《黄帝内经》自问世以来被医家称之为“医之经典”，其研究者甚众，研究方法亦众多，仅注本就近四百部。本文从研究方法角度出发，选取较有代表性的有关类分研究、注解研究及校勘研究的注家与注本，作一简要介绍。
类分研究
由于《黄帝内经》属论文汇编性质，有时某一篇涉及许多不同内容，有时几篇又同时谈论同一个专题，因而一些医家创用分类的方法，按其不同性质，对内容各以类分。按照医家分类方法的不同，类分研究又可分为3种。
1．全部类分
研究者认为《黄帝内经》162篇“言言金石，字字珠玑，竟不知孰可摘而孰可遗”（《类经·序》），故虽然把每一篇拆散而重新归类编排，但也一字不遗地将所有内容全部保存了下来。其中以唐·杨上善《太素》和明·张介宾《类经》为代表。
（1）唐·杨上善《太素》
该书是类分研究最早的一本。它将《素问》、《灵枢》原文分为19卷，每类又分若干篇目并给予注释。19类分别是：摄生、阴阳、人合、脏腑、经脉、俞穴、营卫气、身度、诊候、证候、设方、九针、补泻、伤寒、寒热、邪论、风论、气论、杂病。该书不仅其分类法是一个开创，且其注文也很精辟。由于该书同《黄帝内经》成书的年代最接近，所以对我们学习、理解、研究《黄帝内经》就具有更高的价值。惜该书在我国宋代后渐失传，直至清末民初有学者东渡日本发现该书，并影印回国，几经修补，但现仍缺5卷。
（2）明·张介宾《类经》
该书是现存全部类分《素问》、《灵枢》最完整的一部著作。它将《黄帝内经》全部内容分为摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病、针刺、运气、会通12大类，凡390目，共32卷。由于张氏有丰富的临床经验（著《景岳全书》），加之文字简明畅达，注释结合实际，故影响较大。
2．选择性分类
研究者认为由于实践不断加强、经验不断丰富、理论不断提高、科学不断进展，过去《黄帝内经》总结的东西不可能完全与现今符合，因此，必须要有选择地吸收。
（1）元·滑寿《读素问钞》
选择性分类研究《黄帝内经》当为滑寿所首创。他对《素问》反复研究后，先进行删繁撮要，然后再以类相从。他把经过选择的有关内容分门别类地进行编次，共分为：藏象、经度、脉候、病能、摄生、论治、色脉、针刺、阴阳、标本、运气、汇萃12类。
（2）明·李中梓《内经知要》
李中梓选择《素问》、《灵枢》二书的内容加以分类并予以注释，共分道生、阴阳、色诊、脉诊、藏象、经络、治则、病能8类，两卷。所选内容数量少但都很精，且简炼实用，加之注释多能结合临床，水平较高，故该书颇受学者欢迎。
（3）清·汪昂《素问灵枢类纂约注》
这是一部以《素问》为主、《灵枢》为副的选择性分类著作，共分藏象、经络、病机、脉要、诊候、运气、审治、生死、杂论9类。其所加注释十之有七选自王冰、马莳、吴昆、张志聪4家，十之三略陈自己的意见，或节其繁芜，或辨其谬误，或畅其文义，或详其未悉，或置为缺疑，语简义明，故名之为《约注》。
（4）清·沈又彭《医经读》
该书是类分中最简明的选本，分为“平、病、诊、治”4类，即脏腑、疾病、诊法、治则4大类。从实际运用来看，分类虽不多，却是很恰当。
3．调整篇次分类法
此种分类是对《素问》、《灵枢》各篇原文的内容不动，仅将其篇次予以重新类分。清·黄元御的《素问悬解》和《灵枢悬解》是其代表。《素问悬解》分为养生、藏象、脉法、经络、孔穴、病论、论治、刺法、雷公问、运气等类；《灵枢悬解》分为刺法、经络、营卫、神气、藏象、外候、病论、贼邪、疾病等类。
注解研究
不打乱《黄帝内经》原有的排列次序，逐字、逐句、逐段或逐篇予以注释阐发，当属此类。注解《黄帝内经》最早者，当推梁·全元起的《素问训解》，惜早已亡佚，现仅能从林亿所校订的《重广补注黄帝内经素问》中见到其少数的注释。现尚存较完整的注本可分为单注《素问》与全注《素问》、《灵枢》两类。
1．单注《素问》著作
（1）唐·王冰次注《黄帝内经素问》
王冰历时12年整理《素问》。其工作主要有二：其一，将《素问》重新编为24卷，并补入“旧藏之卷”第七卷——运气部分；其二，对全书各篇做系统而详尽的注释，对经旨多有发挥，成为后人注释《素问》的基础。他的治学态度严谨，“凡所加字，皆朱书其文，使今古必分，字不杂糅”（王冰次注《黄帝内经素问·序》）。可惜的是，在宋·林亿等校书时已经朱墨不分了。王冰注经宋·林亿等校正后，一直流传至今，是我们今日所见《素问》的底本。
（2）明·吴昆《素问吴注》
该书是以王冰的二十四卷本为底本。其特点有二：一是凡他认为原文有错简讹误之处就直改原文并在注释中加以说明。二是阐发医理较深入而不流于空泛。
(3)清·高世栻《素问直解》
该书共9卷。高世栻是张志聪的弟子，也参加了对《内经》集注的工作，但他认为《集注》“义意艰深”，不明白晓畅，故重注《素问》，著成《直解》。其注释明白晓畅，语言通俗易懂，而且每篇之中还分数小节，眉目清晰，使人一目了然，故称《直解》。
(4)清·张琦《素问释义》
该书有两大特点：一是书中之注语多采用黄元御《素灵微蕴》及章和节的《素问阙疑》两家之说，而黄书、章书流传较少，故可于《释义》中求之。另一特点是，林亿《新校正》关于篇卷变迁的校语，基本上他都采用了。其注释较为精炼，亦偶有所发挥。
2.全注《素问》、《灵枢》著作
杨上善的《太素》、张介宾的《类经》虽属于类分研究《黄帝内经》著作，但也对《黄帝内经》原文进行了注释。这一点前面已有论述，故此处不再列此两家。
（1）明·马莳《素问注证发微》和《灵枢注证发微》
两本书各9卷。马莳素来长于针灸经脉，故其对经脉俞穴证治、注证颇为详尽，而《灵枢》多论经脉、俞穴和针刺，因此，马莳所注的《灵枢》很受人们重视。又由于马注之前《灵枢》被人重视不够，故马氏注《灵枢》又被认为是专门研究《灵枢》之启端。
（2）清·张志聪《素问集注》和《灵枢集注》
张志聪精于医理，治学严谨，会同其同学、门人数十人，集体写成《素问集注》、《灵枢集注》。其注释质量较高，亦开集体著作之先河。其特点有二：其一，联系《黄帝内经》各篇解释原文，注意到《素问》与《灵枢》二书医理的相互联系，互相印证；其二，在注释中并不拘泥于历代医家的看法，而主张以临床实践为标准，强调从临床应用来阐发医理。
（3）日本丹波元简《素问识》和《灵枢识》
该书的特点是重在选用他人的注释。在选注方面，多采用王冰、马莳、张介宾、吴昆、张志聪等家注释，以考证精确、符合经旨而有发挥者入选。对各家注释有分歧时，则提出自己的看法，指出孰是孰非。如未能肯定，或可并存者，则用“恐非”、“似是”、“可并存”等口吻，望学习者思考抉择。本书在阐述自己的见解时，旁征博引，逻辑性强，对学者分析诸注、体会经旨很有帮助。
校勘研究
汉代以前的书籍主要是用竹简、帛书、木版等方式流传，不易保存。加之古今语言文字的不断变迁，时间间隔愈远，其间的变化愈大。由此校勘、训诂便成为阅读古书不可缺少的手段。
1.林亿《新校正》
公元1057年北宋政府成立校正医书局，对一批古医书进行了校正。其中，《新校正》就是林亿等人校《素问》时所作的校勘，今存于《重广补注黄帝内经素问》中。《新校正》校的时间较早，数量也多，所勘定的质量亦较高。
2.胡澍《素问校义》
胡氏著《素问校义》一卷，未成而逝，故仅存32条，但其精通声韵训诂，故其校勘法度谨严。该书博引诸子经籍，正全氏、王氏之讹误，纠林亿之偏失，勘正《黄帝内经》文字，穷及音韵训诂之原，于后学对经文之校勘，窥见经旨原貌多有裨益。
3.俞樾《黄帝内经辨言》
俞氏“湛深经学”，长于正句读、审字义、辨假借。《黄帝内经辨言》对《素问》难字疑句考据精详，探赜索引，辨讹正误，引证确切。惜该书仅限于《素问》，且只有48条。
4.于鬯《香草续校书·黄帝内经素问》
于氏著的《香草校书》60卷是校勘经部的著作，《续校书》22卷是校勘子史部的著作，《黄帝内经素问》属于子部，故校之。于氏以其严谨的治学态度和博大精深的小学知识，旁征博引诸如小学文字、篆书、隶书、经、史、诸子、传记等，对《素问》102条原文进行了校勘和训诂。其论述精审，义理详明，创见甚多。