当异物或细菌侵入机体，体内各处的吞噬细胞（phagocyte）可吞噬清除异物，这是机体最原始的一种防御方式，至今仍具有重要的意义。Aschoff（1924）将这些吞噬细胞（除粒细胞外）和血液内的单核细胞以及骨髓和淋巴器官内的网状细胞和内皮细胞归纳为一个系统，称为网状内皮系统（reticuloendothelial system,RES），并认为这些细胞的起源、形态和功能是相同的。此后的许多实验发现，网状细胞和内皮细胞在发生来源方面不同于巨噬细胞，又缺乏明显的吞噬功能，也不能转变成吞噬细胞，因此van Furth（1972）建议将此系统的网状细胞和内皮细胞排除，改称为单核吞噬细胞系统（mononuclear phagocytic system,MPS）。该系统包括结缔组织的巨噬细胞、肝的枯否细胞、肺的尘细胞、神经组织的小胶质细胞、骨组织的破骨细胞、表皮的郎格汉斯细胞和淋巴组织内的交错突细胞等。它们均来源于骨髓内的幼单核细胞，幼单核细胞分化为单核细胞进入血流，后者从不同部位穿出血管壁进入其它组织内，分别分化为上述各种细胞。
单核吞噬细胞系统在机体内分布广，细胞数量也很多，其功能意义不仅为吞噬作用，还有许多其他重要功能。如与机体的免疫功能密切相关，在免疫应答的起始阶段，巨噬细胞等能处理抗原和分泌IL－Ⅰ，激活淋巴细胞并促进其分裂与分化；在免疫应答的效应阶段，巨噬细胞等又能集聚于病灶周围，受淋巴因子等的激活作用，成为破坏靶细胞和吞噬细菌的重要成分。巨噬细胞还能分泌数十种重要的活性物质，如补体成分、凝血因子、生长因子、活化因子、激素样物质、酶、细胞抑制物、细胞外基质成分、嘌呤与嘧喧产物、结合蛋白以及单核因子等；但并不是同时分泌这么多的物质，而是在不同场合和不同激活程度，受到不同的刺激下而产生不同的分泌物。巨噬细胞与淋巴细胞、粒细胞、肥大细胞在功能上有相互促进和相互制约的关系。当单核吞噬细胞系统功能失调时，可引致多种疾病。目前尚不能对巨噬细胞确定分型，但巨噬细胞的功能表达可有多种类型，在不同的环境条件下有不同的功能表现。
巨噬细胞的活化是一个渐进的过程。当机体或局部未受到病原体等的刺激时，巨噬细胞等常处于静息状态，胞体较小，细胞器较不发达，几乎不运动，但寿命较长而更新率低。在炎症或其它因子的刺激下，巨噬细胞从静息转向活化，细胞增大，代谢增强，溶酶体增多，细胞的变形运动及吞噬能力均增强。在T细胞分泌的淋巴因子和干扰素的刺激下，巨噬细胞可进一步活化，活化巨噬细胞表面的MHC－Ⅱ类抗原阳性，能处理抗原，促进免疫应答，吞噬能力增强，吞噬速度增快。继而在细菌脂多糖、内毒素和高浓度干扰素的刺激下，激活为超活化巨噬细胞（hyperactivated macrophage），此时已不能处理抗原，但吞噬力更增强，还能释放H2O2、超氧离子和肿瘤坏死因子等活性物质，代谢极活跃，但寿命短，不久即死亡。