黄连为《本经》上品。原文：味苦寒。主热气，目痛眦伤泣出，明目，肠澼腹痛下利，妇人阴中肿痛。久服令人不忘。
黄连为毛茛科植物黄连、三角叶黄连或云连的根茎。一般来说，特别苦的药物大多具有较强的寒性。黄连味甚苦，故具有大寒之性，清热力强，可广泛用于气分热盛、心火上炎、胃火牙痛、肝胆火盛等实热证，故主治“热气”。
若见温热病高热，烦躁谵语等，常与黄芩、黄柏、栀子同用，即黄连解毒汤，本方清热泻火力极强，用治心火亢盛之心烦不眠，烦躁易怒，口舌生疮等，常配伍朱砂、地黄等，如朱砂安神丸，现药店及药房有成药可供使用；胃火炽盛，循经上炎而致牙龈肿痛，则配伍升麻、牡丹皮等，如清胃散。
肝火或邪热上攻头目，可致“目痛眦伤泣出”，即表现为目痛、怕光、流泪等多种目疾。此类疾病多见于眼结膜炎、眼睑炎等眼部的感染性疾患，而眼睛红肿、结膜充血、眼痛眼痒、眼屎较多等均为热象的具体表现。治疗上述疾病，黄连可与夏枯草、菊花、枸杞子等配伍，煎汤内服，也可单用黄连煎汤外洗，均具有良好的疗效，此即为“明目”之功也。
黄连煎汤外洗不仅可用于眼部的感染性疾病，对于其他部位的感染性疾患也可治疗，黄连单煎外洗可治疗妇人阴中肿痛，即湿热下注所致的外阴瘙痒、阴道炎等疾患。如果与苦参、蛇床子等配伍，清热解毒，消肿止痛疗效更佳。
黄连煎汤外洗之所以具有良好的疗效，在于黄连中所含的有效成分为小檗碱，现代药理研究证实，小檗碱具有良好的抗菌消炎作用，对多种细菌均具有明显的抑制或杀灭作用。最初从黄连中提取出来的黄连素在临床上已应用多年而长久不衰。
黄连的这种抗菌消炎作用不仅可用于体表的感染性疾患，对于胃肠道感染所致的急性胃肠炎尤为适宜，所以能够主治“肠澼腹痛下利”，肠澼相当于痢疾，而腹痛、下利是痢疾的临床表现。黄连所治的痢疾一般见有泻下脓血，血多脓少，大便臭秽，大多黏滞不爽，里急后重，肛门灼热，同时伴有明显的腹痛，发热，口干口苦，舌苔黄腻，脉滑数而有力，以上表现均为湿热或热毒所致。因为黄连不仅具有良好的清热燥湿之功，而且具有较强的泻火解毒作用，被历代医家称之为厚肠止痢的要药。临床上治疗湿热泄泻或湿热痢疾，可与葛根、黄芩等配伍应用，如葛根黄芩黄连汤；若患者纯下鲜血，高热而病重者，多属热毒血痢，则与白头翁、黄柏、秦皮同用，即白头翁汤。
现代药理研究发现：黄连有良好的镇静、镇惊、安神作用，对失眠烦躁，焦虑，注意力不集中等，在辨证的基础上加入黄连10克，能明显提高疗效，消除注意力不集中后，有利于提高记忆力，正如《神农本草经》所载：“久服令人不忘”。
临床所见，有不少高血压患者或血液黏稠度偏高的患者就诊时以健忘为主诉，晨起时头昏脑胀，而在下午时较为清醒，同时症见唇红、舌红、口苦或口中黏腻不爽，苔黄厚或黄腻，胃脘部按压时出现疼痛或轻度不适，或伴有大便溏而不爽等，服用黄连的配方后，患者大多血压稳定，头脑清醒，口中清爽，大便成形。原来的头昏脑胀改善尤为明显，这也是“久服令人不忘”的一个具体应用。
南京中医药大学黄煌教授认为，作为黄连证的客观指征，舌象与脉象十分重要：舌质坚老，舌色红或黯红、舌苔黄腻而厚。所谓坚老，为其质地苍老坚敛，舌边无光泽。著者称此为“黄连舌”。相反，若舌质淡红胖嫩，舌苔薄白或无苔者，黄连就应慎用了。黄连脉多滑数或数促，如脉迟身凉者，黄连应慎用。（《张仲景50味药证》第三版）
患胃肠湿热或肝胆湿热证的患者，由于舌苔黄厚而腻，患者自觉口中黏腻不爽或口苦，黄厚的舌苔覆盖了味蕾，其味觉功能下降，所以初服黄连煎剂时，并不觉得甚苦，反而感觉口中清爽。但在服药三五剂后，湿热邪气逐渐解除，舌苔逐渐变薄，味觉逐渐恢复，此时患者多诉“同样的药为什么越来越苦，越来越难喝？”这种情况往往是药证相符、疾病逐渐好转的表现。此时，患者当减量服用或停服，或改用他药以善后。
俗言“哑巴吃黄连，有苦不能言”，人人皆知黄连味极苦，中医认为，味特苦的药最易败胃，所以在应用黄连时一定辨证准确，同时用量不宜过大。经验表明，给胃口正常人每天服10克黄连，一般在服用三五天后，患者的胃口明显下降，这是黄连味苦败胃的典型表现。