中医认为，孜然气味甘甜，辛温无毒，具有温中暖脾、开胃下气、消食化积、醒脑通脉、祛寒除湿等功效。在《普济方》中，就有用孜然治疗消化不良、胃寒、腹痛等症状的记载。因此，胃寒的人平时可在炒菜或烤肉时放点孜然，以祛除胃中寒气。
孜然生吃、熟吃均可。一般来说，香气浓郁的熟孜然适合用食物蘸着吃，而炒菜、煎烤时宜用生孜然，以避免重复高温导致香味消失。在吃法上，除了烤肉外，炒土豆丝、青椒等素菜时，都可以放一点孜然。
烹调时既可用整粒的孜然，也可将它磨成半整半碎的，或直接买孜然粉。整粒孜然在食用前，应先去除杂质，再用清水反复淘洗，然后晾干或烘干。存放时应放入瓶、罐中，以防时间过长香味挥发。
市场上常有人出售假孜然，辨别的方法是：将少量孜然放入水中，真的孜然应漂浮在水面，且水质保持清澈；如出现沉底、水质混浊等现象，则可能是假孜然。