孔嗣伯是中国近代“四大名医”孔伯华之子，1948年即随父学医，临诊左右，并先后从师于萧龙友、杜文甫、汪逢春、陈慎吾等诸名家，从事中医临床工作60余年，2011年6月病逝于北京。孔嗣伯继承并发展孔伯华的学术思想，父子两代在京城行医近百年，为燕京地区中医学术思想的主要代表人物之一。今总结其主要学术思想如下。
两纲六要的辨证思想
孔嗣伯继承了孔伯华两纲六要辨证思想，即强调阴阳为总纲，下统表里寒热虚实为六要，两纲六要不能平列，临证之时，先辨阴阳，以求其本。表里、虚实、寒热，分别指疾病的部位、正邪之消长、疾病之征象，皆可上属于阴阳。作为六要，其间病邪由表入里，寒热夹杂，虚实互见等错综变化，深入辨证，始终不离阴阳，以阴阳为总纲。例如，表证又可分为表寒证、表热证，寒证为阴，热证为阳，寒证又可再分为实寒证、虚寒证，实寒为阴，虚寒为阳，相应热证也可以此类分。
两纲六要辨证的实质是强调中医辨证的多层次性和复杂性，针对临床疾病的复杂多端，相应的辨证也并非简单的平面化的划分，而阴阳作为万物之纲纪，变化之父母，始终贯穿于中医多层次辨证治疗之中，起到提纲挈领的作用。这是对中医理论的深刻理解，同时也是孔氏父子两代长期临证实践的总结。
诸郁以气郁为首
朱丹溪云：“气血冲和，百病不生，一有拂郁，诸病生焉。”孔嗣伯对此颇以为然，认为朱丹溪的“郁证学说”在内科杂证治疗中很有价值。至于郁滞何来，则要详加辨证，但往往气郁为首，血、痰、湿郁从之。今人不知持满养精，不知静心养神，外感六气、五志过极皆能化火，令人耗损真阴，因此阴虚肝郁，木郁土壅，湿热证候为多，治疗多“热者清之，湿者化之”；“开郁”则遵《内经》“木郁达之，火郁发之”的原则，将通经、活络、疏散、清利、渗透等治法夹杂灵活应用，重视协调肝脾肾之间的关系。
善用“柔肝法”
孔嗣伯在临床辨证中不泥于古，主张辨证求因，审因论治，提倡因人、因地、因时制宜，在杂症的治疗中，不仅善用常规的疏肝法、平肝法，更常用“柔肝法”。他认为肝为刚脏，要以柔克刚，与常规的平肝之法平戟肝阳，直折其势不同，“柔肝法”更强调用阴柔濡润之品滋阴濡津，柔肝平潜，这也是其两纲六要辨证思想的体现。同为肝阴不足的虚证，“平肝法”强调潜阳，“柔肝法”强调滋阴，前者针对阴中之阳证，后者针对阴中之阴证，在治疗上也有重用龙牡潜阳和重用海蛤、熟地滋阴的不同。如对消渴病提出“柔肝濡津”的治法，认为现代之人所罹患之消渴病，肝阴不足，肝木克土，肝胆湿热及其继发的脾胃湿热在其中起主要作用，在治疗上也与现代疾病高血压阴虚阳亢证的平肝潜阳不同，强调“柔肝濡津”。
疑难杂症常用“和法”
孔嗣伯善于辨清疾病的起由、病机，理顺脏腑之间错综复杂的关系，临证施治则常用“和法”，可以说“和法”的使用贯穿于孔嗣伯治疗内科杂症的始终，特别是对疑难杂症，因为波及脏腑经络多而复杂，治疗颇为棘手，“和法”的使用往往成为首选。
“和法”的实质是强调脏腑功能之间的紧密相关和协调配合，甚至包括中医疾病观中正邪之间的对立统一。从临床实际来看，某些疾病尤其是老年病，病人脏腑功能减退，一味攻伐有害无益，单纯补益又容易助邪生变，均衡脏腑之间的关系使之达到新的平衡就尤为重要，这也是中医阴阳对立统一学说的体现。
孔嗣伯临证常重视以下脏腑之间的关系：1.心肺之间的关系：心肺同居上焦，心肺的协调关系，在顽固性肺系疾患和心胸疾患中具有辨证意义，笔者随诊孔老的病历记录中常有“心肺不清”、“心肺未和”等记录。2.心胃之间的关系：心阳和胃阳相互影响，胃不和则卧不安。3.心脾之间的关系：心脾两虚常见“体气萧瑟，夜不安寐”。4.心肝之间的关系：心阳不约而肝阳亢越，治以镇肝宁神。5.心肾之间的关系：心火与肾水的相互既济。6.肝脾之间的关系：木旺克土，肝热脾湿，湿热为患，常因于此。7.肝胃之间的关系：肝胃两阳并盛而上犯头目，在心脑血管疾病中常见，孔嗣伯常用石决明、白蒺藜、旋覆花、代赭石等平肝清热，往往有较好疗效。8.肝肺之间的关系：外感肺热常因内生肝热，肝胆郁热引动外邪。9.脾与大小肠之间的关系：孔门术语“脾肠欠和”，意指脾胃湿热与大、小肠湿热之间的相互影响。