早在1903年东莞市第三人民医院（当时称惠育医院）建院之时，中医科就伴随惠育人战斗在治病防病的最前线。
新中国成立之初到上世纪90年代，该院汇集了杜达权、陈满枢等一大批远近闻名的中医师。现在，中医科已建设成为集医疗、教学、科研于一体的综合性科室，设有风湿免疫科、妇科、骨科、内科、过敏反应、中西医结合专科，年门诊量数万余人次。该院的中医康复科于2013年获评为“东莞市特色专科”，该科在传统医学康复基础上，加入现代康复医学手段，集中西医康复最佳评估与治疗方法，广受患者好评。
东莞市第三人民医院党委副书记杨伟琪介绍说，目前医院正从西医治疗方法的薄弱环节寻找突破口，制定中医科发展的长久规划，走中西医结合互补道路。根据该院中医药发展规划，该院的中医科将在椎间盘治疗、骨伤病治疗、风湿免疫疾病、肾病、肿瘤等方面探求新的发展空间，并将康复治疗项目渗透到各临床专科，将中医康复治疗延伸到重症医学科、神经外科、神经内科、骨科、手足外科等，将早期康复治疗理念在全院推广。同时，注重发挥中医“治未病”优势，传播“未病先防，既病防变，瘥后防复”的理念，积极开展中医预防保健、养生康复等服务。
社会办医在东莞市的医疗卫生服务中，起到了非常重要的作用，东莞市首家民营中医院宏元堂即是其中一个代表。
宏元堂创办人陈宏宾采用“医养管平台连锁”商业模式，以宏元堂中医院为母体医院，跨界合作经营养生食坊，搭建健康维护的管理平台，向病人或亚健康人群在宏元堂体系内提供“中医医疗、养生药膳、健康管理”一条龙的定制式健康服务。通过中医医院与养生食坊、健康管理的科学定位，相互促进和相互支撑，形成中医药健康服务产业链。
东莞南城仁安中医门诊部位于东莞闹市区，但进入门诊部之后，会有一种闹中取静的感觉。从门诊部设施到整体装饰，都体现着浓郁的中医特色。门诊部总经理罗王乐认为，民营医院要发展，服务质量是关键因素。
为了提供更好的医疗服务，罗王乐遍访全国各地名医，希望找到更多不但医术精湛，而且服务意识良好的医生前来坐堂会诊。此外，仁安中医门诊部还从韩国进口多台设备，希望在中医药制剂方面提供更好的服务。
为了用好中医、办好中医，2013年9月，大朗镇社区卫生服务中心又开启了中医馆正式落成使用。中医馆长期为老年人加强中医药管理和健康宣教，并设立慢病之家，将慢性病管理与中医药服务互相结合、互相促进，取得了良好的效果，成为了一大亮点特色。
慢病之家还负责为每位65岁以上老年人进行中医体质辨别。医务人员会根据老年人体质，从情志调摄、饮食调养、起居调摄、运动保健、穴位保健等几方面进行针对性的健康指导，有效改善老年人健康状况。
中医馆健康教育区是一个集医患交流，病患之间交流，实现健教与体验，传播卫生知识的大平台。每天免费提供适合老年人的养生茶，让候诊病人边喝茶边交流生活、饮食、运动等健康心得。人都说久病成良医，病患之间的经验介绍更加贴近当地习性，更加实用。比如糖尿病人结合本地的常用食材交流饮食等，往往能起到意想不到的健教效果。健康教育区还会轮番播放健康宣传片，让候诊病人一起观看学习慢病或中医健康知识。此外，中医馆还会定期组织开展健康教育讲座，内容涵括了中医药养生、慢性病防治、日常起居注意事项等，十分贴近社区居民尤其是老年人的生活实际，受到群众的一致好评。
东莞市人民医院拥有一百多年历史。是一所大型综合医院，在东莞市的医疗卫生服务中有着举足轻重的作用。为了更好地发展中医服务，该院创造性地将中医治疗和康复综合到一起，成立“中医康复科”。东莞市人民医院副院长叶国华介绍说，早在1930年该院已设中医门诊，2011年5月医院搬迁后，中医科病床达到52张，住院病人日渐增多，病种也渐增多，中医内涵建设得到加强，中医药参与率不断提高，中医科医务人员充分发挥中医的特长，依托综合性医院门类齐全的优势，面向全院各科住院病人积极开展中西医结合工作。
据中医康复科主任傅晓芸介绍，该科是东莞市人民医院的一个中西医结合病区，经过30年的发展，形成了既有中药、针灸、理疗、推拿按摩、体疗、药疗等传统康复手段为特色，同时汲取现代医学技术精华，集功能测评、物理治疗、针灸治疗、运动治疗、作业治疗、语言吞咽治疗、康复工程等一身的一个独立的多功能临床学科。
1997年傅晓芸被选为全国第二批老中医药专家学术经验继承人，师从广东省名中医孙康泰主任医师学习3年，2000年通过考核顺利出师；近年来中医科坚持每周派出2名年轻医生跟从广州中医药大学廖世煌、曾德环老教授出诊，学习老中医的学术观点和临床经验。
寮步镇社区卫生服务中心设立了独立的中药房，并且配有中药材305个品种和中药颗粒剂310个品种供患者选择。该中心通过站点之间、信息系统、运输的网络功能，实现网格化管理，形成下属站点开具中医药处方，中心根据处方调配中医，更可根据居民的需求提供中药代煎服务，再配送到站点的运作模式。目前，社卫中心在已配备中医师的站点开展了中药代煎及配送服务。这一创新模式既能有效节约社区卫生资源，又能切实解决群众到中心取药、煎服中药不方便等问题，更好地满足了广大群众对传统中药的需要和扩大中医药服务的覆盖层面。
随着人民群众的医疗需求及自身业务发展，医院搬迁是我国很多医院在发展过程中面临的问题。而在搬入新址后，如何迅速恢复原有门诊量是很多医院管理者首先要考虑的问题。东莞市中医院也曾面临同样的问题，而该医院在搬入新址后，只用了半年时间即恢复原有门诊量。
为了扶持东莞市中医药事业发展，东莞市财政投资5.3亿建设的市中医院新院，并于2012年6月28日整体搬迁且正常运营。
东莞市中医院副院长蔡立民介绍说，搬入新址后，该医院采用的策略是：集中优势力量，优先发展特色专科。包括骨伤科、内科等，其中，骨伤科分关节病、脊柱病、骨肿瘤、小儿骨科、创伤等6个病区，内科分脾胃病、脑病、心血管和呼吸、内分泌、肾病风湿病和肿瘤等5个病区、外科分普外、泌尿和神经外科2个病区，临床科室达到23个。
经过多年的努力，东莞市中医院2014年的门诊量超一百万人次，现有国家级中医重点专科2个（脾胃病科、骨伤科；其中骨伤科为建设项目），省中医重点专科7个（骨伤科、脑病科、心血管科、内分泌科、针灸科、肛肠科、急诊科，其中建设项目5个），市临床医学重点专科3个（骨伤科、脾胃病科、脑病科）。