一、细菌感染
由于免疫抑制剂的使用，肝移植病人细菌感染的概率明显增加。感染常发生在术后2个月之内，与免疫抑制剂的剂量和手术时间的长短有关。最常见的是切口感染、肺炎、泌尿道感染、腹腔脓肿和输液导管污染引起的败血症。一旦感染发生，应在充分引流的基础上使用合适的抗生素。随着术后时间的延长，病人细菌感染的易感性与普通人群相同。
肝移植术前，应做肠道准备，可以口服红霉素（剂量：1.0g,1次/h，共4次）加新霉素（剂量:1.0g,1次/h，共4次），以抑制肠道细菌。术前及术后24h内静脉应用抗生素，如果没有明显的感染存在，术后24h以后就不必再使用抗生素。
二、巨细胞病毒感染
巨细胞病素（cytomegalovirus,CMV）的感染在肝移植病菌中十分常见，大部分发生在术后3个月之内，以及发生排异反应时。当供体CMV抗体阳性而受体CMV抗体阴性时，发生率更高。CMV感染可以表现为肝炎、局灶性肺炎、胃肠炎、结肠炎、也可以发展成全身脓毒血症。CMV的感染使病人术后存活率大大下降[17]。同时CMV感染可以增加细菌感染的机会[18]。
CMV可能通过两种途径传染给受体：CMV阳性供体肝脏和术中、术后输注CMV阳性的血液制品。经供体肝脏传染时，潜伏期较短，CMV肝炎和并发侵入性真菌感染的机会比经血液制品传染时高[19]。
CMV性肝炎主要表现为全身不适、低热、白细胞减少、血小板减少和肝功能异常。CMV性胃肠道炎症和结肠炎主要表现为腹泻和出血。
CMV感染的特征性病理表现为坏死的肝细胞周围有少量白细胞（10-20个）聚集。在肿大的间质细胞和肝实质细胞内可见嗜酸的细胞核和嗜碱的胞浆包涵体。通过对福马林固定的石蜡切片的免疫组化染色定位CMV抗原对明确诊断有一定的帮助。对肝脏活检标体的原位杂交在特征性病理表现出现之前可以检测出CMV-DNA。所以，肝脏活检、CMV病毒培养和免疫组化对明确诊断是必要的。
为了预防CMV的感染，现在普遍采用大剂量的阿昔洛韦（acyclovir,成人:800mg,1次/6h,3个月后改变为200mg,1次/6h.儿童:12.5mg/kg,1次/6h）。有的移植中心在术后即静脉注射更昔洛韦（gancyclovir:前30d,6mg·kg-1·d-1,第31-100天，6mg·kg-1·d-1，每周一至周五给药），可以取得很好的预防效果[20]。有的肝移植中心根据供体和受体的CMV血清学情况来决定用药[51]：①供体和受体的CMV均阴性，可以不必预防性用药，只要术中和术后输注的血液和血液制品严格保证CMV阴性；②如果受体CMV阳性，不管供体的CMV情况，术后14d内静脉给予更昔洛韦5mg/次，每天2次，以后给予阿昔洛韦500mg/次，每周5次，连续10周；③受体CMV阴性而供体CMV阳性，则静脉注射更昔洛韦6mg·kg-1·d-1，术后30d，1次/b，以后5次/周，直至术后第100天。也可以加用CMV免疫球蛋白（100-150mg/kg,1次/2周）。
如果诊断为CMV感染，则应静脉注射更昔洛韦，起始剂量为5mg·kg-1·12h-1,然后根据肾功能情况予以调整，同时可以加用其他抗病毒制剂以及CMV免疫球蛋白[21]。也有人认为阿昔洛韦和CMV免疫球蛋白可以明显降低疱疹病毒和EB病毒的感染率，也可以明显降低真菌感染的发生，因此可以降低术后死亡率，但对CMV感染无明显预防和治疗作用[22]。
三、单纯疱疹病毒感染
疱疹病毒性肝炎虽比较少见，但在术后早期即可以发生，一般发生在术后2周之内。单纯疱疹病毒性肝炎如不及时治疗，可以出现大块状的肝坏死。如果能得到早期诊断，大剂量的阿昔洛韦或者再次肝移植或许有一定的作用，但效果往往很差。
由单纯疱疹病毒引起的间质性肺炎是肝移植术后严重并发症，其主要表现为发热（38℃以上）和PaO2降低、PaCO2升高等动脉血气的变化。X线检查可以获得间质性肺炎的放射学证据，支气管冲洗液中可以查见单纯疱疹病毒。该并发症在术前HSV-IgG阳性的病人容易发生[23]。
四、EB病毒感染
EB病毒的感染主要表现为淋巴细胞学增生，可以表现为典型的单核细胞增多症、B细胞增多症和各种恶性淋巴瘤。外周血非典型淋巴细胞可以占淋巴细胞总数的10%-50%，肝脏门管区也可见大量淋巴细胞浸润，但以B淋巴细胞为主。术后6周就可能发病，但淋巴瘤一般发生在术后15个月左右。
治疗的关键在于早期诊断和减少免疫抑制剂的用量。抗病毒药物阿昔洛韦和更昔洛韦也有一定治疗效果。
五、真菌感染
真菌感染主要发生在体质较弱、术前术后住院时间较长、术后早期移植肝功能不全及术后早期有细菌感染的病人。最常见的病原微生物为念球菌和曲霉菌。最常见的部位为皮肤、肺部及粘膜。真菌培养有助于诊断。
术后常规口服制霉菌素(50万U，1次/8h)及用制霉菌素软膏涂擦皮肤皱褶处有利于预防真菌感染。最近，有人报道，口服氟康唑（fluconazole:100mg/d）比制霉菌素更能有效地预防真菌感染[24]。一旦发生真菌感染，应该全身使用两性霉素B。
随着术后时间的延长，真菌感染的机会越来越少。
六、原虫感染
最常见的原虫感染为卡肺孢虫（Pneumocystis carinii）的感染。主要表现为双侧性肺炎，临床表现为发热、咳嗽、呼吸短促和低氧血症，胸部X片表现为间质性肺炎。明确诊断有赖于病原微生物的培养以及组织学、细胞学和血清学的检查。
为了预防原虫感染，术后3个月内应服用复方新诺明(SMZco:1片/d)[25]，对磺胺类药物过敏的病人，可以应用喷他脒（pentamidime 300mg）喷雾，或肌注喷他脒(4mg·kg-1·d-1)，可以有效预防感染。一旦发生感染，应静脉使用磺胺甲基异噁唑/甲氧苄氨嘧啶，用量按甲氧苄氨嘧啶15-20mg·kg-1·d-1计算，对于不敏感染的病人，应加用喷他脒3-4mg·kg-1·d-1，肌注或静脉滴注[51]。