中医疗效当以什么标准来判断？有人明确提出“应以证为标准”。这一观点从逻辑上看没有问题，但从认识论的角度看，就有可商榷之处了。
“疗效”应是一个整体判断
辨证论治，辨的是证，治的是证，疗效判断当然也是以证为标准。在西医传入之前，也只能“以证为标准”，这是时代条件使然。
西医传入之后，特别是中医临床在现代先进检测仪器的帮助下对人体生理病理有了更深入的认识之后，中医对疗效的认识则发生了深刻变化，那就是以证作为疗效判断的唯一标准是不全面的，也是不科学的。
医学的发展表明，疾病不仅表现为外在宏观“证”的变化，还有内在微观病理的改变，仅仅限于一个方面，对疾病的认识是不全面的。其实，“有诸内必形诸外”，已经告诉我们中医对疾病的认识早就注意到外在变化与内在变化的相互关系了。中医重视把握“形诸外”之证，目的就是为了改善“有诸内”之病变。由于时代局限，过去中医没有条件和能力直接洞察到人体内在的变化，也只能通过外在证的变化来判断疗效。
在现代条件下，疗效的评价不仅要有外在证的依据，还要有内在病理的参照，只有如此，才能对疾病的疗效做出一个准确的判断。世界卫生组织对健康是这样定义的：即机体客观疾病的消除和患者主观感觉上的正常恢复。这即是对健康的一个整体判断，对疗效的判断也应当包括“机体客观疾病的消除和患者主观感觉上的正常恢复”这两个方面。
仅“以证为标准”已落后于时代
中医不能无视时代发展，不能以为自身具有某些与现代科学不可通约之处，便可不顾时代要求而自顾自地走自己的路。
辨证论治是中医体现自身特色的基本临床过程，证是疾病辨治的核心，同样也是疗效判断的核心。但不能认为，有证便是有病，无证就意味着无病。因为现代临床“无证可辨”而体内病理已经存在的疾病有很多，而且有些是很凶险的。由此反证，证的消除并不意味着疾病已经痊愈。真正的痊愈，必须是外在与内在的疾病征象都获得消除。
同样，在现代社会条件下，当患者被告知疾病痊愈时，总是要求能从现代检测指标上得到证实。为什么？因为仅从中医证的判断已经不能满足患者的知情需求，患者需要知道一个包括内在病理情况的整体判断。
所以，仅以证为标准的疗效判断，已经落后于时代，已难被社会大众所普遍接受。继续固守这一观念，只能越来越远离时代。
中医与西医的思维可以不同，但既然现代检测仪器能被中医临床广泛应用，那么它对疾病疗效的判断也应当成为中医的重要参考。方法都是工具，都是受思维方式主宰和支配的。不能因为这些方法首先被西医应用，它们就姓西了。只要思维方式不变，理论指导不变，中医就不会被改变。
“证疗效”与“病疗效”不能混谈
证疗效，是以证的变化为依据；病疗效，除了证之外，还要有现代病理依据。而我们一般说的疗效，应当是指后者。如：治疗肺热壅盛证的肺炎，若以“肺热壅盛”作为疗效标准，只能说明肺热壅盛这一“证”的疗效，不能说明肺炎这一“病”的疗效。为了更加科学严谨，中医临床应正确区分“证疗效”与“病疗效”，严格两种不同疗效标准的混用。
从认识论的角度看，证只是在一定历史条件下中医对疾病一定层面和一定阶段的认识，即对人体外在证候在时间上的宏观把握。随着历史的发展和条件的具备，中医可以从不同层次对疾病在时间和空间两个维度上进行整体认识，使之有更全面和更科学的把握。同样，中医的疗效标准，也将伴随着中医的进步而不断完善，逐渐由“证疗效”向“病疗效”过渡，而不仅仅限于证的层面。