五脏六腑，合手厥阴心包，则六脏六腑，是为十二经脉，其中并无命门之脏腑。前人妄以三焦属命门，谬矣！考之《铜人图》，有命门穴，在脊十四椎肾俞间。《灵枢·根结论》有云∶根于至阴，结于命门。
命者，目也。由此说推之，则目之中央，是为命门，乃足太阳膀胱经脉之所结也；肾俞中央，是为命门穴，乃足少阴肾脏之所通也。肾为水脏，膀胱为水腑，而命门则通于水脏水腑之经脉焉。