细菌性疾病的诊断,除个别因有特殊临床症状不需细菌学诊断外（如破伤风引起的典型挛等）一般均需进行细菌学诊断以明确病因。然而自标本中分离到细菌并不一定意味该菌为疾病的病原，因此应根据病人的临床情况、采集标本的部位、获得的细菌种类进行综合分析。例如自脑脊液中分离出脑膜炎球菌与自鼻咽部可存在脑膜炎球菌的意义即有不同。因脑脊液正常应无菌存在，而5～10%正常人的鼻咽部分可存在脑膜炎球菌，为健康带菌者。又如自血培养中分离到表皮葡萄球菌则应根据患者免疫状态以及有无因采血时污染皮肤上存在的正常菌群进行分析，或再次作血培养，作血浆凝固酶测定，以确定其病原性。分离到的细菌常需做药物敏感试验，以供选用适当的药物。有时尚需做毒力试验以确定该菌株的致病性。由于细菌及其代谢产物具有抗原性，细菌性感染还可通过检测抗体进行诊断。此外，近年来还发展起来通过检测细菌的遗传物质对细菌的遗传物质对细菌进行诊断的新方法—基因诊断方法。细菌可能过变异株制备活菌苗，也可杀死细菌保存其抗原性以制备死菌苗。产生外毒素菌制备的类毒素、抗毒素等均有特异性防治的应用价值。