大部分人体载脂蛋白基因的染色体定位采用了两种方法：DNA印迹法（Southern blotting）；荧光标记原位杂交法（fluorescence insitu hybridization）。DNA印迹法主要是分析从人与老鼠或中国苍鼠体细胞杂交体中提取的DNA。如果人体某种载脂蛋白cDNA或基因DNA探针仅与含有特定人体染色体的体细胞杂交体DNA杂交，且不与同一杂交体内非人体染色体DNA交叉反应，这种载脂蛋白基因的染色体定位便可初步确立。荧光标记原位杂交法使用荧光素标记的载脂蛋白DNA探针与固定的分裂中期的染色体杂交，这种方法可确立载脂蛋白基因在染色体上的特定位置。这种定位的准确性可用某个染色体特异性的中心粒探针杂交进行佐证。在已确立的人体载脂蛋白基因染色体定位中ApoAⅠ、CⅢ、及AⅣ在第11号染色体和ApoE、CⅠ及CⅡ在第19号染色体上的位置毗邻，而其他载脂蛋白基因的分布较分散。
人体载脂蛋白基因AⅠ、CⅢ和AⅣ在第11号染色体上的位置毗邻，它们分布在22000个核苷酸碱基对之内，排列顺序为AⅠ-CⅢ-AⅣ。AⅣ基因距AⅠ基因3'末端12000个碱基对。AⅣ的转录方向与AⅠ一致。CⅢ基因位于AⅠ和AⅣ之间。它的转录方向与AⅠ及AⅣ相反。ApoE、CⅠ和CⅡ的基因分布在第19号染体上，它们之间的距离仅为4000核苷酸碱基对。这三个基因以及6磷酸葡萄糖异构酶基因紧密相连地分布在中心体至长臂第13区段内。低密度脂蛋白受体的基因亦分布在第19号染色体，不过它分布在短臂区域内。这种载脂蛋白基因丛的分布可能反映这些载脂蛋白基因在进化的早期比较接近。它们的表达可能受着协同的调控机制。这种毗邻分布也具有临床意义。其中一种载脂蛋白基因的多态性也可能与其毗邻的载脂蛋白基因的多态性或遗传特征有关。
表4-2列出载脂蛋白基因的染色体定位。大部分载脂蛋白基因在染色体长臂或短臂上的位置均已确定。表中列出的主要参考文献供进一步查阅其定位方法时参考。
表4-2 人体载脂蛋白基因的染色体定位
| 基因 | 染色体 | 染色体区段 | 基因座符号**** | 参考文献 |
| AⅠ | 11 | q23-q末端* | APOAI | 22 |
| AⅡ | 1 | q21-q23 | APOA2 | 23 |
| AⅣ | 11 | q23-q末端 | APOA4 | 22 |
| （a） | *** | |||
| B | 2 | P24-p** | APOB | 24 |
| CⅠ | 19 | q13.2 | APOC1 | 21 |
| CⅡ | 19 | q13.2 | APOC2 | 21 |
| CⅢ | 11 | q23-q末端 | APOC3 | 22 |
| D | 3 | q27-q末端 | APOD | 13 |
| E | 19 | q13.2 | APOE | 25 |
| F | 12 | *** | APOF | 15 |
| G | *** | |||
| H1 | 17 | q23-q末端 | APOH | 26 |
| J2 | 8 | P21 | CLI | 27 |
*：q代表长臂；数值代表区段；
**：p代表短臂；
***：尚未见有关资料报导；
****：参见计算机网络联系基因库(GDB:http:11www.gdb.orgl)；
1：ApoH也称为β2-糖蛋白Ⅰ(β2-glycoprotein Ⅰ)；
2:ApoJ也称为补体融解抑制剂(Complement lysis inhibitor,CLI),硫化糖蛋白2(Sulphatedglycoprotein2,SGP-2),gp-Ⅲ，SP-40，40，TRPM-2等。