微生物感染对免疫功能的影响是多方面的，有些感染可增强免疫功能，免疫接种即建立在此理论基础上。有些所谓“正常菌群”，如双歧杆菌、乳酸杆菌、大肠杆菌、寄生在肠道中对人体健康是有益的，甚至是必不可少的。这些感染的过程的最终结果是增强抗感染免疫功能。
还有很情况下，感染会削弱免疫功能。如麻疹患儿、流感患者有容易并发肺炎的倾向；风疹、水痘、脊髓灰质炎、巨细胞病毒感染、流行性腮腺炎后，可使免疫力下降，易继发其他感染。艾滋病毒感染会严重破坏免疫系统，从而继发感染或肿瘤。
另有一些感染会造成调节紊乱，引发超敏反应（俗称“过敏”）及自身免疫病，如有些人在链球菌感染后会引起腥红热，有些则在感染过去后数月甚至数年出现风湿性心脏病和风湿性关节炎，甚至发生肾炎。
不同微生物感染人体后，其结果各不相同，而有时同一种感染对免疫系统的影响也因人而异。另外，需要提醒的是，某些活疫菌接种后会在一段时期内降低机体免疫功能，发生接种后反应，这一点也是不应忽视的。