孢子虫隶属于顶复门（Phylum Apicomplex）的孢子纲（Class Sporozoa）。全为寄生性。细胞内寄生阶段一般无运动细胞器，如有伪足则是摄食作用。生殖方式包括无性和有性两类。无性生殖有裂体增殖（schizogony）产生裂殖子，以及孢子增殖（sporogony）产生具感染性的子孢子（sporozoite）；有性生殖是通过雌雄配子结合进行的配子生殖（gametogony）。以上两种生殖方式或可在一个宿主或分别在两个宿主体内完成，有或无宿主更换。