《内经》中有关目与脏腑的关系在《灵枢•大惑论》篇有专门的记载，同时在《素问•金匮真言论》、《灵枢•五阅五使》、《灵枢•脉度》、《灵枢•师传》、《素问•解精微论》诸篇均有提及，主要观点有三个。
其一
目为肝之窍，肝和则目能辨五色。《素问•金匮真言论》、《灵枢•五阅五使》篇提出目为肝之窍，《灵枢•脉度》篇则云：“肝和则目能辨五色矣。”由于肝藏血，经脉与目相连，故肝气通于目，决定着目的视物形态、分辨五色的功能。而胆为肝的相合脏腑，目既为肝之窍，必与胆相关。
其二
目为心之窍，从眼神中最易察知人的精神活动。《素问•解精微论》称：“夫心者，五脏之专精也，目者其窍也。”张介宾说：“心为五脏六腑之大主，精神之所舍也，故为五脏之专精。”王冰注云：“神内守，明外鉴，故目其窍也。”
其三
目为五脏六腑精气所注，五脏六腑决定了目的功能。J据《灵枢•大惑论》，其认为眼睛及其视觉的形成是由五脏精气上注而成，其中肾精形成瞳子（瞳孔），肝精形成黑眼（虹膜），心精形成血络，肺精形成白眼（结膜），脾精形成约束（眼睑）。脏腑之精与目之经脉相合而形成目系，上联于脑，眼睛及其视觉的形成是五脏精气上注，阴阳协调的结果。故脏腑的盛衰，在眼睛上的反映最为明显。
以上三说实为《内经》目与脏腑关系理论的不同学说，在临床中均有重要的指导意义。
从肝诊治目疾
临床已普遍运用，比如双目干涩、夜盲、视物昏花不清等症，一般选择滋肝阴、补肝血之法；若见目转耳鸣，多运用泻肝火、舒肝气之方。
从眼神诊断人的精神状态
判断患者是否抑郁、偏执、思维异常等，也有着非常重要的参考价值，也是中医诊断学的主要内容。
值得说明的是五脏六腑分主目的各部分组织的理论，对临床颇具指导意义，为中医眼科“五轮说”奠定了基础。“五轮说”将眼由外向内划分为胞睑、两眦、白睛、黑睛、瞳神五部分，内应五脏分别与脾、心、肺、肝、肾相联系，分别命名为肉轮、血轮、气轮、风轮、水轮。五轮说体现了中医的整体观，是眼科疾病诊断和治疗的理论基础，同时也为临床从五脏治疗目疾提供了立法依据。
例如眼睑属脾胃，故眼睑病麦粒肿多予以清胃泻火之法、眼睑下垂多补脾益气；结膜属肺，故结膜病多泻肺清火；角膜属肝，故角膜病多滋养肝阴、肝血为主；瞳仁属肾，故白内障多补益肝肾为主等。这些均为五轮说在目病辨证论治中的具体运用。
目主视物
外则与周围环境直接接触，内则由脏腑精气所注，所以，凡外感内伤诸因，皆可引起目病。《内经》中所载目病较多，有目赤、目痛、目盲、目瞑、目不合、黑眼小、泣下等等三十多种。兹举一病证，来具体论述目与脏腑关系。
黑眼小，语出《灵枢•玉版》
从病证名称分析，可知黑眼具有伸展收缩的特性，其意明指瞳孔缩小。瞳神属水轮，水轮内应脏腑于肾，而肝肾同源，故此病发病当责之于肝肾。黑眼小的病证特点即指瞳神展缩失灵，持续缩小，甚至缩小如针孔的目病。若病情进一步发展，则瞳神失去正圆，边缘参差不齐，又名瞳神缺陷。导致本病的病因多为风热夹湿，阻滞于中，上蒸于目所致，病位当在肺肝肾。黑眼小，易反复发作，应尽早彻底治疗。明代王肯堂在《证治准绳》中认为本病早期当属风湿热侵袭瞳子所致，主张用抑阳酒连汤加减，抑阳酒连汤原方中生地、知母滋阴抑阳；黄连、黄芩、黄柏、寒水石苦寒泻火，芩、连用酒制，可引导诸药直达病所；防风、蔓荆子、白芷、羌活、独括、防己祛风除湿；甘草和中，调和诸药。共奏滋阴抑阳、清热解毒，散风除湿之功。若肝胆火炽，上灼神水者，还用龙胆泻肝汤加青葙子、夏枯草，以清泻肝胆之火。若劳伤精血，肝肾俱伤，元气衰弱，目窍失养者，清代名医张璐主张运用六味地黄丸加二冬，亦可用杞菊地黄丸加减以滋养肝肾之阴，若兼见阴虚火旺者，可加知母、黄柏以滋阴降火。
由此可知
虽然《内经》中目与脏腑存在着一一对应的关系，但在临床上，对复杂的病证还应辨证论治，综合运用。