相比牛奶，酸奶的最大优点在于可以促进消化，调节肠胃。正因如此对酸奶品质影响最大的是酸奶中的“菌”，包括发酵菌和益生菌。发酵菌直接影响酸奶中的营养成分，益生菌则本身具备调节肠胃的功能。发酵菌主要是乳酸菌，常用的菌种有保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌等。益生菌常用的有千酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、婴儿双歧杆菌等，因其具备一定的耐酸能力，因而在到达肠道后还存在活性，具有调节肠道菌群的功能。
目前市场对酸奶宣传最多的是益生菌， 如“ABB”、“AB100”、“BE80”、“LABS”、“LGG”、“B-longum菌”等，这些字母名称都可以在产品的外包装上看到。我们来具体解释这些益生菌的名称。
复合ABB益生菌中的A菌指的是嗜酸乳杆菌，而乳双歧杆菌和长双歧杆菌则被称为BB菌，这种组合调理肠胃的效果大于三种菌单独作用的总和。
ABl00益生菌优酪乳酸牛奶里添加是嗜酸乳杆菌和双歧杆菌，这两种益生菌具有一定的耐酸能力。
LGG酸奶中所含有的益生菌是鼠李糖乳杆菌，具有活性强、耐胃酸的特点，在肠道中定殖时间长达两周。
LABS酸奶包含四种菌，即：L为保加利亚乳杆菌；A为嗜酸乳杆菌；B为双歧杆菌；S为嗜热链球菌，其中两种为益生菌(A、B)，两种为乳酸菌。
活力e+酸奶中含有四种菌：保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌、嗜酸乳杆菌和双歧杆菌。活力e+酸奶与LABS酸奶的菌类似。
BE80酸奶中有一种动物双歧杆菌，每克酸牛奶中有10万--100万个BE80益生菌可以在肠道存活下来，是普通酸奶产品的1000~10000倍。
B-longum益生菌酸奶中添加的是嗜酸乳杆菌、长双歧杆菌、保加利亚杆菌及嗜热链球菌四种菌。B-longum菌是来自于婴儿体内的珍贵乳酸菌种。
以上这些益生菌酸奶的功能大同小异，都能达到调理肠胃消化的效果。消费者可以看看性价比进行选择。
市场上很多益生菌酸奶的菌种看似一样，实际上大部分的益生菌由于缺乏耐酸性，根本无法到达肠道发生作用。目前国内虽然有100多家企业都生产益生菌酸奶，但其中只有3—5个品种的菌种如嗜酸乳杆菌、长双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌等耐酸性较强，能够抵抗胃液的强酸。以上介绍的几个产品使用的就是这些耐强酸的益生菌，使酸奶中的益生菌数量远高于普通酸奶。至于有的厂商宣传有100亿个活性益生菌，这是因为细菌十分微小，数量也特别多，人体中的细菌数量多得不可计数，100亿个很正常。