中华民族的祖先在与疾病的长期斗争中，总结和创立了独特的方法如针灸，按摩等医疗手段。因此腧穴的形成与医疗实践是密不可分的。
腧穴的萌芽源于医疗实践
地球上自从有了人类，为了自身的生存与繁衍，在生产劳动的同时与疾病也开始了斗争，这样医疗实践也就开始了。人类刚刚出现时，生活条件非常恶劣，他们居住在大山洞穴之中，无医无药，但出于人类自身的生理自卫的本能，原始的医疗活动出现了。
在生产和生活当中不可避免地会出现一些伤痛，患病的个体会很自然地用手去抚摩、按揉或捶击患处。这时就会出现“按之快然”、“按之立已”、“按之痛止”的现象。另外在生活和劳动中，偶然被利物刺伤、碰伤或刮伤体表某些部位，这也是经常发生的事情，此时可能会出现“刺之快然”、“刺之痛止”的现象。这正是《灵枢·经筋》所述的“以痛为腧”的过程。这就是腧穴形成的雏形。
随着社会的发展，到人类能使用石器和火的时候，他们有意识地用石器划伤，或刺伤肤的一些部位，以消除疾病和伤痛；或是用火来熏烤或熨贴皮肤的某些部位，达到减轻疾病和伤痛的目的。在医疗实践中，所使用的皮肤的一些部位，就是腧穴的萌芽状态。因此腧穴的萌芽源于医疗实践。
脏腑气血是腧穴形成的基础
脏腑是人体生化气血之根本，经络是气血运行于周身的通道。腧穴则是脏腑之气转输，汇聚于体表的地方。但是在秦、汉以前，腧穴尚未形成。例如1978年在湖南长沙马王堆汉墓出土的帛书中可以看到，当时只有脉而没有腧穴。例如上面有记载：“久(灸)足中指”，“诸病此物者，皆灸X X胍”，“久(灸)左肪”等。由此可见当时腧穴的理论尚未形成，但经脉的理论已出现。
水和食物经过脏腑的腐熟、消化、传导、运化而成为水谷精微，再由水谷之精微生化成生命必须的气血、营卫。气血营卫运行于经脉的内、外；运送到人体的五脏六腑、五官七窍、四肢百骸，起到滋润荣养全身的作用。《素问·经脉别论》说：“食气人胃，浊气归心，淫精于脉。脉气流经，经气归于肺，肺朝百脉，输精于皮毛。毛脉合精，行气于府。府精神明，留于四脏，气归于权衡。权衡以平，气口成寸，以决死生。”这是说食物经过胃的消化，其有形的营养物归于心，心主血脉，将此精微输入于血脉；血脉又运送至大的经脉，经脉之气归于肺，肺朝百脉，即全身之皮部络脉由肺输精微而荣润皮毛；皮脉及络脉得以荣养方能“行气于府”，此处的“府”应以“气府”解释为妥。“气府”即“腧穴”。脏腑生化气血是腧穴的物质基础。脏腑所生化的气血是以经络为通道来运送的。这些通道有行于人体浅部的，有行于人体深部的，有直行粗大的，也有横行成网络而细小的，同时还有大小不等的分支，种类之多不可胜数。凡是行于深部不可见而直行较粗大的为经脉；行于浅部常可见而横行细小者叫络脉。因为经络循行有上述区别，所以必定会有分流支出、相交相会、输出输入等现象出现。出现这些现象的部位恰好是气血会聚、转输的地方，人们把这些地方称作“腧穴”。腧穴部位为经气出入的地方，因此又常以“门户”称之。这些“门户”是正常气血营卫运行中相交、输出输入之所，同时也是邪气侵入之所。因为有以上的原因，所以有了疾病在腧穴上可以反映出来，腧穴可以用来诊断疾病，邪气也可以从这里侵入机体，医生也可以在腧穴上用针灸的方法治疗疾病，用针灸的方法把邪气引出此门而治愈疾患。脏腑居于躯干体腔之内，能受纳水谷转化成水谷精微，水谷精微又能转化为气血营卫，气血营卫沿着经络而达于五脏六腑、五官七窍和四肢百骸。经络相交相会，分支等部位是气血会聚、转输的地方，这地方称为腧穴。因此脏腑气血是腧穴形成的基础。