鼻窦炎的发生原因通常分为三类：感染、解剖异常和免疫异常。
伤风、感冒引起的急性鼻炎，以及变态反应性鼻炎等，都极易并发鼻窦炎。急性传染病因多在早期伴有急性上呼吸道感染，也易发生急性鼻窦炎。游泳、潜水、跳水，污水进入鼻窦，感染细菌也可发生鼻窦炎。另外，鼻窦的外伤、骨折，细菌可由皮肤或鼻腔黏膜侵入鼻窦感染而发生鼻窦炎。
医学认为，由于鼻窦发育异常，或因外伤、鼻腔内的特殊炎症、以前做过的手术等导致鼻腔鼻窦的解剖变异，也是鼻窦炎发生的十分重要的因素。
最近，免疫异常因素可导致鼻窦炎也逐渐受到重视。如遗传性的先天性疾病，以及艾滋病等后天性疾病，均可导致患者的免疫系统异常，常伴发鼻窦炎、鼻息肉，治疗效果或预后均不理想。