患慢性淋病时，淋病双球菌沿男性尿道向后侵入后尿道的球部、膜部及前列腺部，从而引起这些部位的慢性炎症，其状态也极不一致，通常多无特殊症状，仅在患者抵抗力减低时，例如腹泻、高热、酗酒或过度疲劳等，开始产生尿道炎症状。
排尿时有轻的尿道灼热感、刺痛、瘙痒或尿意迫切感，有时感到前列腺区剧痛，尿道分泌物无明显增多，只在清晨起床时才看到尿道口有“糊口”现象。用手指压迫尿道深处，可见有少量稀薄黏液流出。
如压迫会阴及前列腺区时，则压痛显著，并向阴茎前端、骶骨部位及睾丸等处放射。前列腺或膀胱炎症明显时，排尿一结束，往往会引起痉挛性尿刺痛、末段尿液内见血，并出现排尿障碍等，若病变仅限于尿道，则可引起射精疼痛、血性精液或脓性精液。
非淋菌性尿道炎的特点是症状较淋病轻，潜伏期较淋病长，分泌物较淋病清稀。