《内经》中有关脏与腑的配属问题，主要是运用五行学说、经络、脏腑系统等理论，把脏腑对应进行配属，主要有五脏配五腑、五脏配六腑、六脏配六腑等几种学说。现将有关学说分别表述如下。
五脏配五腑说
《灵枢·本输》云：“肺合大肠，大肠者，传道之府。心合小肠，小肠者，受盛之府。肝合胆，胆者中精之府。脾合胃，胃者五谷之府。肾合膀胱，膀胱者津液之府也。少阳属肾，肾上连肺，故将两脏。三焦者，中渎之府也，水道出焉，属膀胱，是孤之府也，是六腑之所与合者。”上述《灵枢·本输》篇对五脏配属五腑的问题表述的很明确。这一种学说属于脏腑相合说，五脏分别一一对应配属的五腑，一脏一腑，表里相合，内外相应。即肺与大肠相表里，心与小肠相表里，肝与胆相表里，脾与胃相表里，肾与膀胱相表里。可如果按照这种工整的一脏一腑的模式进行配属，势必多出一腑，《灵枢·本输》篇将这多出的一腑“三焦”命名为“孤之府”，并且进一步通过经脉关系将三焦与膀胱联系起来，如张介宾云“三焦下腧出于委阳，并太阳之正入络膀胱约下焦也”，因而“属膀胱”。
五脏配六腑说
关于五脏配六腑说《内经》中主要有以下两种观点。
其一，《灵枢·本脏》云：“肺合大肠，大肠者，皮其应；心合小肠，小肠者，脉其应；肝合胆，胆者，筋其应；脾合胃，胃者，肉其应；肾合三焦膀胱，三焦膀胱者，腠理毫毛其应。”《灵枢·本脏》篇所云脏腑配属关系与《灵枢·本输》篇肺合大肠、心合小肠、肝合胆、脾合胃均一致，所不同的就是“肾合三焦膀胱”。在上述“五脏配五腑说”中提到，三焦为孤之府，属膀胱。而本篇医家则认为三焦与膀胱在主气、主水的功能上有相通之处，“气本相依，体同一类”，并均受肾的制约，于是将“三焦膀胱”合称，便出现了“肾合三焦膀胱”的观点。后世医家对此观点也多有发挥，如明代马莳云：“肾合三焦者，左肾合膀胱，右肾合三焦也。”张介宾云：“然三焦为中渎之府，膀胱为津液之府，肾以水脏而领水府，理之当然，故肾得兼将两脏。将，领也。两脏，腑亦可以言脏也。《本脏》篇曰：肾合三焦膀胱，其义即此。”日本医家丹波元简云：“《本输》篇曰：三焦者，中渎之府也，水道出焉，属膀胱。盖三焦膀胱，但是指下焦膀胱，膀胱为太阳经，主周身之表，肾与膀胱合，所以应腠理也。”清代章楠云：“盖上明腑生于脏，故同脏气之应，而肾之腑本是膀胱，乃又合三焦者，以明一脏两腑，相合而生化气血，出陈入新也。”
可见，此种认识与五脏配五腑说虽为两种不同的学说，但是之间关系密切，可以说“肾合三焦膀胱”的观点是参考了“肾合膀胱”中三焦“属膀胱”之说。这种脏腑配属理论，配合工整，又宜用五行阐述，且较符合经脉络属关系，故一直被后世所重视。
其二，《素问·六节藏象论》云：“心者……通于夏气。肺者……通于秋气。肾者……通于冬气。肝者……通于春气。脾胃大肠小肠三焦膀胱者，仓廪之本，营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也，其华在唇四白，其充在肌，其味甘，其色黄，此至阴之类，通于土气。凡十一脏取决于胆也。”《素问·六节藏象论》将这十一脏腑的功能与四时阴阳结合起来论述，其中心通夏、肺通秋、肝通春、肾通冬，而脾胃大肠小肠三焦膀胱“能化糟粕，转味而入出”，同属一家通于土气，胆则因主决断、主升发而与各脏腑关系密切。这种五脏六腑配合的方法，是把心、肝、肺、肾单列，而把脾与传化之五腑归为一类，形成一个与众不同的脏腑群，即称为“仓廪之本”，归属“至阴之类”，用胆维系着各脏腑的功能。这种学说在《内经》其他篇亦有体现，如《灵枢·本输》曾有“大肠、小肠皆属于胃”的论述，并非将大肠归肺，小肠归心，而是划为脾胃系统。《伤寒论》曰“阳明之为病，胃家实是也。”这里的“胃家”显然包含有肠，举凡承气汤类、抵挡汤类也均是胃肠并治。实则，现今临床“消化系统”疾病的诊治思路与方法也是这一观点的运用。但这种学说并没有将一个脏一个腑地进行配属，也未考虑脏腑经络的络属关系，与传统的脏腑阴阳五行系统理论有些差异，可谓是脏腑配属的各家学说之一。
六脏配六腑说
《内经》有关脏腑学说的篇章中，有关于十二脏腑的记载，但并没有明确提出六脏配属六腑。十二脏腑说主要就用于十二经脉说。十二经脉表里相应，有各自络属脏腑，由此形成了六脏配属六腑说，正如《灵枢·海论》云：“十二经脉者，内属于腑脏，外络于肢节”。六脏配属六腑除了大家熟知的心-小肠、肺-大肠、肝-胆、脾-胃、肾-膀胱外，《灵枢·经脉》又云：“心主手厥阴心包络之脉，起于胸中，出属心包络，下膈，历络三焦。……三焦手少阳之脉，起于小指次指之端，上出两指之间，循手表腕，出臂外两骨之间，上贯肘，循臑外，上肩，而交出足少阳之后，入缺盆，布膻中，散落心包，下膈，循属三焦。”《灵枢·经别》亦云：“手少阳之正，指天，别于巅，入缺盆，下走三焦，散于胸中也。手心主之正，别下渊腋三寸，入胸中，别属三焦，出循喉咙，出耳后，合少阳完骨之下，此为五合也。”因此还包括心包络与三焦。六脏配属六腑说满足了经脉表里相配、脏腑阴阳五行相合的关系，并增加了“心包合三焦”，也解决了三焦为“孤之府”的矛盾。
值得注意的是，《素问·灵兰秘典论》论十二脏腑，有膻中而无心包络，《灵枢·经脉》论经脉，有心包络而无膻中。后世医家经考证认为，“按十二脏内有膻中而无包络，十二经内有包络而无膻中，乃知膻中即包络也。”（李中梓《内经知要》）。另外，《难经·三十九难》又云：“经言腑有五，脏有六者，何也？然：六腑者，正有五腑也。五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也。其左为肾，右为命门。命门者，谓精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通，故言脏有六也。腑有五者，何也？然：五脏各一腑，三焦亦是一腑，然不属于五脏，故言腑有五焉。”将肾分为两脏，左为肾脏，右为命门，所以明代医家马莳将其发挥为“左肾合膀胱，右肾合三焦”的观点，亦为一说。
综上所述，六脏配属六腑说是作为十二经脉表里相合所衍生出来的一派观点，在经络学说中逐步被接受并固定下来。笔者认为，从马王堆出土的文献及《内经》有关记载来看，经脉数目有十一经脉过渡到十二经脉的一个历程，十一经脉两两配属，势必会多出来一条经脉这如何解决？于是促成十二经脉的形成，由此出现心包经脉与三焦经脉的配属，由此产生了六脏配属六腑说。