以豆蔻命名的中药主要有白豆蔻、草豆蔻、红豆蔻和肉豆蔻等。而这些豆蔻均含挥发油，具芳香之气，功效较相近。但各药之间还是有区别的，且药用功效的偏重点也不同，而肉豆蔻和其它豆蔻的科属更是不同。临床使用时，要区分清楚。
草豆蔻：又称之为草寇、草寇仁、草果。为姜科植物草豆蔻的成熟种子团。夏、秋果实成熟时采收，晒至8～9成干，剥去果皮，取出种子团，晒干。味辛，性温，归脾、胃经，功能燥湿行气，温胃止呕。用量：煎汤，3~6克。因富含挥发油，临用时捣碎，入汤剂宜后下。
白豆蔻：又称之为白蔻，壳蔻、豆蔻。为姜科植物白豆蔻和爪哇白豆蔻的成熟果实，7～8月果实熟，剪下果穗，晒干或烤干。味辛，性温，归肺、脾、胃经。功能行气化湿，温中止呕，开胃消食。偏重于开胃消食。用量：煎汤，3～6克。因含挥发油，故不宜久煎。煎药时将白豆蔻打碎或研碎，浸泡30分钟，后下，煎沸约10分钟即可，或研成细末吞服。其果壳水煎剂可抑制志贺菌、痢疾杆菌等，对细菌性腹泻有一定疗效，可供药用。
肉豆蔻：别名豆蔻、肉果、玉果，为肉豆蔻科植物肉豆蔻的种仁。将其种仁在45℃低温慢慢烤干，去油（主要降低有毒性的肉豆蔻醚、黄樟醚），当种仁摇之作响时即可。味辛，性温，归脾、胃、大肠经。功能行气化湿，温中行气，涩肠止泻。用量：煎汤，3～10克。含挥发油，故不宜久煎。提倡研成细末冲服，每次1.5～3克，可避免因煎煮造成的挥发油量损耗。过量服用肉豆蔻，可引起严重的毒性反应，应引起注意。生品作用相反，有泻下的作用。
红豆蔻：别名红豆、红蔻、红扣、良姜子，为姜科植物大高良姜的果实。于每年11～12月果实刚成熟时采收，将果穗割下后放置阴凉处通风4～7日，等果实成深红色时脱粒，去掉枝干，晒干。味辛，性温，归脾、肺经。功能温中散寒，行气止痛，醒脾消食，解酒毒。多用于温中散寒或解酒毒。用量：煎汤，3～6克。(张兴)