手穴的艾灸治疗方法和全身其它穴位的灸治疗大体相同，在艾灸过程中使用艾条灸较多，因手部穴位不同身体其它部位的穴位那样相对平整，且手部皮肤较厚，灸的时间相对要长。其作用机理亦是通过经络的作用，调整人体生理功能的平衡，而达到治疗和保健目的的一种外治方法。
手穴艾灸疗法的特点：采用穴位不多，而能治疗的疾病却不少，且方法简便，疗效显着。只要用纯净的艾绒制成艾条或艾炷，在一定穴位上重灸就行，即容易学，又容易用，价格也便宜。
艾灸的方法：有艾卷灸、艾炷灸、温灸三种。
1．艾卷灸：艾卷灸就是用纸包裹艾绒卷成圆筒形的艾条（又称艾条灸），一端点燃，在穴位或患处施灸的一种方法。艾条灸最常用的灸法是悬灸法。悬灸就是艾条距皮肤一定距离，一般1寸左右熏烤，约10～15分钟。或在穴位或应灸烤的部位平行往复回旋熏灸，又称回旋灸。或艾卷点燃后，垫上纸或布，乘热按在穴位上，使热气透达深部，又称实按灸。这些都是艾卷灸的不同方法。
2．艾炷灸：就是将经过加工纯净的艾绒，制成上尖下圆的圆锥形艾炷，大小随需要而定，一般如苍耳子大小。古时每燃烧1个艾炷为1壮。施灸的壮数，可根据疾病的性质、病情轻重、体质强弱、年龄大小以及治疗部位不同而定。燃烧时病人觉得痛就立即将艾炷钳去，然后再换上新艾炷，再灸。一般灸过的部位，以不起泡为好，如果起泡为瘢痕灸。还可以隔姜灸、隔蒜灸、隔盐灸、隔药物灸（如附子、皂角、葶苈、甘遂等）、隔金属片灸、隔纸或布灸等等。
3．温灸法：温灸的方法有多种，如温灸器灸，针上加灸、蒸气灸和铺灸等等。
温灸器灸是利用专门工具施灸的一种方法。温灸器有温筒、温盒、温杯等。针上加灸又名温针灸，针柄灸、针热灸、烧针尾。此灸法是在毫针刺入穴位后留针过程中，在针柄上用艾卷旋灸的一种灸法，是针刺与艾灸的结合。艾蒸气灸是将艾叶（或艾绒）适量放入容器内煎煮，然后盛于盆中，用蒸气熏灸之。铺灸是将艾绒铺在穴位上用热熨斗或热水杯或日光下晒等方法，以患者有温热感为度。
手穴艾灸的穴位和主治病症：艾灸能治疗疾病的道理是容易理解的，因艾炷或艾条在一定穴位上熏灸，会产生温热。前人有“艾能温通十二经脉”的说法。这种温热的刺激，能促使人体血液循环畅通，改善组织代谢，达到治疗疾病的目的。
艾灸常用的手穴为“合谷”可治疗牙痛；“大骨穴”可治疗眼痛（结膜炎）；小骨穴可治疗手关节痛；“中魁”穴可治疗食道癌；“中泉”可治疗腹痛、手痛等。
艾灸时应注意的几个问题：
1．应根据病人所处的地域、季节、气候和病人的病情、体质如何而因人、因地、因时治宜。《素问·异法方宜论》记载：“北方者，天地所闭藏之域也，其地高陵居，风寒冰冽，其民乐野处而乳食，脏寒生满病，其治宜灸焫。故灸焫者，亦从北方来。”在冬季施灸的时间和次数可以多些，春天秋天可以少些，夏天则更少。一般中等艾炷可灸3分钟左右，冬天可多灸2～3壮，夏天可少灸1～2壮。虚证、寒证宜灸；实证，热证不宜灸。
2．进行施灸时要认真仔细，及时去除艾灰，避免烧灼皮肤，增加病人痛苦。如已溃破化脓，要用生理盐水清洗，涂上凡士林。灸完后注意把火熄灭，以免烧破衣服或造成火灾。
3．隔蒜灸可治疗呼吸系统疾病；隔姜灸可治疗慢性胃肠炎，腹痛，呕吐等消化系统疾病；隔盐灸可治疗急性胃肠炎、吐泻、四肢冰冷等疾患；风湿、类风湿性关节炎可行回旋灸。