典型的尖锐湿疣极易辨别，若发现外生殖器、肛周、会阴及阴道等部位有赘生物或小疣体就应当怀疑为尖锐湿疣。如果疣体是单发或多发小丘疹状、乳头状、菜花状或鸡冠花状，表面粗糙，根部有蒂或融合成片，基本就可以认定为尖锐湿疣。但对于不典型皮损，需结合醋酸白试验进行鉴别，以免误诊。用纱布或棉棒蘸取5％冰醋酸溶液(白醋即可)紧敷患处，5分钟后观察：局部变为白色，为阳性反应，即尖锐湿疣；不变色则为阴性反应。跟尖锐湿疣比较相像、容易混淆的常见疾病有以下几种。
1．扁平湿疣 扁平状，表面平滑，多为灰褐色，常对称分布，多见于肛门周围，是二期梅毒的表现。梅毒血清试验阳性，局部可检测出梅毒螺旋体，醋酸白试验阴性。可肌肉注射苄星青霉素，每周1次，每次240万单位，分两侧臀部注射，连用3周。青霉素过敏者可口服强力霉素，每次100毫克，每日2次，连服15天。
2．女性假性湿疣 一般局限于大小阴唇内侧，多米粒大小，表面光滑，触之有颗粒感，无明显增大倾向，醋酸白试验阴性。属于正常结构，不需治疗。
3．阴茎珍珠疹 分布于龟头冠状沟处，成串分布，米粒大小，表面光滑，珍珠状白色或淡红色，无明显增大倾向，醋酸白试验阴性。属于正常结构，不需治疗。
4．传染性软疣 不仅见于生殖器，也出现于躯干、四肢等处，为乳白色丘疹，中心凹陷如脐状，可挤出白色小体。醋酸白试验阴性。可用木贼草、香附、板蓝根、山豆根各30克，加水1500毫升煎浓汤擦冼，每日1剂，连用15天。