基因组是生物的生殖细胞中所含全部基因的总和。人类基因组具有极其复杂的结构，其编码蛋白质的结构基因大约有100 000个，每个单倍体DNA含有3.2×109bp，分布在24条常染色体和X，Y性染色体上。此外，还含有大量的非编码的重复DNA序列。基因定位（gene location）是用一定的方法将基因确定到染色体的实际位置。这是现代遗传学的重要研究内容之一。将不同的基因确定于染色体的具体位置之后，即可绘制出基因图（gene map）。
有两种基本方式制作人类染色体的基因图：即物理作图和遗传作图。物理作图（physical mapping）是从DNA分子水平制作基因图。它表示不同基因（包括遗传标记）在染色体上的实际距离，是以碱基对为衡量标准，所以物理图谱（physical map）最终是以精确的DNA碱基对顺序来表达，从而说明基因的DNA分子结构。从细胞遗传学水平，用染色体显带等技术在光学显微镜下观察，将基因定位不同染色体的具体区带，又称区域定位（regiona assignmer），而把基因只定位到某条染色体上称为染色体定位（chromosomalassignment）。这个水平上的基因图谱又称细胞遗传图（cytogenetical map）。分辨率可达5Mb至1Mb。遗传作图（geneticmapping）是以研究家族的减数分裂，以了解两个基因分离趋势为基础来绘制基因座位间的距离，它表明基因之间连锁关系和相对距离，并以重组率来计算和表示，以厘摩（cM）为单位。两个遗传座位间1％的重组率即为1厘摩。人类精细的遗传图水平可达1cM即100kb(1Mb)左右。
根据系谱分析和少数血型分析，就可确定某些基因位于X染色体上。X连锁关系确定后，再依重组率计算两者之间的相对距离，便可将两个基因定位于XX染体的相对位置上，1961年红绿色盲就是通过这种方法定位于X染色体上。
1968年Donahue依据系谱分析的原理，第一次将Duffy血型基因定位于第1号常染色体上。它在中期染色体时，发现1号染色体长臂1区的异染色质区有变异特征。继后，他发现在一些家族中，凡是具有这种形态特征的染色体都是Duffy血型者，从而将此血型的基因定位于第1号染色体上。伴随分子生物学和细胞分子遗传学的进展，基因定位的新方法不断出现，特别是体细胞杂交、分子杂交、DNA重组和DNA体外扩增（PCR）等技术后出现与应用，产生了许多定位新技术，如脉冲场凝胶电泳、染色体显微摄影、染色体步移和酵母人工染色体（YAC）克隆等，使基因定位的研究工作得到迅速发展。
自1973年第一次国际人类基因组制图（human genome mapping,HGM）会议召开以来，每隔2-3年就举行一次会议。在第一次HGM会议上，人类基因定位只有31个，而今迅速进展到已定位的基因4000多个，而且有一大批克隆基因和DNA遗传标记被定位，如表7-1所示。这些成果有力地推动了遗传咨询、基因诊断和基因治疗的进展，对医学理论和临床实践的发展起着十分重要的作用。
表7-1 HGM会议定位的克隆基因和DNA多态标记
| HGM11（1999年） | CCM（1992年） | HGM12/CCM93（1993年） | |
| 基因总数 克隆基因 多态标记 | 2778 1524 622 | 3301 713 | 4183 3808 850 |
| DNA节段总数 多态标记 克隆DNA | 6974 2608 9760 | 12376 3250 16277 | 25640 5114 29833 |
| 多态标记总数 微卫星 | 3230 312 | 3963 812 | 5964 2427 |