鉴于我国少数民族医学中有相当多的民族医学在分期上有本民族及该医学体系的特殊性，有时很难与汉族中医的历史分期一致，故本节将明清时期民族医学的发展情况放在一起讨论。
一、蒙医学
蒙医学在十六世纪以前，经历了一段实际经验积累的时期，这在前面有关章节中业已介绍了。十六世纪以后，蒙医学有了飞跃的发展，形成了理论体系，是理论与实践相结合，以理论指导实践的阶段。
(一)理论体系
在十六世纪以前，传统的蒙医学开始有自己一些比较朴素的理论，如寒热理论、滋补、药物的性味功能和骨伤科方面的理论。当时已开始吸收印度土、水、火、风、空“五大元素”的内容和“赫依、希拉、巴达干”(气、明、痰)理论，但并不系统，没有形成系统的理论。随着十六世纪藏传佛教的大量输入蒙古地区，藏医经典著作《四部医典》传入并被译成蒙文；而印度吠陀医学的《医经八支》也在这一时期传入蒙古地区，蒙医学的理论是综合本民族朴素的医学思想、部分汉族中医理论和部分古印度医学理论体系而成，它已具有本民族自己的特点。这从十八世纪蒙医学家伊希巴拉珠尔所著的《四部甘露》中充分地体现出来。它有机地结合几种理论，提出了“六基症”的学说，发展了“寒症”，“强敌对抗般的寒热相抗症”“野牛回击般的寒热相互倒变”等专章，讨论寒热学说，这是蒙医临床中辨证的总纲。
从诊断学上说，蒙医以望、问、触(切)三种诊法为主。十八世纪还出现内蒙古察哈尔盟罗布桑苏勒《脉诊概要》，就是论述脉诊的专著，他如伊希巴拉珠尔的《甘露之泉》(十八世纪)中，有“疾病辨诊篇”，论述“尿诊、问诊、脉诊及经验辨证，取舍辨诊”；此外，在伤科中还有外伤、脱臼、旱獭疫的特殊诊法；以及《方海》中的眼科九十四病症的诊法，都是蒙医特殊的诊断法。
(二)临床医学
(1)骨伤科：这是蒙医学中最具持色的一种临床学科。明末的蒙族正骨学家绰尔济·墨尔根，他虽然未曾留下专著，但他精通骨伤科的事迹，在有关史书中不乏记载。如《清史稿》载努尔哈赤的白旗先锋鄂硕将军负伤箭拔不出，墨尔根就用手术将箭拔出，敷药治愈。他还应用冰镇法做麻醉，进行开放性骨折复位手术，伤口用桑皮线缝合，可见当时正骨科的水平已经不低。著名蒙医学者伊希巴拉珠尔在《四部甘露》一书中，还专门辟有治刀伤、创伤、脱臼等专篇，可见古代蒙医正骨科的发展水平已经相当先进了。
(2)其他临床科目：十七世纪蒙古族医家，赛因诺彦汁盟的罗布桑丹金扎拉仓著有《疾病类型详解经全》，后来的伊希巴拉珠尔也著有《白露医法从新》等，他们把临床分成三邪、内科、热病、传染病、五官科、妇科、小儿科、外伤科、杂病、中毒等部类，每一部类之下分成若干病种，如五官科之下就有头病、眼病、耳病、鼻病、口腔病等共四十四章。
(三)治疗学：蒙医的治疗方法和技术是多种多样的。
灸疗法 传统的灸疗法是用白山蓟绒作原料，点燃后进行灸疗。除了传统的山蓟绒灸法外还发明了其他一些灸疗法。如柽柳灸法，纸棒灸法，铜灸法，金灸法等。
放血疗法 伊希巴拉珠尔在《甘露之泉》中的放血疗法提到了此法的适应、禁忌症、血管包扎法、放血法、穴位、疗程中的异常现象及其预防。在十九世纪占布拉道尔吉《蒙药正典》中用图解注出一百多个放血穴位。
针刺疗术 伊希巴拉珠尔在《甘露之泉》中提到寒针和热针两种。其中寒针就是一般的针刺，热针则是针刺和烤灸的结合，具有蒙古地区的特点。
阿尔山疗术 分为自然矿泉疗法和人工药治两种。蒙人认识到矿泉水有治病作用，人们称为“阿尔山宝力格”即“甘露泉”。在内蒙地区，这种矿泉很多，不下十多个。《甘露之泉》、《蒙医药选编》中部有关于温泉的记载。当然还有人工药浴，其主要成份为柏枝、麻黄、小白蒿、冬青、柽柳等，称为：“五味呵尔山”。
(四)医学教育
早期传统的蒙医是以师徒授受的方式进行教学的。口耳相传进行传授，这在历史上都有所记载，象正骨学家绰尔济·墨尔根、伊桑阿等都是这样。自从十七世纪黄教及藏医《四部医典》传人蒙古地区以后，蒙医也开始以“曼巴扎仓”的形式传授医学。最早在布利亚特地区建立鄂托克旗乌力吉图黄召中的一个曼巴扎仓——鄂托克旗阿尔巴斯山曼巴扎仓，中间曾因战争而遭毁环，到1878年重建。一度有学生二百多人，还应用针灸铜人教学，另一处是今辽宁省阜新县瑞应寺的曼巴扎仓，其藏名为“都孜朝格金岭”，是一个重要的教学基地。此外，大库伦(今乌兰巴托)的曼巴扎仓、咱雅库伦曼巴扎仓等对于培养蒙医接班人，起着重要的作用。有严格的教学、考试制度，学制也长达五年，严格要求“背诵诠释”，都已经达到高级人才的程度。教学由曼巴堪布(医学教授)承担，通过答辩考试及格者，给予曼然巴(类似医学博士)学位。可见这个时期的医学教育是很成功的。
(五)蒙药与方剂
蒙医在十八世纪以前就积累了相当丰富的用药知识，但此前还缺少系统的总结。十八世纪的著名蒙医学家伊希巴拉珠尔写过《认药学水晶鉴》，把801种蒙药分为珍宝类、草药类等八大类，分述其产地、形态、性味、功能、药用部分、炮制等内容。约与此同时，另一医家罗布桑苏勒和木撰写了数部药学著作，分述678种、十大类蒙药。
此后，蒙药著作就大量涌现，其中奈曼旗的占布拉道尔吉的《蒙药正典》影响最大。它把藏药、汉族中药的知识加以研究，融汇贯通，纠正了以往一些药物学方面的错误和混淆，对药物进行认真的鉴别。这方面代表作有公·官布扎布的《三审藏文速成读本》、《藏蒙汉合璧药名》、《梵藏合璧莹药名词典》等。蒙药学的水平进一步提高，有不少错误得到了纠正。
在方剂学方面，公·官布扎布的《药方》吸收了汉、藏二种医方的长处；十九世纪敏如尔·占布拉却吉丹金璞尔采的《方海》，都是十八世纪以来的重要代表作，尤其是《方海》详述了临床各科的方剂二百多首，不仅有汉藏印各民族医学方剂的特点，更有蒙古本民族的持色。
二、维医学
1720年清朝击败了准噶尔军队以后，接着致力于重新统一天山南北，最后终于翦除了地方割据势力，并在新疆实施了一系列卓有成效的措施，奄奄一息的维吾尔医药也开始有了生机。
这时期出现了著名医学家毛拉阿热甫·和阗民(1558～1662)。他出生和阗拉斯括依村的世医家庭，17岁拜师学医，经七年攻读磨炼，回和田行医并教授医学，建立了医院，声誉鹊起。并再次外出学习。在印度，他进一步丰富了学识，成为有名的学者。他对伤寒病作了较深入研究，于是用波斯语写了一本《治疗伤寒的可信之音》专科医书。继之又著成《对智力者及国王有益方》。这本书被另一位医学家献给印度国王。毛拉阿热甫·和阗尼获誉归国，至莎车定居，从事宗教和医疗卫生事业，医治穷人，并用突厥语写成了《代斯吐肉勒依拉吉》(《治疗指南》)一书，接着又写成《花园受灾》，也是一部医学著作。这些著作是他一生智慧结晶，流芳百世。
又有拜德尔丁·苏皮阿訇(生卒不详)，是18～19世纪喀什噶里最著名的医学家之一。他出身于咯什噶里五代行医的家庭，不仅精通阿拉伯语、波斯语，而且还通晓天文，以之解释疾病吉凶和诊治方法。1832年，拜德尔丁·苏皮阿旬著成《酉帕依库鲁甫》(《精灵效灵方》)，为后世留下了宝贵遗产。他在为其徒弟之一的胡达拜尔阿旬写行医通行证同时，又为之写了100多种药物、剂型和关于疾病禁忌，有手抄本现藏新疆维吾尔医研究所。
贾马力丁·马合穆德·阿克萨拉依(1705～?)是一位集大成式的医学家。他学医并多年行医后，总结了自己的经验，以喀什噶里的吾甫力艾山、卡日西之《木吉孜力卡奴尼》(阿维森纳《医典》的简缩本)为蓝本，参考《医典》原本等十余种医籍，用阿拉伯文著成了《阿克萨拉依》(《白色宫殿》)三卷。
此书第一卷包括理论和治疗，第一篇论述四原质、四体液学说、器官学说、素质学说、气学说、形与动学说(形神学说)等共七种学说，微有中西合参之意。第二篇为人体形态、生理、病理及其特征。第三篇讨论病因和病因分类。第四篇为诊断，包括十种症状诊断和四体液不平衡鉴别、切脉、验尿、查大便。治疗理论包括多种治疗措施、药物治疗和手法治疗，同时论述了药物理论和药物属性(干冷、干湿、干热、湿热)，药物方剂的规则和应用原则。其次，讨论器官疾病，涉及各科。并讨论全身器质性与非器质性疾病，包括讨论各种发烧，各种急性病及其持征；水、皮肤病、麻风病和各种传染病及其防治措施；骨伤科疾病，整形和化妆整形知识；各种中毒病症之抢救和预防。
穆罕默德·阿克萨拉依被誊为新疆的“希波克拉底”。
三、藏医学
就藏医学而言，明清时期可以算是古代藏医发展的另一个和当辉煌的时期。明初，西藏地区正处在帕竹王朝时期，当时的学术思想相当活跃，名医辈出，并且形成了不同的派别，其中主要的是南北两个不同的学派，也就是强派和舒派，或称北派或南派。
强巴学派以朗杰扎桑(1394～1475)为代表，他出生在昂仁县，学识渊博。著有《八支集要·如意珠宝》、《本论注·议义明灯》、《释论注·甘露河流》、《后论释·难万想如意》等。他通过长期实践，有不少创新，还根据北方自然条件的特点、气候、地形等等，进行总结，尤其擅长用温热性的药物治病，也善于用艾灸疗法和放血术。
朗杰扎桑有很多弟子，其中如伦·列珠白就很有名，其五世孙伦汀·都孜居美对藏医学颇有研究，尤其善于绘制藏医汤卡，也就是挂图，这是藏医学中的一大特色。
舒卡学派比强派的出现较晚一些，其代表是舒卡·年姆尼多吉。1489年出生于前藏塔波拉妥舒卡，又名达靡沙米底·欧曲吉，早年就写了《千万舍利》一书，后来又著成《四部医典广注·水晶彩函》、《自他皆益的教诲》。虽然他只活了三十六岁，但他在医学上的突出成就使他成为南方学派的代表人物。在南方学派中，最突出的人物是舒卡·洛珠给布(约1509～1572)。他从小剃度出家，学习佛学，著有《贤者喜乐》、《药物性味药效表》。并结合个人长期经验的基础上，著成《祖先口述》，这在当时是对《四部医典》的权威性的注疏，至今仍有学习价值。清代初期，也即十七世纪中、下叶的第巴是桑吉嘉措，他是一位相当有所作为的人物。在他执政期间，在藏医学方面有如下一些成就值得提出。
(一)对《四部医典》的权威诠释：此前，各派医家各有自己的注解著作问世，《四部医典》也有不同版本，如扎塘版、达丹版、乌东巴版、干木保版、宗版等等，这对于《四部医典》的传播和正确理解，是很不利的。桑吉嘉措有鉴于此，利用他的权利，对《四部医典》进行了认真细致的研究、校对、注释和改正错误，集诸注家之长，去伪存真，终于著成《四部医典蓝琉璃》，成为一部公认的《四部医典》权威注释本，被公认为标准的注解本。
(二)绘制藏医挂图“曼汤”：藏医在发展的早期，就有人体解剖；药物等的绘制，内容比较简单，为了发扬藏医的优良传统，使藏医更容易为人接受，在桑吉嘉措的主持下，开始编绘整套的曼汤。当时，他主要以北方学派著名的医家伦汀·都孜吉美的曼汤为基础，根据自己所著的《蓝琉璃》的内容，聘请洛扎·诺布嘉措和黑巴格涅两人负责，分别起草图形，绘成草图，然后进行着色。到1688年，这套曼汤共绘出六十份。后来，他又进一步丰富内容，根据《月王药诊》等著作中有关尿诊、脉诊、火灸的内容补绘，到1704年，绘成全套曼汤共七十九幅。其内容几乎包括了藏医学的一切，从医学起源、理论、生理、解剖、病因、病理、治法、药物、外科器械、病状、诊断、预后，可谓无所不包。这在我国医学史上不仅是个创举，在世界医学发展史上也是绝无仅有的。
除了西藏地区本土的藏医学以外，在其他藏族聚居地区的藏医学，也值得予以足够的注意。比较主要的、有代表性的地区是多康地区，即包括青海、甘肃、四川等省的藏族聚居地区。其中值得提出的有帝尔玛·丹增平措，他的主要贡献在藏药学方面；他的重要代表作是《治病伏魔药功能直讲·无垢晶球》和《甘露药物名称详解·无垢晶》，前书主要论述药物的功能，后者分述各种药物的性能及功用。两书全称为《无垢晶串》；该书著成于1787年，是作者亲临青海东部、南部，西藏东部及四川西部广大地区作实地调查后写的，是一部藏药学最有代表性的著作，现在一般通称《晶珠本草》。
四、壮医药
明清时期，广西壮族人民与外界的交往日趋密切，社会生产力进一步提高。这一时间的壮族医药学，除了在李时珍的《本草纲目》及广西各地地方志有记载外，尚开办地方医药教育。出现了不少壮族医药家。
地方志虽然不是专门记录医药学知识的，但其中对地方上出产的药物，乃至有关药物的用法的记载，也可以从侧面一窥医药发展的情况。明代林富、黄佐编纂的《广西通志》在二十一卷食货一章下，立“属”节，记载了一百余味广西产药物。
明末清初，几乎各府县均有医学署。如郭世重纂辑的《南宁府志》记有：“本府治居城中西南……后堂设有医学”，“武缘县开设医学”，“横州治设有阴阳医学，永淳县亦有医学，上思亦有之。”道光年间，在忻城土司衙门西侧建起一练“大夫第”，莫氏土司第十九代孙莫述经就是“大夫第”里的专职医师，主管土司衙门大小官员及其眷属的医疗保健，兼理一些民间疾患。该“大夫第”即类似现在的诊所之类，亦设有“诊室”和“药房”。明清时代，广西各地创办了一些慈善机构，旨在救助孤寡老人及贫病无钱求医者。象养济院、广善堂等在许多地方志中有记载。隆林、贵县、忻城、靖西等地都有规模较大的药市，每年农历五月初五，药市附近的壮医药农，懂得一方一药的群众，纷纷携带各自采到的药材，到县城摆摊出售，规模最大的靖西药市，赶药市者多达万人。
在长期与疾病作斗争的实践中，广西各地涌现出一批名医。仅据广西明清地方志记载，临床各科都有医术精湛的名医，较突出的有邓矿、傅霖、舒谧、王维相、李朝连、黄基奏等人。其中，王绍相广西白山司(今马山县)土巡检王维翰的胞弟，他从小学习汉族文化，尤喜古代医书，将歧黄、长沙、河间、丹溪、东垣诸书研玩透彻，参以当地民间秘方，形成独特的医术，成为一代名医。据《白山司志》(道光十年)记载：“尝日行田间，见男妇环器，一少年死于地。相审视，日：‘此人未死，可救也’。于夹袋中出药一九，撬其齿，以水灌之，复出末药，吸其鼻，令一人按其腹，少间腹中汨汨作响声，下部汇气如连珠，而口开目动矣，人人惊喜，罗拜去：‘人死已二时许，公能生之，殆仙乎?’相日：‘此受署，饮冷将阳气遏抑所致，通其气则生。何仙之有?’”王维相是第一个被《中国少数民族历史人物志》收载的名医。
五、苗医药
苗族地区的医药，由于经验的积累和提高，巫与医逐渐分离，形成了朴素的医学理论和经验，并产生了职业苗医。这种职业(包括业余)苗医的产生，可追溯到未改土归流前的元明两朝。苗医中许多人有良好的医术，以口传心授或父子相传为方式，有的成为医疗世家。
苗医在对疾病的认识上，导源于古代苗族万物起源和天文地理认识的种种传说。苗族用易于变化的气雾来说明世界的物质性，在“雾罩说”的思想指导下，苗医以“气、血、水”为理论基础，用这三种物质解释人体的基本物质与外界的关系，认为人生之病，外为水毒、气毒、火毒所犯；内有情感、信念所动，亦有劳累损伤所至，根据气、血、水性质，结合天象188星宿的观察，提出了“二纲三十六经七十二症”(有的称为两纲五经三十六症七十二疾)之疾病理论模式。两纲指冷病、热病；五经指冷经、热经、半边经、快经、哑经；三十六症一股是内科病；七十二疾一般是指外科病。由于苗族无文字，加上三大方言、七个次方言、十几种土语的差异，各地命名略有差异。
苗医的辨病立症，症即是具体的病，特别是对疾病命名，以民族生活习惯，所见所闻为主，或是以症状特点发生部位命名，应用了类比和形象思维方法，一症一病，知其名如见其病，甚至只须简单了解病的主症或病名，即可对症治疗，无须复杂的辨证，基本上是以辨病为主诊治疾病。苗医的诊法也十分独特，诊断病情常用望、号、问、触，也就是看望、号脉、问诊、摸触四诊。苗医的望诊丰富多彩，除形态、面色外，还有指甲诊、耳壳诊、指纹诊、头发诊、毫米诊、鬓角诊、掌面诊或其它特定部位的望诊。号脉主要是切足脉或手脉，以马步节律来比喻脉膊的节律，故把上肢脉称为上马脉，下肢脉称为下马脉,另外还有三关脉、指间脉、时脉、昆化脉、福脉、五指脉等。苗医在临床常用的数十种治疗方法中，外治疗法特别丰富，诸如挑筋法、蒸薰法、灯火法、化水法、糖药针法、滚蛋法，以及产科的坐产分娩法，伤科的悬梯移凳法等，苗医伤科有很高的成就。云南《马关县志》有“苗人有良药接骨生筋，其效如神”的记载。
苗族应用药物的历史悠久，历代本草多有记载。由于苗族地区盛产药物，是历代地方官上贡朝庭的贡品。
苗医药品种类繁多，包括植物、动物和矿物药等一千余味。所用药物疗效很高，并和中药有许多不同。地方志称苗药药色诡异，非方书所载，统称草药。有些药虽为方书所载，运用也不相同，具有自己的特点。苗药命名，有的突出药物的特殊功效，有的突出药物的特殊形貌，有的反映药物的特殊气味，命名形象而具体，注意实际，易懂易记。苗医很重视药物的功效，为此编出许多口诀。贵州紫去县苗医总结出：爬不得坡，离不开矮陀陀；上不得坎，离不开倒触伞，打得一身垮，离不开四块瓦；要得一身松，离不开木通；周身发麻，离不开乱头发。从中既知命名的形象，又可知药物的功效，这类口诀各地均有，生动易记。
在用药上主张“立方简要”、“一方一病”、“对症(病)下药”，一般是一、二种药一方，少数七八味药一方。苗医单方很多，专病专方，以单验方治病为主。
六、彝医药
迄今，较多的彝医方面的专书都是在明清时期著成或誊抄的，尽管书中反映的某些医学思想或内容是比较早期的，有些可能是晋唐时期医学成就，但它们著成的时间却比较晚。
近代以来，尤其是新中国成立后，对民间收藏的彝医古籍进行收集、整理和翻译，取得了很大的成绩，其中有云南《双柏彝医书》、《努苦赤》、《医病好药书》、《元阳彝医书》《洼垤彝医书》、《老五斗彝医书》、新平的《聂苏诺期》等等。从这些书都已经能看出这个时期的彝医药已经有一定的理论，在生理、病理、诊断、临床、药物学等方面，已经达到了一定的水平。
在诊断疾病方面，这一时期已有明确的具体方法：如从病人白睛(巩膜)上可以检查出是否有肺病或肝病，其病情的深浅及病程、预后；看病人舌根下的血脉，可知病情及病程：
望病人头发的色泽，发根上的水珠有无，可判断患者血液中的贫血程度；
望耳后血丝的颜色及其分枝情况，以判断小儿的病情，水肿程度等；
望患者十指指尖放出的水瘐，可判断水肿病的预后等等。
彝医的治疗法则及方法有汗、清、消、补、温、吐、下、解毒、扯毒、祛风、止痛、放血排毒、舒经活血、杀虫化虫、通经、止带、箍疮托脓、生肌等等。
在具体治疗方法上，还有按摩(按、摩、揉、摇、推、拉、旋、搓)、割法(在手掌大鱼际、小鱼际、虎口等处用刀切开，挤出皮下脂肪等)、取法(拔火罐、蜂蜡纸柱、灯草、药物等属于此类)、烧炙，擦、刮、针刺等等，这些治疗方法，也都保存着本民族的特色。
从《双柏彝医书》和《聂苏诺期》中的记载来看，当时的病症已涉及内、妇、儿、外、五官诸科，每一种病之下，载有治疗的方法、药剂，有时是一病一方，或一病数方，方剂有单方，也有复方。这两部书均著于喜庆年间，前一部书有药方243首；后书有134首，还载有许多非药物疗法。
关于药物，这一时期彝药的成就也已较高。它与汉族中医的药物有许多不同的地方，可见它是独立发展的药学体系。如《聂苏诺期》中载有药物273种，其中植物药214种；动物药52种；矿物药7种；而《双柏彝医书》中的药物有275种，主要也是动物与植物药。