当今时代对《黄帝内经》名义之解释总体倾向于内外之说，认为其名字没有深意，并举《庄子》内外篇来例证。其实《庄子》内、外、杂三篇，在庄子整个学问体系之中，地位各有不同，所以内、外、杂三字，各有其义，并不是简单的三个符号而已。笔者认为，在那个惜墨如金的时代，著书立说皆是字斟句酌，更何况书名，《黄帝内经》亦不例外。汉语中有内教、内学之说。内教，指佛教；内学，一指佛学，一指道教所习神仙导养之学。两家学问皆为明心见性，参禅悟道之学。《黄帝内经》作为中医学奠基之作，吸取百家精华，与佛道内学应该不无联系。
笔者认为，《孟子·告子上》曰：“学问之道无他，求其放心而已矣。”陆九渊也认为“圣人之学，心学也”。“内”作“心”、“道”解，则可以贯穿、统一《素问》、《灵枢》两部分。也就是说，“素问”即问道、训道，无论“问道”还是“训道”，皆由心而证，而“灵枢”就是心之关键、机要。
素问就是问道、训道
素问者，问素也，缘于宾语前置。丹波元简《素问识》：“林亿等以为问太素之义，是也。《史记·殷本纪》，伊尹从汤言素王及九主之事。”《索隐》曰：“素王者太素上皇，其道质素，故称素王。”《列子》、《乾凿度》并云：“太素者，质之始也。”刘向《别录》云：“言阴阳五行，以为黄帝之道，故曰太素。《素问》乃太素之问答，义可证焉。而其不言‘问素’，而名‘素问’者，犹屈原《天问》之类也，倒其语焉尔。”全元起云：“素，本也。问者，黄帝问岐伯也。方陈性情之原，五行之本，故曰素问。义未太明。”吴崑、马莳、张介宾、王九达皆以为平素讲求问答之义。赵希弁《读书后志》云：“昔人谓《素问》以素书黄帝之问，犹言素书也，俱臆度之见而已。至《云笈七签》真仙通鉴云，天降素女，以治人疾，帝问之作《素问》，则荒诞极矣。”
丹波元简之说，几近包括当今关于素问之注解，评说甚当，但未尽也。王洪图先生主编《中医药学高级丛书》之《内经》中提到：“本与质似接近‘素’之原意。《素问》之名义，仍须继续探讨。”“素，本也（全元起《素问训解》）”，再有“道生一，一生二，二生三，三生万物”（《道德经》第四十二章）。素问者，问素也，问本也。道为万物之本，问素则可以理解为问道。“问，训也”（《说文解字》）。所以素问者，问素，问道，训道也。无论“问道”还是“训道”，皆由心而证。
“内”作“心”、“道”解，在《素问》文中亦有多处论证。开篇《上古天真论》：“上古之人，其知道者，法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有常，不妄作劳，故能形与神俱。”“虚邪贼风，避之有时，恬淡虚无，真气从之，精神内守，病安从来。是以志闲而少欲，心安而不惧，形劳而不倦，气从以顺，各从其欲，皆得所愿……是以嗜欲不能劳其目，淫邪不能惑其心，愚智贤不肖于物，故合于道。”王冰也有“百端之起，皆自心生”之说。
灵枢就是心之关键、机要
张介宾《类经》：“神灵之枢要，是谓灵枢。”王九达《黄帝内经素问灵枢合类》：“灵乃至神至玄之称，枢为门户阖辟所系。《生气通天论》：‘欲若运枢’。枢，天枢也。天运于上，枢机无一息之停，人身若天之运枢，所谓守神守机是也。其初意在于舍药而用针，故揭空中之机以示人。空者灵，枢者机也。既得其枢，则经度营卫，变化在我，何灵如之。”
现代的科学思想关于“灵”的解释：人类，具有一种超越常规的潜意识逻辑思维状态。中国先贤也有论及：“不可内于灵台，不可入于灵府。”（《庄子·德充府》）注：“皆谓心也。”?指人的精神状态。又如：心灵(指内心、精神、思想等)、灵明(指“心”,即主观精神)、灵机、灵感、灵性等。无论何种解释，皆与心智神有关。经文中也有论及：“粗守形，上守神。”“一者，持心也。”（《九针十二原》）“凡刺之法，先必本于神。”“必一其神，令志在针。”（《本神》）
“枢，户枢也”（《说文》）。“枢机之发”（《易·系辞》），枢机，制动之主，指主制动的机关。“其枢在水”（《管子·水地》），枢：“主运转者也。”“琴氏乃横弓着臂，施机设枢”（汉·赵晔《吴越春秋》），枢：“中心；枢纽；关键。”“今夫韩魏，中国之处，而天下之枢也”（《战国策·秦策》），枢作枢纽讲。“谓之道枢”(《庄子·齐物论》)，枢：“要也。”总的来说，枢可以作机要、关键、枢纽讲。“灵枢”合起来讲就是心灵、神智的关键、机要。经文中也有论及：“上守机者，知守气也”（《九针十二原》）。
《内经》讲的是形而上之大道
《内经》流传至今，而《外经》散失，原因何在？内道心，而外物器也。举《庄子》为证：“内篇七篇，是《庄子》有题目之文，外篇则标取篇首两字，而次第编之，以羽翼内篇，尽其未尽之蕴。”（陆西星《南华经副墨》）内篇七篇之《逍遥游》、《齐物论》等表达了庄子逍遥者无待，齐物者一生死等道家重道心等核心思想，地位最重要；外篇十五补充内篇而已，次之；及杂篇十一多是后人所撰，地位更次之。由此内外之义显矣。“形而上者谓之道，形而下者谓之器”（《易·系辞》）。中国自古轻器而重道，《内经》讲形而上之大道，颇受推崇，故而流传，《外经》散失，无从考证，疑言形而下之器，少人问津，故而散失。
内篇亡，则庄子没；《内经》无，则中医亦无从谈起。