妇产科
医院中医妇科学学科始建于1959年，创始人韩百灵教授是全国著名的中医妇科名家、全国首批中医妇科博士生导师。他从医执教80周年，创立了中医妇科学的“肝肾学说”、“同因异病”、“异病同治”理论。
第二代学科带头人马宝璋教授一直致力于中医妇科学经典理论研究和教材建设工作，系统整理、完善了中医妇科学女性生殖藏象理论、冲任学说、天癸理论，为中医妇科人才培养和学科建设做出了重要贡献。
第三代学科带头人吴效科教授、专科带头人侯丽辉教授在传承老一辈学术思想的基础上开拓创新，带领学科、专科一跃成为同领域国内领先、国际有影响的一流学科。
以中医药具有显著优势疗效的月经病、不孕症（多囊卵巢综合征）、妊娠病（胎动不安）、妇科杂病（癥瘕、（盆腔炎）等作为长期、稳定的研究方向和重点专病建设，同时注重引进吸收国内外新技术、新方法，并逐渐形成多种中医药和中西医结合的特色技术，不断提高本专科诊疗水平和临床能力。
周围血管病科
医院周围血管病科成立于1994年，是黑龙江省成立最早的周围血管病科，也是全国成立最早的专科之一。现为国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科、国家中医药管理局重点专科协作组“无脉证”组长单位、中国中西医结合学会周围血管疾病委员会主任委员单位、中华中医药学会周围血管疾病分会副主任委员单位、黑龙江省中医药学会周围血管疾病专业委员会主任委员单位。
科室多年来坚持以中医中药为主治疗周围血管疾病，针对动脉硬化闭塞症、糖尿病足病、下肢深静脉血栓形成、多发性大动脉炎、脉管炎、下肢静脉曲张等疾病，经反复优化目前已经形成了一套中医药治疗周围血管疾病的临床治疗方案，在国内居领先地位、国际上也具有一定的影响力。近5年中标20项课题，其中8项国家级课题、4项为国际级合作；2011年被批准为国家名老中医传承工作室。
肝脾胃病科
医院肝脾胃病科历经40余载，汇集了一批治疗消化及内科疑难杂病的专家、教授及博士、硕士等中、高级人才，形成了合理的学术队伍。现为国家重点专科专病协作组副主任委员单位、省中西医结合消化疾病专业委员会主任委员单位。
在科主任谢晶日教授的领导下，坚持走中医、中西医结合之路，同时借鉴现代医学手段，在消化系统多种疾病的临床治疗上达到了国内领先水平，是全省唯一中医消化病学博士授予点。近年来完成国家级、省级科研课题26项，获得各级科研成果18项，其中获国家级科技进步奖2项，省政府科技进步二、三等奖3项，省教育厅一等奖3项，省中医药管理局一、二、三等奖8项；发表国家核心期刊论文144篇，主编著作12部；在研国家级、省级科研课题16项，培养（包括在读）博士后3人、博士15人、硕士112人及大批本科、留学生、进修人员。
耳鼻喉科
医院耳鼻喉科始建于1963年，是集医疗、教学、科研于一体的现代化中医、中西医结合耳鼻喉科高级专业人才的培养基地及医疗研究基地。拥有主任医师3人，副主任医师1人，硕士研究生导师3人，博士1人，硕士3人，学士4人。黑龙江省名中医1人，校名中医2人。第五批师承指导老师1人。世界中医药学会耳鼻喉科专业委员会常务理事1人，中华中医药学会耳鼻喉科专业委员会常委1人，黑龙江省中西医结合耳鼻喉科专业委员会主任委员1人等。
主要研究方向为中西医结合防治耳鼻咽喉疾病的临床与实验研究，采用中医药、中西医结合方法治疗常见病、多发病及疑难病证，研制出经验方20余种，临床疗效显著。年门诊量约在36000～40000人次，平均日门诊量为100余人次。承担课题20余项，获奖12项。在核心期刊发表论文80余篇，出版著作16部。
心血管病科
医院心血管病学科成立于1979年10月，现有正高职7人，副高职11人，中级职称10人，博士后3人，博士学位17人，硕士学位10人，博士研究生导师2人，硕士研究生导师12人。国家名老中医学术继承人5人，国家百名杰出青年中医1人，黑龙江省名中医2人，校名中医2人，新世纪百千万人才国家级人选1人，龙江学者特聘教授1人，享受国务院特殊津贴1人，国家级有突出贡献中青年专家1人。
学科拥有3个稳定的研究方向，在带头人周亚滨教授带领下，医疗、教学、科研工作取得了丰硕成果，主持国家重大科技专项、省杰出青年基金、省自然科学基金重点项目、省重大科技攻关项目、教育部春晖计划项目等课题20余项，获得黑龙江省科学技术进步一等奖2项、二等奖12项、三等奖10项、省高等教育教学一等奖1项、二等奖3项，厅局级奖励10余项，发表学术论文200余篇，出版著作10余部。专科擅长运用中西医结合治疗冠心病心绞痛、心律失常、高血压病、心肌疾病等临床常见病、多发病和疑难病，通过多年临床经验的总结并结合地域特点，形成具有中医诊疗特色的3个优势病种，分别为胸痹（稳定性心绞痛、不稳定性心绞痛）、心悸（室性早搏）、眩晕（原发性高血压），应用耳穴压籽、针灸疗法、中药空位贴敷、中药足浴、中药药枕、中药灌肠等特色方法治疗上述疾病，取得满意的疗效。
内分泌科
医院内分泌科于2002年被批准为国家中医药管理局重点学科，2011年成为黑龙江省中医药管理局重点专科，2012年被批准为国家“十二五”重点专科建设项目。学科实验室“分子生物学实验室”被国家中医药管理局批准为中医药科研三级实验室。
针对消渴、瘿病和肥胖病3个单病种已形成完善的诊疗方案与评价体系，诊疗方案执行率达100%，充分发挥中药熏洗、针灸治疗和耳穴压豆等特色治疗。拥有多种特色诊疗设备及仪器，包括快速血糖仪、胰岛素泵及动态血糖监测系统，糖尿病足诊疗箱及动静脉足泵等。
中西医结合学科
中西医结合学科始建于1982年，具有博士和硕士学位授予权，建有博士后科研流动站1个，包括中西医结合基础和中西医结合临床2个二级学科。历时多年，被确定为“十二五”黑龙江省重点学科。学科坚持以发挥中医特色和优势为本，重视中西医结合之间的相互作用和内涵联系，加强基础和临床的密切联系，重视产、学、研之间的有机结合，现已发展成为国内先进，省内领先的中西医结合科研示范基地、医疗基地和人才培养基地。
在学科带头人邹伟教授的带领下，承担本校各层次人才的培养任务，包括本科生、研究生等课堂教学、临床带教和实训指导工作。近五年来，共承担国家自然科学基金等国家级课题9项，教育部高校博士点基金、春晖计划及省自然基金等省部级课题60项，厅局级项目69项；获省部级一等奖4项，二等奖9项，三等奖14项，厅局级奖项31项；牵头并参与国家药监局中药新药研究26项，获经费200余万元。在核心期刊发表学术论文500余篇，出版著作50余部。
治未病中心
医院治未病中心成立于2007年，拥有专职医护人员39人，副高职以上的执业医师12人，博士、硕士学位占70%以上。治未病中心的面积3432平方米，包括9间诊室、18间治疗室，购置了中医体质辨识软件、中药熏蒸器等具有中医特色的诊疗设备。
目前科室已全面开展健康维护和亚健康调理工作，包括中医体质辨识、健康体检及药物调理（汤剂、水丸、膏方等）和非药物疗法调理（推拿、刮痧、火罐等）服务项目。2011年被评为国家中医药管理局“十二五”重点专科培育单位。
血液病科
医院血液病科始建于1963年，现拥有正高职5人，副高职3人，中级职称5人，初级职称1人；博士研究生5人，硕士研究生4人；博士研究生导师1人，硕士研究生导师4人。国家名老中医1名，设有全国名老中医学术思想传承工作室及研究型门诊、临床研究室及血液实验室。
拥有3个稳定的研究方向，即中医药治疗再生障碍性贫血、血小板减少症及过敏性紫癜的基础及临床研究。围绕此方向，主持国家自然科学基金、“十一五”重大科技支撑计划、教育部高等院校博士点基金、教育部春晖计划、省科技攻关计划、省自然科学基金等课题20余项。科研成果获得中华中医药科技进步奖2项、省部级科研成果5项、厅局级奖励11项；发表学术论文180余篇、出版著作35部。
护理学专科
医院护理专科始建于1963年，历经50年的发展，现拥有一支高素质、高学历、具有科研能力的护理团队，为全省中医院护理专业提供业务指导，是参与国家《中医护理工作指南》编写论证工作单位之一。实行院系合一体制，我院护理学科2005年获护理学硕士授予权，2011年被批准为国家一级学科。
现为省护理学会中医、中西医结合护理学会主任委员单位，积极推进优质护理服务活动，实行责任制整体护理。全院有63个优势病种的中医护理方案在临床应用，率先实施了突出中医特色，体现辨证施护的表格式专科护理记录单，此项目已获省级科研立项，调研后可在全省乃至全国推广使用。2010年被省中医药管理局授予“优质护理服务示范医院”；2013年被国家中医药管理局授予“优质护理服务示范医院”。
眼科
医院眼科始建于1963年，经过几代人的不懈努力，逐步形成一支诊疗手段先进、人员梯队合理、教学体系完善、研究方向稳定的医疗、教学、科研队伍，拥有博士、硕士学位授予权,现有博士研究生导师1名，硕士研究生导师7名，其中黑龙江省名中医1名，全国名老中医学术经验继承人2名。
现为黑龙江省中医药学会眼科专业委员会主任委员单位，始终坚持以中医药防治眼病及其相应的疗效评价和新药开发为研究重点，对青盲、消渴目病、瞳神紧小及白涩症的临床及实验研究已取得较好效果。近年来，培养了大量的博士、硕士生研究生，并承担进修人员、外国留学生及本校学生临床带教工作。主持国家自然科学基金、省自然科学基金等十余项科研项目,并获得多项奖励。发表学术论文150余篇，学术著作8部，参编新世纪“十一五”、“十二五”等全国高等医药院校教材6部。
皮肤科
医院皮肤科现有医生14人，护士8人，正高职5人、副高职4人、中级职称3人，其中博士4人（博士后1人）、硕士8人、学士2人，博士研究生导师1人、硕导研究生导师5人，梯队建设合理、诊疗特色突出、创新意识强烈、技术力量雄厚。在学术带头人王玉玺教授及专科、学科带头人皮肤科主任杨素清教授的带领下，科室呈现出飞跃式发展。
围绕优势病种建立完善而稳定的研究方向，在常见性、疑难性皮肤病的诊疗方面积累了丰富的经验，制定出较为成熟的治疗方案。多年来，坚持“突出中医特色、增效减毒”的理念，开发出20多种协定处方和40余种院内制剂，在治疗上结合中医外治等特色疗法，使传统医学的精髓得到了深度挖掘与继承，深受广大患者信赖。