目前关于幽门螺杆菌（Hp）感染治疗的研究还存在某些问题，还需更深入地进行探讨。
1 Hp的根除标准问题
目前存在着Hp清除（clearance）和Hp根除（eradication）两个概念，前者系指治疗结束时复查Hp阴性，后者是指停止治疗1个月这后复查Hp阴性。清除只是Hp暂时的抑制，停药之后Hp感染很快复发；而根除是指85％以病人1a之内不复发，起到了治疗的作用 。目前国际会议建议将根除改称为治愈，作为评价Hp感染治疗效果的指标。
关于Hp感染的诊断方法很多，传统的所谓“金标准”包括快速尿素酶试验、Warthin－Starry银染以及细菌培养，这些方法的共同缺点是达不到足够的敏感性，以确定Hp是否被真正根除。我们曾对17例经不同方案治疗后用常规方法（即金标准）检查而认为Hp被根除的病人，采用聚合链反应（polymerase chain reaction，RCR）检查，发现4例Hp阳性，所以我们以往对一些用常规方法未能检出而实际上还存在Hp的病人则误认为Hp被根除而放弃治疗，这是我们治疗失败的一个主要原因。由于判断Hp是否根除的标准不同，乃是导致各家研究结果差异很大的可能原因之一。
2 胃内Hp对抗菌药物治疗效果的影响
抗菌药物的体外抑菌浓度一体内抗菌活性并不完全一致。关于抗菌药物在胃内酸性环境中否能保持其稳定的抗菌活性将直接影响到Hp感染治疗的效果。研究发现，青霉素、阿莫西林、环丙沙星的抗菌活性在酸性环境下降低10倍，头孢氨苄降低16倍、红霉素降低100倍，这就解释了为什么有些抗生素在体外敏感而在体内疗效欠佳甚至无效。甲硝唑及胶体铋剂不受胃内pH影响。胃内pH对抗菌药物的影响是抗Hp感染失改的另一重要原因，所以在选择抗菌药物时应尽量避免使用在酸性环境下容易失去抗菌活性的药物。
3 抗菌药物的耐药问题
Hp对抗微生物的耐性也是导致Hp感染治疗失败的重要原因之一。约有15％～50％的Hp菌株对硝基咪唑类原发耐药。Goodwin等报道用他咪唑和西唑替丁治疗后Hp耐药菌株从17％增到70％，研究结果表明，获得性的耐药比原发性耐药更多见。Bell等报道一组用胶体铋剂十四环素＋甲硝唑治疗的病人，发现对甲硝唑敏感的菌株其根除率为90.5％，而对甲硝唑耐药的菌株，其根除率为31.6％，所以建议治疗前常规作Hp对甲硝唑的药物敏感试验，耐药者改用其它方案。硝基咪唑类与胶体铋剂合用或者采用胶体铋剂＋阿莫西林＋甲硝唑三联疗法不仅可以减少耐药菌株的产生，而且还可以提高Hp的根除率。关于喹诺酮类药物，有两组治疗失败的报道，MIC从治疗前的0.25mg/L～1mg/L增加到治疗后的16mg/L～32mg/L，增加了16～64倍。该药与硝基咪唑类药物不同，一种喹诺酮类药物与另一种抗生素合并不能明显提高治疗效果，因此有人认为喹诺酮类药物不适于Hp的治疗。
4 关于Hp治疗方案的选择
一个理想的治疗方案，应包括：①Hp根除率≥90％；②短疗程；③副作用小；④病人依从性好；⑤治疗简单；⑥效果持续，不易复发。由于单药或两种抗菌药合有效果均不佳，目前常用三联疗法，即胶体铋剂（CBS）＋甲硝唑＋阿莫西林，其根除率为85％－95％，疗效虽然满意，但存在许多问题：①副作用较多，发生率在30％以上；②病人依从性差；③Hp对甲硝唑易产生耐药，所以不是最理想的治疗方案。
所谓“新二联”，系指奥美拉唑＋阿莫西林（或克立霉素），现已证明奥美拉唑在体外有抗菌活性，其作用机制未明，可能与其降低胃内酸度，提高胃内pH而增加抗生素的抗菌活性有关。二者合用不仅提高Hp根除率（可达85％～90％），而且使症状迅速缓解，溃疡迅速愈合，副反应小，病人依从性好。所以目前认为“新二联”对Hp相关性溃疡病是较理想的治疗方案。
5 影响治疗效蛤的其它因素
还有些困素也影响抗Hp感染的治疗效果：如服药时间、服药次数以及药物剂型则与药物与细菌接触的时间有关。增加服药次数，空腹时给药以及混悬制剂均可增加或延长药物与细菌接触的时间。胶体铋悬液比片剂效果好，庆大霉素制成漂浮片之后或以延长在胃内停留时间而增加疗效。最近研究发现，Hp可定植于牙垢，故在抗Hp治疗之后，Hp可再定植于胃粘膜而导致治疗失败，所以抗Hp治疗还包括清除牙垢中的Hp。
6 关于药物副作用问题
药物的不良反应主要发生在应用抗生素，一般消化道反应较为常见，在应用抗生素不当时可引起菌群失调，霉菌感染，甚至发生肝肾功能异常改变。所以在抗Hp感染治疗中，应尽量防止或减少毒副反应的发生。