“三神”即“元神”、“欲神”和“识神”。元神与生俱来，是“神”最重要的部分，主宰人的生命。“识神”基于“元神”，生于后天，是学习与积累的心理活动。“欲神”是源自本能的心理活动，包括各种内在深藏的欲念冲动，是“元神”的一部分或外在表现。
“三神”之间的关系
中医之“神”的含义非常广泛，除了“整体生命活动的外在表现”和“人体的最高功能层次”之外，还包括人的精神、心理结构和心理活动，体现出“元神” (不神)、“识神”(思虑神)和“欲神”三个不同的层次。而“三神”之间亦即“元神(不神)”、“识神(思虑神)”和“欲神”三者之间还存在着如下关系。
“三神”之中，“元神”是“神”最重要的部分：何裕民总结出“元神”如下特点：一是先天的，有了它，就有了生命；“元神”离去，生命即终止：二是不受意识支配，可自主地发挥作用，“识神”则赖其而产生，却又可干扰“元神”；三是“元神”在于脑中，而非心中。李时珍的《本草纲目》、赵台鼎的《脉望》和张锡纯的《医学衷中参西录》中也有相关阐述；四是“元神”时时刻刻在发挥作用，是生命的主宰，其健全则“真气自升，真气自定”，“独我自主”。何裕民认为，“元神”是大脑皮质下生命中枢，包括“老皮层”或“边缘系统”，而“识神”则是大脑皮质的功能。或许无“元神”，则其他诸神等都不再存在。
“识神”基于“元神”，生于后天，是学习与积累的心理活动，是“元神”基础上的一种活动。但“识神”也可干扰“元神”，正如“后为情识所移……汩没在情识中，遂成思虑之神”。“识神”与情志之间的关系值得进一步研究。
历代直接对“欲神”的阐述虽然不多，但“欲神者，气禀之性也”，认为是源自本能的心理活动，似乎可指“食、色、性也”一类，它包括各种内在深藏的欲念冲动，似乎是“元神”的一部分，或者是“元神”的外在表现，“欲神”可以干扰“元神”，无论医、儒、道、释任何一家，各种修持方法无不是针对这种过度的欲望来调控的。“欲神”与情志之间的关系也值得进一步研究。综上所述，我们可以用图表示“神”、“元神(不神)”、“识神(思虑神)”和“欲神”四者之间的关系。
中医“三神学说”是中医心理学和中医精神病学中的一个重要学说，它反映了中医心理学在研究人的心理和人格方面的重要贡献。从中医心理学的角度来看，中医学理论在人格理论方面的研究贡献除了著名的“五态人格”理论以外，还存在着关于心理结构理论的“三神学说”及儒家的“君子-小人”二分式人格类型说、刘劭的“十二种人格类型说”和“英雄三种类型说”等等多种人格学说。特别是“三神学说”几乎能够与西方弗洛伊德的人格结构理论相媲美，尽管“三神学说”并不是由个人提出，但确比西方人格理论要早出很多，是对人格理论研究的重要贡献，应当进一步深入研究，这将对现代心理学基础理论和临床心理学及中医心理学的发展有着重要意义。同时它也对临床心理治疗提供直接的指导作用，现代中医心理疗法中的低阻抗意义导入疗法实际上就是在“三神导引法”的基础之上创新应用，它不仅能够在临床上起到调整“三神”的作用，也在理论方面构架起东西方文化意识研究和人格研究的桥梁。因此，在世界心理学对人的心理异常发展治疗和人格矫正方面还缺乏有效方法的今天，中国传统文化和中医学中却存在着大量的可借鉴的心理疗法和技术正等待我们去挖掘、整理、完善和提高。