1．脑和脊髓的各种疾病：包括畸形、炎症、梗死、出血、肿瘤等。对垂体微腺瘤、听神经瘤、内耳病变、三叉神经病变、白质病变、脊髓病变、脑干病变、小脑扁桃体畸形、脑血管畸形等，磁共振检查是首选的诊断手段。
2．椎间盘病变：包括退变、炎症、突出、膨出等。可清楚显示椎间盘的形态和病变对脊髓、神经根的压迫。
3．关节病变：包括半月板损伤、韧带损伤、软骨病变、滑膜病变、关节盘脱位等其他检查难以明确的病变。
4．骨髓病变：包括骨转移、骨髓炎、骨髓瘤、股骨头坏死；白血病骨髓浸润等。
5．实质性脏器病变：如肝、脾、胰、肾和全身各部位软组织病变(胃肠道除外)。
6．心脏和大血管病变：包括主动脉夹层、腹主动脉瘤、布——查综合征、各种心肌病等。
7．胆道与尿道疾病：包括结石、肿瘤、畸形、炎症等。