我国苗族人民主要生活居住在以湘西为中心的东部片区、以黔东南为中心的南部片区及以黔、滇、川边区的西部片区。由于语言、生活、习俗的差异形成了区域间的文化差异，活跃在各个文化圈的医药文化，也形成了自己独特的医药文化圈。
一、东部苗医文化特色 此区主要以欧氏、唐氏、龙氏的苗医学术观点为主。
湘西凤凰县苗医欧志安将凤凰县苗医整理归纳了四个基本特征。一是苗医四大特色：命名的民族性、分类的特殊性、加工炮制的简易性、配方的灵活性。二是苗医的四大特点：巫医一家、医药一家、医护一家、医武一家。三是苗医疾病的四大门类：内科、小儿科、外科、妇科。四是在临床病症上分“英”和“养”两大类疾病。
唐永江先生整理的贵州松桃苗医学术体系认为：苗医在诊断上强调“望、听、闻、脉、摸”的五法诊断；在治疗上主张两纲、两病，即冷病和热病；临床疾病上，整理出三十六经，七十二症，四十九翻，小儿十二胎病，新生儿十二抽病及七疔八癀、花、疮、四龟病（肿块）等多种皮肤及肿瘤疾病。
龙玉六苗医学术体系是在苗族生存哲学指导下的苗医药基础理论、医学临床、苗药学及养生保健等。他强调一切事物由物质、能量和条件组成，三者不能缺一的苗族生成哲学。人文人体生理、病理、病因、疾病的发生发展与转归都与生存哲学密不可分。
二、中部苗医文化特色 中部苗族医药文化主要集中在黔东南，代表人物为陆科闵。
陆科闵先生对黔东南地区苗医药深入调查研究后总结其主要特点有：在诊断上对疾病强调两纲（冷经、热经），五经（冷经、热经、半边经、慢经、快经），三十六症，七十二病。遵循先辨冷热，再辨五经中何经、三十六症中何症、七十二病中何疾的辨证原则。在治疗原则上采用冷病热治、热病冷治两大原则；在治疗方法上采用内外兼治、以内为主、辅以外治等方法。
三、西部苗医文化特色 西部苗族医药文化较为分散，但也有其区域特色。诊断上分六望看病，即望气色、指甲、指纹、三关、形象、手相。其中云南苗医把致病因素分为毒、亏、伤、积、菌、虫六种。治则为：热药治冷病，冷药治热病，和药补体质治身体亏损病。传统疗法有自然疗法和传统外治疗法。外治法有捶打、砭针、刮痧、竹简拔罐、按摩、针刺疗法等。
三大苗族医药文化圈各自有其区域特色，也有其共同特点和相互间的有机联系，三者共同构建了中国苗医理论体系框架，形成了独具特色的中国苗医学。