中医是建立在中国古代哲学思维框架之上的。因此，中医的特殊就突出表现在它的思维方法上。中医的思维方法主要有：意象思维、辨证思维、直觉与灵感、逻辑思维、系统思维等等。其中运用最多的是意象思维。意象思维是以文字、物象（图象、现象、符号）表达研究对象抽象含义的思维方式. 是人们在观察事物取得直接经验的基础上，进行类比、联想，运用具体事物的形象、文字或其象征性符号进行表述，以反映事物普遍联系与规律的一种思维方法。以下简介意象思维的三个阶段：
观察现象：即对周围的自然现象、社会现象进行观察。此象有体用之别，即形质与功能之别，传统思维轻体重用，即所观察的“象”，主要为功能之象，而非形质之象。
形成意象：即通过观察现象把其中蕴涵的共性和规律抽提出来，并用文字、图象、符号的方式进行表达。由于人所把握的许多抽象涵义虽有些可以用文字准确、详细的表达，如阴阳、五行、天干、地支等，但有的不能用语言表达，需要用图象进行描述，因此，便产生了卦象、太极、河图、洛书等。
推演意象：或称为类推意象，意象显示事物的规律和共性，因此，具有超越自身原有价值的意义与趋势，可以类推。《易传·系辞上》：“其称名也小，其取类也大”，即可以将事物按照功能、格局等进行分类，通过比附、推衍来认识未知事物。
亦有根据某些事物的现象直接类推比拟，从而认识另外一些事物的规律的方法，属于简单的意象思维方式。这一方法是中医的主要的思维方法，《内经》则充分反映了这一思维特点。这里举个自然界的风的例子，刮风，可引起自然界多种变化，但人们看到最多的、感受最深的，恐怕莫过于树枝摇动了，那么总结“风”的性质特点，就可以用“动”来概括，由“风”人们联想到“动”，《素问·阴阳应象大论》说“风胜则动”，就是这个意思。即不同的致病因素可以产生不同的病证，其中“风”可以导致人体有关“动”的病证，如“肢体震颤”、“痉挛”、“屈伸不利”、“头晕目眩”等，而通过观象体意、由表知里、审证求因，也就知道产生这些病证的病因是“风”。那么，如果这些致病因素不是外界来的，而是人体内部产生的，则又称为“内风”、“中风”。人体肝在五行属木，与风象相应，在人体主筋，因此，“风”、“动”的有关病证也就与“肝”有了关联。著名的《素问·至真要大论》病机十九条提到“诸风掉眩，皆属于肝”，谈的就是这个问题，其中“眩”，张介宾注“运也”，即头晕目眩之意，仍属“动”的表现。另外，自然界到了冬天，水冰地坼，江河封堵，植物枯萎，动物冬眠，万物踡缩，“寒”，使得万物“收引”、“收敛”、“踡缩”，有“凝滞”之意，而人体疼痛多有踡缩之象，多是气血凝滞瘀阻所造成，所以《黄帝内经》曰：“痛者，寒气多也，有寒故痛也。”其实这里的“寒”也有外寒、内寒之分。
实则，《黄帝内经》用“象”以说明抽象概念的具体事物极为广泛，涉及天象、地象、气候象、生物象、颜色象、社会象、生活经验象等。如《素问·生气通天论》“阳气者,若天与日,失其所,则折寿而不彰,故天运当以日光明,是故阳因而上,卫外者也，”《素问·八正神明论》“月始生，则血气始精，卫气始行；月郭满，则血气实，肌肉坚；月郭空，则肌肉减，经络虚，卫气去，形独居。”是以太阳类比人体阳气，以月廓盈亏类比血气消长。《素问·五脏别论》“脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者，地气之所生也。皆藏于阴而象于地，故藏而不泻，名曰奇恒之府。夫胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，此五者天气之所生也，其气象天，故泻而不藏。”以天地藏泻类比脏腑功能特点，是藉用天地之象。相类似的，《黄帝内经》还以物色晦明含蓄暴露类比人的气色善恶，是藉用颜色之象；以官职制度类比脏腑分工合作与主次关系，是藉用社会之象；以物态变动类比脉象，是藉用生活之象。即使是五脏，也不单纯指解剖实体，所以，《素问·五脏生成论》里指出：“五脏之象，可以类推。”以表述五脏的功能特性。
这些中医学的主要思维，在《黄帝内经》都有充分的反映，如果我们能够充分理解，融会贯通，加以综合运用，往往会在临床治疗中获得出其不意的效果。如北京中医药大学第一临床医学院呼吸科武维萍教授从肝论治喘病。众所周知，哮喘病属肺系统病变，一般从肺论治。但是哮喘的一大的特征是突然发作，而这一特征类似“风”象，风为肝所主。另外，《素问·至真要大论》说“左右者，阴阳之道路也”，《素问·刺禁论》又说“肝生于左，肺藏于右”，由此说明肝肺两脏的气机关系密切。因此哮喘病从肝论治就不难理解了。