，更能准确地把握疾病的内在规律。
《内经》认为治病必求于本，本于阴阳，即溯本求源的依据是阴阳，根据阴阳的表象去探寻疾病的内在规律。正因为有这样的认识方法，所以中医对疾病的把握是全面、准确的。也正因为这样，中医临床才能治得好各种疾病。
乐善好施
儒家常教导人们要仁爱，佛家要人们行善，因此，中国文化里还有一个重要的思想，就是“乐善好施”。这种思想在中国历代医家，在《内经》里都体现得很充分，如孙思邈的大医精诚，张仲景之仁心仁术，《内经》之“病为本，工为标”。因此，中医治病始终是把患者放在第一位的，即“治病治人”，中医治病治的是有病之人，而不是有人之病。明白这个道理，我们才能理解中医为什么治同样的病，会经常用不同的方药、方法。
其次，中医治病所追求的境界是不求回报，这样的例子在古代有很多，橘井、杏林的传说便是，现在临床也有一些医生在这样做。这既是中国传统文化的体现，也是中医医术源自临床，回报于临床的需要，因为要认识一个病不容易，治好一个病更不容易，中医医术来自于无数医患经验的总结，所以，任何后学者都应该回报社会，回报使我们积累了丰富经验的患者。