蒙医以“赫依”、“协日”、 “巴达干”三者的关系来解释人体的生理、病理现象。
“赫依”是指各种生理功能的动力，凡是思维、语言、动作及各种脏器的功能活动，都受它支配。如果“赫依” 功能失常，则会导致脏腑功能减弱，表现为神志异常、失眠、健忘等症状。
“协日”是指火热之意，机体的体温，各组织器官的热能及精神的振奋等都是该 “协日”在发挥作用。“协日” 偏盛就会发生各种温热病，如口苦、吐酸水、神志狂躁等表现。
“巴达干”是指体内的一种黏液状物质，具有寒性的特征，“巴达干”的功能失调，除了表现为一般寒性症状外，还会导致水液的停滞不化而出现各种分泌物增多的现象。
蒙医有以下几种独特的草原特色的疗法。
放血疗法：在一定的部位将浅部脉道(静脉)切开或穿破进行放血，借以引出病血，达到治疗和预防疾病的目的。放血疗法多适用 “协日”过盛引起的热性疾病，如高热扩散、骚热、疫热、疖肿、疮疡、痛风、结核病等热性病：
灸疗术：用灸草柱或灸草条在体表一定穴位上烧灼，熏熨的一种疗法，分蒙古灸、白山蓟灸、西河柳灸、温针灸等。
酸马奶疗法：酸马奶疗法是蒙古民族一种传统的饮食疗法，具有强身作用。对各种疾病的伤后休克、胸闷、心前区疼痛等有显著效果。据检测酸马奶中含有多种有益于身体的矿物质、芳香物质和微量元素。
蒙医正骨术：蒙医正骨术是历代正骨医学家们所积累的具有民族特色的疗法。专门治疗各类骨折、关节脱位、软组织损伤等系列骨伤疾病。蒙医正骨术分整复固定、按摩、药浴、治疗、护理和功能锻炼等六个步骤，有活血祛瘀、消肿止痛、舒筋通络、接骨结痂快等作用。
常用的蒙药有：森登(文冠木)、乌和日·西鲁斯(蒙古山萝卜)、阿拉坦花、其其格 (金莲花)、昂给鲁莫斯、毕日阳古(香青兰)、敏吉·黄·苏日 (紫筒草)、巴嘎·塔日奴(瑞香粮毒)、嘎顺·包日其格(苦豆子)、敖朗里布(绶草)等等。在处方用药中，用得最多的中药有麝香、丁香、荜茇、豆蔻、香青子、马钱子、水银、草乌等。一般如果配伍中用有草乌，大多数都要配诃子(阿如勒)。
另外具有草原特色的蒙药如楼格莫曰(糙苏)、汗达益-合勒(肾叶吾)等等。
蒙医药是在蒙古民族传统医药学的基础上，涉及藏、汉等民族以及古印度医药学的理论和精华而形成的具有民族风格的、独立的医药体系，在我国民族医药中占有重要地位。广袤的大草原和广阔的森林中提供了大量珍稀特有的天然药用植物，成为蒙医治疗常见病和疑难病有力的保障。