取穴即所用的穴，又名配穴。一般针灸取穴比较复杂。眼针疗法取穴只有三种方法，
循经取穴
眼针循经取穴，即确诊病属于哪一经即取哪一经区穴位，或同时对症取儿个经区。
看眼取穴
据观眼识病哪个经区络脉的形状、颜色最明显即取哪一经区穴。
病位取穴
按上、申、下三焦划分的界限，病在哪里即针所属上、申、下哪个区。例如头痛项强，不能举臂，胸痛等均针上焦区胃痛，胀满，胁痛等针申焦区脐水平以下，小腹，腰臀及下肢，生殖、泌尿系统疾病均针下焦区。