《内经》所论脏腑数目不尽相同，这也符合《内经》各家学说的性质，具有多家观点，在这里仅对基本符合脏、腑定义的脏腑数目加以探讨，诸如“形脏四，神脏五”及唐代王冰所谓“九形腑”，均是从“天人相应”观得出的认识，但其中挟杂着“形”，故不符合在《内经》中占主导地位的“脏腑”的定义，在中医学里也未能得到进一步发展，所以不在此讨论。“奇恒之府”虽属脏腑之范畴，但也因其不符合脏、腑的严格定义，因此也不再进行讨论。
十一脏腑说
《内经》多处提到“五脏六腑”，包括心、肝、脾、肺、肾、胃、大肠、小肠、胆、三焦、膀胱这十一个脏器。显而易见，这种学说在《内经》中占据主导地位，也是十一脏腑说的主体内容。如《素问·金匮真言论》云：“肝、心、脾、肺、肾五脏皆为阴，胆、胃、大肠、小肠、膀胱、三焦六腑皆为阳。”《灵枢·师传》亦云：“五脏六腑者，肺为之盖……心为之主……肝者，主为将……脾者，主为卫……肾者，主为外……六腑者，胃为之海……鼻隧以长，以候大肠。唇厚、人中长，以候小肠。目下果大，其胆乃横。鼻孔在外，膀胱漏泄。鼻柱中央起，三焦乃约，此所以候六腑者也。”这种在《内经》中占据主流的观点，也为之后脏腑配属中的五脏配五腑说、五脏配六腑说奠定了基础。
十二脏腑说
《素问·灵兰秘典论》云：“心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，伎巧出焉。三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。凡此十二官者，不得相失也。”十二脏腑说即由《素问·灵兰秘典论》篇提出，指出人有十二脏腑，在上述十一脏腑之外还有膻中。膻中在《内经》中具有不同的含义，《灵枢·海论》中说：“膻中者为气之海”，即指胸中；《灵枢·胀论》中说：“膻中者，心主之宫城也”，即指心包络。另外，《灵枢·经脉》等篇十二经脉与脏腑配属有心包络而无膻中。《素问遗篇·刺法论》亦说：“膻中者，臣使之官，喜乐出焉，可刺心包络所流”，指出膻中有邪刺心包络，根据其他脏腑皆刺本经的论点，可知膻中即心包络。
《内经》认为心包络仅起代心行令、代心受邪、保护心脏的作用。正如《灵枢·邪客》说：“故诸邪之在于心者，皆在于心之包络”，除此并无其他特殊功能。因此，中医在论述各个脏腑功能时，大多把心包络放入心中讨论，并且认为它只是心的一个附属器官，所以无论是在《内经》还是在后世医籍，心包络均未受到过多的重视，十二脏腑说也并未占据主要位置，而仍以十一脏腑说为主。
另外，《难经》在《内经》十二脏腑说的基础上多有阐述。如《难经·三十六难》云：“脏各有一耳，肾独有两者，何也？然：肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也；男子以藏精，女子以系胞。故知肾有一也。”又如《难经·三十八难》云：“五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也。”《难经·三十九难》云：“经言腑有五，脏有六者，何也？然：六腑者，正有五腑也。五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也。其左为肾，右为命门。命门者，谓精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通，故言脏有六也。腑有五者，何也？然：五脏各一腑，三焦亦是一腑，然不属于五脏，故言腑有五焉。”可见，《难经》中的十二脏腑是将肾分为两脏，左为肾，右为命门的观点。把肾与命门对立，认为命门是一个独立的脏腑，但从《难经》所述的“命门者，谓精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通”来看，这里所称命门的功能，实为肾脏功能的一部分。值得说明的是，从《难经》的论述中，我们还能看出对三焦这一脏器认识的不同，这些均是关于早期中医学在脏腑数目中存在不同观点的反映。
十三脏腑说
王好古《此事难知》认为六脏六腑为十二，又加胞一腑，则为十三脏腑。胞在《内经》中实有三个概念，一者尿胞，一者心包络，一者女子胞。王好古把胞作为一腑，用的是尿胞概念，如他云：“膀胱胞内居之”，“膀胱者，胞之室也”。
笔者认为，“胞移热于膀胱”语出《素问·气厥论》，对于“胞”的解释，历代医家主要有两种意见：其一认为指精室与女子胞，如吴崑、张介宾等；其二认为膀胱之中又有一胞，如马莳、王履等。这些解释均不能尽其经旨。考“胞”字，《内经》有多种含义，其一为心包络。如《素问·痿论》“悲哀太甚，则胞络绝”，据此，此“胞”当为心包络。心包络之脉同手少阳三焦相表里，“下膈，历络三焦”，膀胱正位于下焦，从而构成心君、心包络和膀胱之间的经络联系。正如杨上善注《素问·痿论》时所云：“心悲哀太甚，则令心上胞络脉绝，手少阳气内动有伤，心下崩损，血循手少阳脉下，尿血”，强调血从包络循手少阳脉下至膀胱，也就阐明了心君、心包络有热、包络移热于膀胱的途径。《内经》原文说“胞移热于膀胱，则癃、溺血”。癃是指排尿困难，甚则小便闭塞不通，由膀胱气化不利所为。膀胱气化不仅取决于脏器自身，且与心、心包络有关。清代名医曹仁伯认为：经曰：胞移热于膀胱则癃、溺血，故药用导赤散合火府丹加灯火。程国彭认为“心主血，心气热，则遗热于膀胱，阴血妄行而溺出焉”；“清心，阿胶散主之”。由此不难看出，这些临床大家，虽然没有明确指出“胞”即“心包络”，但却是依此用药行治，而且行之有效，这也从实践上证明这一论点的正确性。
综上所述，十三脏腑说主要争议在“胞”，“胞”或为尿胞为膀胱之一部分，或为心包络已包含在六腑之内，因此，十三脏腑说不能成立。总之，就脏腑数目而言，《内经》形成时期主要有十一脏腑说、十二脏腑说两种。