有极个别儿童会在治疗初期抱怨说头痛，但这只是暂时性的，一般不会持续很长。
在接受生长激素的治疗过程中，可能会有骨骼或者关节间的轻微不适感。这常常在治疗进行得非常顺利，身高明显增长的儿童身上出现。但如果脚部疼痛厉害的话，则需要注意。
生长激素有促进细胞增殖的作用。然后，身高不能得到增长。这种促进细胞增殖的作用，也有可能会帮助恶性细胞的增殖，所以有人怀疑生长激素促进白血病的发病。但是，也有人说不可能出现这种情况，目前两者之间的因果关系不是很明确。
在生长激素治疗过程中，也有可能发现甲状腺机能低下的患者。生长激素分泌不足的儿童，常常会出现潜在的甲状腺激素不足，所以在身高增长不好时期内，原本就少的甲状腺激素也在新陈代谢中被安全消耗了。但是，随着生长激素的治疗，身高增长变好后，即使甲状腺激素的量不多，也不会被新陈代谢消耗尽。
另外还有人认为，会有极少患者由于体质的原因，造成糖尿病。