病因是个重要问题，实验医学、临床医学、流行病学均应用自己的方法对病因进行探讨。这三大方法各有所长、各有特点，紧密协作，才易于探讨病因。
流行病学探讨病因是从群体水平，用疾病在人群中分布的资料进行现场观察及现场实验，最接近于人群的实际情况。因此，对疾病病因的研究在很大程度上取决于流行病学研究。流行病学可为临床及实验研究提供病因线索，而实验医学及临床医学对病因的研究结果，还要根据流行病学研究做最后判断。如1963年河北省南部洪水后发生的不明热症，根据临床判断为副伤寒或流行性感冒，但该病的流行病学特点不支持这种判断，（耿贯一，1963）从而提出钩端螺旋体病的判断（尽管在那以前河北省南部没有发现过钩端螺旋体病），实验室检查后来证实了流行病学的判断。实验室研究发现可能致癌物种类非常多，WHO提出由流行病学研究最后判断，而将这些致癌物种类的数字大加减少，而且更符合实际。
病因假设形成的途径
三大方法研究病因，均要先形成病因假设，然后再加以验证。流行病学形成的病因假设（说）是根据自己的、别人的经验，疾病的自然史，已知的影响因素等而形成。在形成病因假设时，一般可遵循下列途径（MacMahon等）。
1.求同法（method ofagreement）如果多种不同情况与某种疾病的存在有联系，而在这多种情况均有一个共同的因素，则这个因素很可能为该病的病因。如氟斑牙患病率高的地区，饮水氟含量高，而患病率低处则饮水氟含量低。饮水氟含量高则可能为氟斑牙的病因。
2.求异法（method ofdifference）如果有A、B两种情况，某病的发病率在A显著高于在B，在A有某因素（F），在B没有该因素，则F很可能是该病的病因。如肺癌发病率在吸烟者显著高于在不吸烟者，说明吸烟可能是肺癌的病因。
3.共变法（method ofconcomitant variation）当某个因素（F）出现的频度或强度发生变化时，该病发生的频率与强度也变化，则F很可能是该病的病因。如海豹肢畸形（phocomelia）随反应停（thalidomide）上市量的增减而增减。在温州地区研究发现“散发性脑炎”的发病数，随四咪唑和左旋咪唑上市量而变化，从而怀疑该药物与“散发性脑炎”的发生有关。
4.类推法（method of analogy）当一种疾病的分布与另外一种病因已清楚的疾病的分布相似时，则这两种病可能有共同的病因。如前文所述河北省1963年流行的“不明热”被判断为钩端螺旋体病，就是根据共分布特点而作。
除上述四种方法外，如果一种疾病有多种可疑的病因，而其中多种已被排除，仅余一种可能时，则此因素是该病的病因的可能性就大大增加。