中医药是中华民族智慧的结晶，也是一笔巨大的知识财富。知识产权保护在中医药领域具有广泛的运用，但在运用中也存在各种问题，需要出台符合中医药现状的法律法规来加强和完善对中医药知识产权的保护制度。
运用著作权制度存在的问题
我国《著作权法》第十二条规定：“改编、翻译、注释、整理已有作品而产生的作品，其著作权由改编、翻译、注释、整理人享有，但行使著作权时不得侵犯原作品的著作权。”第十四条规定：“汇编若干作品、作品的片段或者不构成作品的数据或者其他材料，对其内容的选择或者编排体现独创性的作品，为汇编作品，其著作权由汇编人享有。”这些规定为中医药文献重新整理和汇编提供了著作权保护。但在实际运用中存在一些问题：一是中医药创作大都源于生活和医疗实践，是世世代代相传的文化知识，著作权人的认定很困难。很多中医药创作是由集体智慧发展而来，如何设置经典古籍的权利人以及在使用中应如何标注，是我国中医药产权工作需要解决的一个问题。二是著作权制度保护的客体不能超过一定的期限（作者终生加死后50年），但中医药知识世代相传，中医药古籍都超过了著作权所设定的保护期，不符合其保护的要求。
运用商标制度存在的问题
在现代知识产权制度下，商标作为商品和企业的象征，是一种无形资产，在企业的经济活动中具有重要作用。我国现行《商标法》《商标法实施细则》在中医药领域发挥了巨大的作用，但在实际运用中仍存在一些问题：一是中医药企业商标产权意识淡薄，对商标的市场价值理念尚未形成。商标制度在医药领域的作用还没有得到完全发挥，表现为中药商品注册量少、商标设计差、盲目注册等。二是药品名与商标名混用。中医药特有标志符号被不当注册为商标，这些标志和符号有的被个别企业所抢注而独占使用，现行商标制度对此类做法没有相应的限制性规定。另外，药品名称和商标名称混用导致的企业纠纷较多。
运用专利制度存在的问题
我国1985年开始实施《专利法》，对“药品和化学方法获得的物质”不给予专利保护，只保护药品的制备方法。1993年修改的《专利法》开始给予药品发明以专利保护。同年，国务院发布了《中药品种保护条例》，正式把中药品种保护纳入法制化轨道。由于现行专利制度要求保护的客体具备新颖性、创造性、实用性，而大量的传统中医药知识已经处于对公众公开的状态，难以具备新颖性，因此不符合授予专利权的基本条件。另外，我国《专利法》第二十五条规定：“不适宜专利法保护的主题：①科学发现；②智力活动的规则和方法；③疾病的诊断和治疗方法。”这条规定在制度上排斥了中医药比较有特色的诊断和治疗方法，不能激励中医药自身的技术创新。