免疫系统（immune system）是机体保护自身的防御性结构，主要由淋巴器官（胸腺、淋巴结、脾、扁桃体）、其它器官内的淋巴组织和全身各处的淋巴细胞、抗原呈递细胞等组成；广义上也包括血液中其它白细胞及结缔组织中的浆细胞和肥大细胞。构成免疫系统的核心成分是淋巴细胞，它使免疫系统具备识别能力和记忆能力。淋巴细胞经血液和淋巴周游全身，从一处的淋巴器官或淋巴组织至另一处的淋巴器官或淋巴组织，使分散各处的淋巴器官和淋巴组织连成一个功能整体。免疫系统是生物在长期进化中与各种致病因子的不断斗争中逐渐形成的，在个体发育中也需抗原的刺激才能发育完善。免疫系统的功能主要有两方面：①识别和清除侵入机体的微生物、异体细胞或大分子物质（抗原）；②监护机体内部的稳定性，清除表面抗原发生变化的细胞（肿瘤细胞和病毒感染的细胞等）。
免疫系统在识别机体自身和非自身的细胞或抗原中有两类细胞表面的结构特别重要：一类是T细胞和B细胞表面的特异性抗原受体；另一类是组织相容性抗原（histocompatibility antigen），编码此类抗原的基因群称主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex），简称MHC，故此抗原又称MHC。MHC抗原在不同种动物之间以及同种动物不同个体之间均有所不同，故具有高度的特异性，但一卵性挛生儿及同一个体的所有细胞的MHC抗原则是相同的；因而异体移植的组织或器官均会引起机体的排斥反应。MHC抗原又分为两类：①MHC-Ⅰ类抗原，广泛分布于个体的所有细胞表面；②MHC-Ⅱ类抗原，仅分布于免疫系统的某些细胞表面，有利于细胞之间功能的相互协作，如识别抗原等。