笔者认为，《伤寒论》172条的“太阳与少阳合病”与此条“伤寒”互换位置为宜，可能系古人传抄过程中出现的颠倒错误所致。黄连汤所治症状中既有少阳消化系统寒热虚实夹杂的炎症表达，又有太阳心血循环不畅导致的腹痛。除芍药外，桂枝亦主腹痛。芍药针对的是应激太过、伴有溃疡出血或者挛急所致的疼痛（芍药可柔肝、敛阴、缓急）；桂枝针对的是微循环不畅所致的疼痛（桂枝可温通经脉）。桂枝主腹痛最典型的当属《金匮要略》中记载的：“寒疝腹中痛，逆冷，手足不仁，若身疼痛，灸刺诸药不能治，抵当乌头桂枝汤主之。”
从原文及方子的组成分析来看，黄连汤具有半夏泻心汤的影子，用桂枝代替了黄芩。相比半夏泻心汤，黄连汤的病位偏上偏外，黄芩汤主治的是下脓血利，病位偏下偏里。如果是素体“内有久寒”的腹痛，我们可以取法当归四逆加吴茱萸生姜汤，原方加上当归、吴茱萸、细辛，对于因素体虚寒、微循环不畅所致腹痛效果很好，寒热调平随证灵活变通，如此方可尽显古方之奇伟。
由黄连汤至少可以引申出两张后世的时方：一张是左金丸，方中吴茱萸、黄连比例为1∶6。大辛大热的吴茱萸反佐大苦大寒的黄连，有附子泻心汤的神韵，主要用来治疗寒热错杂兼有肝火犯胃之证。另一张是交泰丸，方中肉桂、黄连6∶1，用来治疗心火偏亢、心肾不交之证，肉桂温肾阳，黄连泻心火。
还有一张是笔者自己组的方——虚实懊散，栀子、生甘草、肉桂等份，取“交泰”之义，适用于膻中之阳虚损而致邪气乘虚内客者，兼水气凌心者加茯苓，痰阻胸阳者加半夏，瘀血阻滞者加桃仁，气郁气滞者加柴胡，这也是笔者临床上常用的方子。