选药用药注重药材道地性，如川军，川连，川柏，川郁金，川萆薢，川椒，杭菊花，广霍梗，雅连、仙露半夏、金钗石斛、鹅枳实。如一处方中用鲜石斛又改用金钗石斛，用后者取其质润、津液多，以适用津少阴亏的病人，早日恢复阴津，鲜品取其速效，制品取其质优，二者并用于一方中，煞费苦心。
炮制如法，如木香、鸡内金、诃子选用煨制，使药性缓和；茯神、莲子心、远志，选用朱砂拌，发挥安神清热之功；川黄连用吴茱萸水泡，制其寒性；川郁金用白矾水浸去其燥性，增加解郁除痰的功效；橘核、荔枝核、乌药、知母、黄柏盐水炒，以入下焦；杏仁、桃仁、苏子、柏子仁为了减少油性，多制霜用；稻芽炒用偏于消食，炒焦稻芽则化积滞，用于积滞不消。熟地用砂仁拌炒，防其滋腻；全瓜蒌用玄明粉拌，发挥润肠通便之效；以秋石水浸之玄参心，加强滋阴降火而不伤胃，补益下元真火，散瘀血助阴精，降邪火归真阳；诃子肉用川连五分泡水炒，去其温性；茵陈、山桅子同炒退黄，本于伤寒论茵陈蒿汤。
注重药物用法，旋覆花包煎，恐其戟人咽喉；车前子包煎，是防其黏性；六一散、益元散、碧玉散、黛蛤散包煎，为防止散面药粉混悬、煎后焦煳，又恐其分布不匀，无法煎出药力，采用布包后使药水浸入其中，将有效成分尽量溶出；竹沥水另兑，清肺豁痰止咳，充分发挥其疗效；酒军开水泡兑，只取其气，不用其味；先煎生石膏、生滑石块、生石决明、生牡蛎、生龙骨、鲜石斛等使有效成分充分溶解，钩藤、薄荷等后下以防止有效成分破坏。兹以分析医案中常用的一些药物以管窥先生用药特点。
善用鲜药
孔伯华先生以善用鲜药著称，鲜药有干药所不能发挥的作用。先生热病医案发热多为急症，鲜药力未有损耗，效力较干品强得多，故先生喜用之。孔伯华先生常用鲜药有10余种，如鲜芦根、鲜白茅根、鲜石斛、鲜九节菖蒲根、鲜藿梗、鲜竹茹、鲜生地、鲜荷叶、鲜薄荷、鲜藕、鲜佩兰、鸭梨、梨皮、西瓜翠衣等，此类鲜药多为清热养阴、芳化辛散之品，是治疗热病的常用药。
芳香化湿类
石菖蒲，《本经》治五脏心下邪气，口中烂臭，坚齿，明目聪耳。久服轻身耐老。菖蒲辛苦而温，入心胃经，先生认为石菖蒲芳香而散，善开上窍，开心孔，利九窍，鲜品九节者尤良，凡属痰湿郁闭者，皆用之。热邪深陷，逆传心包，神昏谵语者，必用鲜九节菖蒲根配伍川郁金、安宫牛黄丸、紫雪丹等清心开窍，芳化醒神；兼感时邪，寒湿外束，肢体痛楚者，以石菖蒲配苏合香丸芳化湿痰，疏通经络；热实于中，清窍闭阻，耳聋耳鸣者，配生石膏、生石决明、龙胆草等清化开窍；中风痰闭者，配辛夷花、麻黄、生石膏、苏合香丸、至宝丹等芳通开窍。轻者入煎剂，甚者捣汁兑服。
清热利尿类
鲜苇根、鲜白茅根、西瓜翠衣三药皆清热利尿，热病见发热口渴，小便不利。
西瓜翠衣，先生唯取其鲜，专取其质，用为清热利尿，暑湿之发热常用之。
芳香清疏类
鲜荷叶，苦涩平，无毒。凡暑湿外感，湿热内蕴，血热妄行，肝经有热等，先生常用之清利芳化，升清降浊，凉血、凉肝。
甘寒养阴类
鲜石斛，《本经》治伤中，除痹下气，补五脏，虚弱羸瘦，强阴，久服厚肠胃，轻身延年。鲜石斛，甘苦、微寒，入肺、胃、肾经。功擅滋养胃阴，清热生津，用于热盛伤津，口干烦渴，其在清热生津的同时，又有补益之功，且气味轻薄，性虽补，却并不碍邪，故先生喜用之。胃阴损伤者，必用鲜石斛或配伍鲜生地、肥玉竹、天花粉等益胃生津之品；即使在温病初期，热势已起，有伤阴之象者，亦用鲜石斛配伍生石膏、生知母、鲜苇根、莲子心等清气之品，以清热护阴。石斛体瘦无汁，味淡难出，入煎剂先生常先煎。
生地，《本经》主伤中，逐血痹，填骨髓，长肌肉，做汤除寒热积聚，疗折跌伤筋，久服轻身不老，生者尤良。生地黄乃新掘之鲜者，性禀至阴，入手足少阴、厥阴，兼行足太阴、手太阳，为散血之专药，先生常用之于热病阴分余邪未清，以生地黄配玄参散阴分血分之余热。
藕，生者甘寒，能凉血止血，除热清胃。胃阴不足，肝热血热者先生常用之，或取汁用。
鸭梨，清凉润肺生津，止咳。凡阴虚肺燥有热作咳者用之。
善用中成药
孔伯华先生热病医案，几乎每案均有中成药1~3种之多，常用的有凉开三宝紫雪丹、局方至宝丹、安宫牛黄丸；芳香温通开窍的苏合香丸，清热开窍之轻剂牛黄清心丸；化痰开窍之十香返魂丹；清热解毒消肿的六神丸、犀黄丸；疏肝和胃的左金丸；补肾助阳的金匮肾气丸；小儿解毒镇惊的牛黄抱龙丸等，这些成药的并用，起到与汤药发挥协同作用或补充汤药所不及的一面，共同发挥疗效，有时也将丸药包煎与汤药一起煎煮，临用时以汤药送服。
凉开中成药
温病凉开三宝紫雪丹、安宫牛黄丸、局方至宝丹均具有清热解毒、豁痰开窍之功，先生热病常用之又有区别。紫雪丹为其最常用之药，无论外感内伤，凡见体内有郁热者，即使发热初起亦可用之，以其清透少阳里热之功甚佳。安宫牛黄丸用于温邪逆传心包，高热烦躁神昏谵语者用之，内热极盛，即使未见神昏谵语亦用之以清心涤透阴分之余热，是为先安未受邪之地。局方至宝丹清热豁痰开窍之力较佳，先生除热入心营者用之，更常用于中风痰热内闭之症。牛黄抱龙丸具有息风化痰镇惊之功效。先生用于热病以脉左关盛，小儿惊风、成人皆可用之。牛黄抱龙丸镇惊之力较安宫牛黄丸和局方至宝丹较弱。在热病医案中，先生常灵活应用。常以局方至宝丹清热豁痰开窍，化有形之痰，以去邪之有形之势，再以安宫牛黄丸护未受邪之心主，继以紫雪丹清透里热。
温开中成药
苏合香丸为温通芳开、解郁化痰之品，先生善用此药，以开诸闭。外感风寒，表为寒束、肢体痛楚者，用之温散相当于辛温解表，其效甚佳；体为寒湿所困，甚者如风寒湿痹者亦常用之，是取其芳香温散，宣统周身经络，兼有祛湿化浊之功；气闭心胃疼痛用之以芳开止痛。十香返魂丹系芳香开窍、清新化痰之品，热病挟湿，伴肝风内动，痰迷心窍者先生每用之。
清热解毒消肿中成药