流行病学是医学科学领域中一门应用学科，它的最终目的在于预防疾病，促进健康。为了更有效地预防疾病，医疗卫生人员运用流行病学方法研究疾病的病因和流行规律，以便更好地控制、预防或消灭疾病。因此，在进行流行病学调查研究的同时，也应积极地开展疾病预防工作。对已经弄清病因和流行规律的疾病是这样，即使尚未完全阐明病因、但已掌握病因线索的慢性病，也应从消除疾病的危险因素入手，开展预防工作。任何将病因和流行规律与疾病预防割裂开来的意念与做法都是与流行病学定义的内涵相违背的。
疾病的预防工作必须贯彻预防为主，加强组织领导、坚持群众路线、依靠科学技术、讲究工作策略，才能取得实际效果。
预防疾病犹如对敌作战，要讲究工作策略，慎选预防措施。只有在正确的预防策略指导下，采用合理措施，才能达到预期的预防效果。策略着眼全局，措施立足局部，二者密切相关。不考虑措施可行性所制定的策略，则策略会落空；而仅凭局部经验，缺少策略指导的措施，其效必甚微。现以天花全球消灭的经验为例，加以说明。
1958年，第11届世界卫生大会通过在全球消灭天花计划以后，将消灭天花策略的重点放在提高人群的痘苗接种率上，认为痘苗接种率越高，控制和消灭天花的可能性越大。经过将近10年的努力，到1967年，虽然全球天花的发病确实减少了很多，但在一些天花“地方性”发病的国家，发病率仍然持高不下。加之，大规模种痘所带来的不良反应，使天花全球消灭计划的进行相当困难。经过流行病学研究，发现天花的传播远非早期文献所记载的那样迅速，而是传播相当缓慢，并且只有在感染者与易感者密切接触的条件下，传播才能实现，而且波及的地区也较局限。由于天花流行特征的新发现，再加上既往已经认识到的流行特征，诸如天花仅限于人间传播而无动物宿主，天花病例容易识辨等，使天花消灭技术的决策者考虑到必须适时地变换天花的预防策略。于是，从1967年起，WHO在强化消灭计划中强调，除了继续加强痘苗接种以提高接种率之外，还应开展天花发病的监测工作，争取及时疫情报告，在天花患者周围人群中进行环形接种，以便迅速而彻底地控制传播。由于预防策略的变换，而导致1977年，即在强化天花消灭计划实施后第10年，终于达到全球消灭的目标。
预防措施所使用的具体方法，有时也影响策略的改变，如麻疹疫苗、脊髓灰质炎疫苗的研制成功和推广，改变了两种病的预防策略。又如麻风过去采用严密的社会隔离（隔离到麻风村、麻风岛）以杜绝此病传播，但实际效果并不理想，病人不愿遭此隔离，亲人也不忍病人有此遭遇，从而影响患者自动求医，反而不利于患者隔离。目前认为，在有效药物治疗下，对非开放性患者不需隔离，可在家中治疗。甚至开放性患者也可采用此法。因为，当其被发现病灶开放时，开放性病灶存在为时很久了,与之共同生活的人可能早已受到感染，因而勿需在短暂的治疗期间进行隔离。