病有感于外者，有因于内者，即有外感和内伤之分。尽管中医对病因认识的主体思维是“审证求因”，尽管临证多有外感合内伤者，尽管临证每有不易分辨外感与内伤者，但明辨外感与内伤，对临证者而言，仍然是非常重要的，因为这种分辨直接影响到治疗。
对于外感病，医者治疗的着眼点主要在于邪气，给邪以出路，使邪去而正安，这是治疗的终点。基于此，辨证模式多选用带有“层次”、“通道”等思辩痕迹的辨证法，如六经辨证、卫气营血辨证、三焦辨证等。
对于内伤病，医者治疗的着眼点主要在于正气，恢复正气的正常循行布化，恢复五脏六腑的有序健运，使正安而邪去，这是治疗的终点。基于此，辨证模式多选用带有“关系”、“调控”等思辩痕迹的辨证法，如脏腑辨证、经络辨证、气血津液辨证等。
经方可以治疗外感病，也可以治疗内伤病，这是毋庸置疑的。关键是，同一首经方，在治疗外感病和治疗内伤病时，其用法往往有别，这一点需临证者推敲、体会。
小柴胡汤用于外感病，主要作用在于和解表里，祛邪外出。小柴胡汤用于内伤病，每每用其疏调肝脾、疏解郁热等。
明代医家薛立斋在《内科摘要》中载一案：“太守朱阳山因怒腹痛作泻，或两胁作胀，或胸乳作痛，或寒热往来，或小便不利，饮食不入，呕吐痰涎，神思不清，此肝木乘脾土。用小柴胡加山栀、炮姜、茯苓、陈皮、制黄连，一剂即愈。”
（“制黄连，即黄连、吴茱萸等分，用热水拌湿腌二、三日，同炒焦，取连用”）
分析本案处方，实为小柴胡汤、半夏泻心汤、二陈汤三方合方加减（如果把“制黄连”看作左金丸法，则为四方化裁）。如果治疗外感病，如果从六经辨证法用方，小柴胡汤不该有这种用法。而治疗内伤病，用脏腑辨证法用方，本案中小柴胡汤的这种用法似乎非常自然、合理。
《内科摘要》中记录小柴胡汤的主治，侧重于内伤病，可参考：“小柴胡汤：治肝胆症，寒热往来，或日晡发热；或潮热身热，默默不欲食；或怒火口苦耳聋，咳嗽发热，胁下作痛，甚者转侧不便，两胠痞满；或泄泻咳嗽；或吐酸食苦水；或因怒而患疟痢等症。”