是采用人工方法接种菌苗或类毒素，使机体通过免疫系统的应答，产生特异性免疫力。这种免疫力出现较慢，一般在接种后2～4周才产生，经再次接种后则免疫应答迅速且产生的免疫力较强。人工自动免疫的维持时间可为半年至数年不等，常用于传染病的预防。
用细菌体制成的生物制品称菌苗，可分为活菌苗及死菌苗两类。
1．活菌苗：常用者有预防结核病的卡介苗（BCG）、鼠疫活菌苗等。制备活菌苗的关键在于获得减毒或无毒菌株，但该菌株应保持免疫原性。例如卡介苗系将结核杆菌在人工培养基上传230代（经13年）后获得。痢疾杆菌的依赖链霉素菌株则是通过选择后获得的突变株。活菌苗接种后，在体内有一定的生长繁殖能力，类似经型或隐性感染。一般只需接种一次，且需量较小，但引起的免疫效果好，且能维持较长时间。如能以自然感染途径接种则更为适宜，因除引见全身免疫外，尚能引起局部免疫。其缺点为活菌苗需维持其活力，菌苗的保存需一定的冷藏条件，且有效期短。
2．死菌苗：用化学或物理方法将病原菌杀死后仍保持免疫原性可制备死菌苗。常用的死菌苗有霍乱、伤寒、副伤寒甲、乙混合菌苗、百日咳菌苗等。由于病原菌已被杀死，不能繁殖，因此死菌苗用量较大，接种后可能出现局部肿痛或发热等全身反应。死菌苗大多需要多次接种才能获得较好的免疫效果。为减少死菌苗的接种次数，现常将不同种类的死菌苗作合理混合，制成联合菌苗，如伤寒菌、甲、乙型副伤寒菌混合的三联菌苗。
细菌的外毒素经0.3～0.4%甲醛处理，毒性消失仍留其免疫原性，即成类毒素。在毒素中加入适量氢氧化铝等吸附剂（佐剂）即成为精制吸附类毒素。吸附剂可延缓类毒素在体内的吸收，使之能较长时间作用于机体，以增强免疫效果。如此既可减少注射次数又可减少用量。常用的类毒素有破伤风类毒素、白喉类毒素等。类毒素可与死菌苗合制成联合疫苗。目前使用的白、百、破三联疫苗即白喉类毒素、百日咳死菌苗与破伤风类毒素混合制成，主要用于儿童。近年来正在开展一些肠毒素类毒素的研制，对于这些类毒素的免疫效果尚在考核中。
葡萄球菌引起的反复发作的慢性化脓性感染，在抗生素治疗无效时，可从患者病灶中分离出病菌，制成死菌苗，少量多次皮下注射后，常可使感染终止；在肠杆菌引起的慢性尿路感染中可应用大肠杆菌制成的死菌苗注射作为治疗，这类菌苗称为自身菌苗。其机理可能有二：一是可能自身菌苗多次注射通过脱敏作用而终止慢性感染；一是可能通过反复注射特异性抗原增强了机体的特异性免疫应答。
根据细菌的研究与分析，对细菌中引起特异性保护作用的抗原成份提取纯化，可以生产特异的抗原疫苗。例如脑膜炎双球菌、流感杆菌中的多糖成份为可引起保护性抗体的部分，可提取后制成多糖疫苗。多糖疫苗的免疫原性需通过加入适当的吸附剂来提高。多糖疫苗中不含内毒素中的类脂A，故无毒性。然而多糖疫苗为化学成份，无细菌在体内繁殖，亦需大量多次接种。
用分子克隆技术将病原体相应抗原基因克隆、表达、纯化后用作疫苗。目前此方面应用较多的是病毒的疫苗，如乙肝的基因工程疫苗已取得满意的结果。细菌方面，结核的基因工程疫苗在研制中。
把病原体抗原决定簇中的反应表位的氨基酸序列分析清楚后，有人工方法合成肽后连结于大分子上用作疫苗。目前，合成肽疫苗仅限于实验室研究，由于肽合成价格昂贵，尚不能普及应用。
用分子克隆技术把病原微生物特定抗原基因克隆到特定的真核表达载体中，通过基因接种方式体获得针对特定抗原的免疫力。目前处于实验研究阶段。
归纳人工自动免疫与人工被动免疫的特点与优缺点于下表，作为参考。
表7－1 人工自动免疫与人工被动免疫比较
| 人工自动免疫 | 人工被动免疫 | |
| 免疫物质 免疫力出现时间 免疫力保持时间 用途 | 抗原 慢（注射后2～4周） 长（数月～数年） 预防 | 抗体或淋巴因子 快（即时生效） 短（2～3周） 治疗或应急预防 |